Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0.81 0.29 2 H -2 -1 -1 -3 -4 -1 -2 2 8 -4 -4 2 -3 -2 -3 0 0 -3 3 -4 0 0 0 0 0 0 0 14 45 0 0 17 0 0 0 6 7 0 11 0 0.88 0.58 3 H -3 1 3 -2 -4 2 0 -3 7 -4 -2 0 3 -4 -4 2 -2 -4 -2 -4 0 7 14 0 0 9 5 0 31 0 3 3 10 0 0 17 0 0 0 0 0.74 0.81 4 P -2 -4 -4 -4 -4 -2 -3 -4 3 -3 0 -3 -3 -4 8 -2 -3 -5 -4 -1 1 0 0 0 0 1 0 0 8 0 9 0 0 0 74 1 0 0 0 5 1.82 0.85 5 P 3 -4 -3 1 6 -2 -1 -3 -2 -4 -3 -3 -4 -5 5 1 0 -5 -4 -3 27 0 0 7 17 2 4 0 1 0 2 0 0 0 27 9 4 0 0 0 0.82 1.02 6 S -2 -1 3 -3 -1 3 -3 -4 4 -4 1 -3 -3 -4 -4 3 2 -5 -2 -2 2 3 17 0 1 13 0 0 10 0 13 0 0 0 0 24 12 0 1 2 0.54 1.21 7 Y -2 2 -3 -2 -4 1 0 -3 2 -3 -1 3 -3 -2 -3 4 0 0 0 -2 2 12 0 1 0 6 4 2 5 1 5 16 0 1 1 30 6 1 3 2 0.42 1.32 8 V -3 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -6 -5 4 5 -5 1 -1 -5 -5 -3 -5 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 20 60 0 3 1 0 0 1 0 1 11 1.12 1.43 9 A 4 -3 -3 -4 -1 -2 -2 -1 -4 -3 -4 -2 -3 -5 -2 4 1 -5 -1 -1 38 1 0 0 1 1 2 4 0 1 0 1 0 0 2 31 10 0 3 4 0.70 1.47 10 H 0 1 0 1 -5 2 2 -4 3 -4 -5 1 -3 -4 2 2 0 -6 -2 -3 8 7 4 7 0 8 14 1 7 1 0 8 0 0 10 16 4 0 1 2 0.39 1.51 11 L 4 -1 1 -4 -4 -2 -2 -1 -1 0 0 -1 -1 -2 -2 2 -1 -5 -2 -1 41 3 6 0 0 1 2 3 2 5 8 4 1 1 1 13 3 0 2 3 0.44 1.51 12 A -1 -3 7 -2 -4 1 -1 -2 1 0 -1 -2 -1 -4 -5 1 -1 -6 -4 -2 4 0 51 1 0 5 3 2 3 6 6 2 2 1 0 8 4 0 0 3 0.88 1.55 13 S 2 -3 3 0 -1 -3 -3 0 -4 -2 -4 -3 1 -5 -4 2 4 -6 -3 -1 18 1 14 4 1 0 0 6 0 2 1 0 3 0 0 13 31 0 1 3 0.60 1.57 14 D -1 2 2 4 -6 2 2 -3 1 -3 -3 1 -4 -6 -3 -1 0 -3 -3 -4 5 11 10 26 0 10 11 2 3 2 3 7 0 0 1 4 5 0 1 0 0.51 1.59 15 F -4 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -4 -2 0 -6 -3 9 -7 -5 -3 -1 0 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 9 0 0 85 0 0 1 0 1 2 2.19 1.60 16 G 5 -5 -4 -2 2 -4 -3 2 -5 -5 -4 -3 -2 -5 -4 1 2 -6 -5 -3 51 0 0 2 4 0 0 18 0 0 0 0 1 0 0 10 12 0 0 1 0.94 1.61 17 V -2 -5 -4 -4 -3 -4 -5 -5 -4 2 3 -4 2 6 -6 -3 -1 2 -1 2 3 0 0 1 0 0 0 0 0 11 24 1 5 31 0 2 4 3 1 12 0.80 1.61 18 R -2 2 3 4 -4 1 0 -3 2 -5 -5 1 -5 -6 -4 2 -1 -6 -4 -3 3 10 16 24 0 5 6 1 4 0 1 9 0 0 0 16 2 0 0 1 0.64 1.61 19 V -3 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -6 -6 1 5 -5 3 2 -6 -5 -4 -4 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 69 0 6 7 0 0 0 0 1 8 1.24 1.61 20 F -2 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -6 -2 -2 1 -5 -3 6 -6 -4 -2 -2 7 -3 3 0 0 0 1 0 0 0 0 1 16 0 0 28 0 1 2 0 46 0 1.52 1.60 21 Q -3 4 1 -2 -6 3 -1 -3 2 -6 -5 5 -3 -6 -4 0 -3 -6 -4 -5 2 23 6 1 0 15 2 1 4 0 1 38 0 0 0 6 1 0 0 0 0.96 1.60 22 Q 0 1 0 -2 -5 4 3 -4 3 -2 -2 2 0 -4 -4 -1 1 -5 -2 -1 8 7 3 1 0 17 18 0 8 2 4 12 2 0 0 4 8 0 1 4 0.43 1.58 23 V -2 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 1 0 -5 -4 -3 -5 -4 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 19 56 0 3 3 0 1 0 0 0 13 1.05 1.57 24 A 4 0 1 -2 2 0 -3 -1 -1 0 -1 -1 -3 -4 -2 2 -1 -5 -3 1 31 5 6 2 4 4 1 4 1 5 5 3 0 1 2 13 3 0 1 10 0.33 1.53 25 Q 0 -1 0 1 -3 2 2 -3 1 -4 -1 3 -1 -4 -2 1 0 -5 -4 -1 9 3 3 7 0 10 14 1 4 0 7 16 1 0 2 13 6 0 0 4 0.30 1.55 26 A 0 -2 1 2 -3 1 2 -2 0 -4 -1 2 -4 -5 -2 2 1 -1 -3 -3 7 1 6 11 1 7 15 3 2 1 6 11 0 0 1 19 7 1 1 2 0.32 1.53 27 S 0 1 4 1 -3 0 -1 -1 2 -4 -5 0 -2 -5 0 3 0 -5 -4 -4 7 7 20 8 1 4 4 5 5 1 1 6 1 0 4 19 6 0 0 1 0.41 1.56 28 K 0 0 3 -1 -3 0 1 -2 1 -4 -3 2 -4 -5 5 -1 0 -5 -4 -3 7 4 13 2 0 5 7 3 3 1 2 12 0 0 29 4 5 0 0 1 0.59 1.51 29 D -1 -1 2 3 -5 0 0 2 1 -4 -4 -1 -4 -5 -4 2 1 -6 -4 -4 4 3 9 20 0 4 6 18 4 1 1 4 0 0 0 15 10 0 1 1 0.46 1.57 30 R -3 0 0 1 -5 1 3 1 -2 -4 -5 4 -4 -5 -3 1 0 -5 -3 -4 1 5 3 8 0 7 20 11 1 1 1 22 0 0 1 10 7 0 1 1 0.51 1.52 31 N -4 -3 9 -1 -6 -3 -3 -3 -2 -6 -6 -3 -5 -5 -5 -1 -3 -7 -5 -6 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.39 1.59 32 V -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 1 -5 0 1 -6 -5 -2 -5 -3 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 42 13 0 1 6 0 0 2 0 0 33 1.17 1.60 33 V -2 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -5 -5 2 1 -6 -1 7 -6 -5 -4 -3 -1 3 3 0 0 0 1 0 0 1 0 9 14 0 1 46 0 0 0 0 0 24 1.22 1.61 34 F -4 -6 -5 -6 -1 -6 -6 -6 -4 3 1 -6 0 7 -6 -4 -4 -3 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 17 12 0 2 56 0 1 0 0 5 5 1.44 1.60 35 S -1 -4 -2 -3 0 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 7 -1 -6 -5 -4 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 1.80 1.61 36 P -3 -5 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 9 -3 -4 -7 -6 -5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 1 0 0 0 0 2.89 1.62 37 Y 0 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -1 1 3 -5 1 4 -4 -3 -2 1 3 3 7 0 0 0 0 0 0 0 2 6 32 0 4 15 1 1 2 2 8 19 0.71 1.62 38 G -2 -4 -1 -3 0 -3 -3 2 -4 -5 -5 -3 -5 -5 -4 6 -1 -6 -5 -3 0 0 1 0 2 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 79 1 0 0 2 1.45 1.62 39 V -1 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 1 -3 -6 -5 -1 -5 -2 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 58 11 0 2 0 0 0 3 0 1 20 1.30 1.64 40 A 2 -3 -1 -4 -2 0 -1 -4 1 -3 -2 -1 -1 0 -4 5 0 0 1 -4 15 0 2 0 1 3 4 0 3 1 4 3 1 4 0 47 4 1 6 0 0.67 1.64 41 S 1 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -4 -1 0 1 -4 2 -3 -3 3 4 -3 -2 0 12 0 1 0 1 1 0 0 1 6 12 0 6 1 1 25 26 0 1 5 0.56 1.64 42 V 5 -5 -4 -5 1 -4 -4 -3 -5 -1 -1 -4 -4 -5 -1 2 -1 -6 -5 1 59 0 0 0 3 0 0 1 0 3 5 0 0 0 2 12 3 0 0 10 0.95 1.64 43 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -5 4 3 -6 -5 -4 -4 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 76 0 9 10 0 1 0 0 0 1 1.44 1.64 44 A 5 -4 -3 -4 -2 -4 -2 2 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -4 3 -1 -6 -4 -2 45 0 0 0 1 0 2 16 1 0 3 0 0 1 0 25 3 0 0 2 0.86 1.64 45 M -4 -5 -4 -6 -4 -2 -4 -5 -1 1 3 -4 9 -1 -6 -3 -2 -5 -4 -1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 8 25 0 54 2 0 1 2 0 0 3 1.48 1.65 46 L 2 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -5 -6 2 4 -5 1 -3 -5 -3 1 -5 -3 3 15 0 0 0 1 0 0 0 0 8 40 0 3 0 0 1 8 0 0 24 0.80 1.65 47 Q 1 -1 -3 -4 -3 2 -2 -4 0 -3 1 -1 -1 1 -4 3 -1 -4 5 -4 13 3 1 0 0 11 1 1 2 1 13 3 1 5 0 21 3 0 19 0 0.50 1.65 48 L 0 -4 -1 -5 -2 -2 -1 -4 -2 -1 5 -4 3 1 -3 -2 -3 -5 -2 -1 10 0 3 0 1 1 4 1 1 1 54 1 7 7 1 2 1 0 1 2 0.71 1.65 49 T 0 -5 -4 -4 -5 -5 -5 7 -5 -6 -6 -5 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -6 -4 8 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1.97 1.65 50 T 6 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -2 -5 -4 -3 -4 -4 -5 -4 2 1 -6 -5 -3 72 0 0 0 1 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 14 10 0 0 1 1.28 1.65 51 G -1 4 0 -1 3 1 0 1 1 -6 -5 4 -5 -6 -5 -1 -2 -6 -4 -3 5 24 5 3 6 6 6 10 3 0 0 26 0 0 0 3 2 0 0 2 0.64 1.66 52 G 0 -5 1 0 -2 -3 -3 6 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -4 1 -3 -6 -5 -5 5 0 7 5 1 1 1 68 0 0 0 0 0 0 1 10 1 0 0 0 1.40 1.65 53 E -1 -1 4 3 -5 1 2 -2 -1 -5 -4 0 -4 -6 -1 2 0 -6 -3 -2 5 3 21 16 0 5 13 2 2 0 1 6 0 0 3 13 7 0 1 3 0.50 1.65 54 T -2 -4 -3 -4 -2 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -4 -5 -3 1 7 -6 -5 -3 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 88 0 0 0 1.84 1.65 55 Q 3 2 -3 -4 -4 2 1 -2 3 -4 1 2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -3 30 12 0 0 0 8 7 2 7 0 17 12 0 1 0 2 0 0 0 1 0.53 1.65 56 Q 1 0 -1 2 -5 3 2 -3 -1 -2 -4 2 -1 -6 -4 1 2 -1 -4 -2 10 5 3 11 0 11 14 1 1 2 1 11 1 0 0 9 15 1 0 2 0.39 1.66 57 Q -3 -2 -3 -2 -6 7 5 -4 -2 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -3 -4 -5 -4 -5 1 1 0 1 0 59 34 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.65 1.66 58 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 5 4 -5 6 -1 -6 -5 -4 -5 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 37 37 0 18 2 0 0 0 0 0 4 1.26 1.66 59 Q 1 1 -2 -1 -2 1 0 -3 -1 -2 3 0 1 -1 -5 1 -2 -5 -1 -2 12 8 1 3 1 7 6 1 2 1 26 7 4 2 0 12 2 0 2 3 0.25 1.66 60 A -1 0 1 0 -6 3 3 -3 -1 -5 -4 3 -4 -5 -4 1 0 -4 -4 -5 5 5 7 5 0 14 20 1 1 0 1 20 0 0 0 12 5 0 0 0 0.59 1.65 61 A 2 -5 -3 -4 -3 -4 -4 3 -5 -1 -3 -4 -2 -1 -5 0 1 -5 -2 4 20 0 1 0 0 0 1 21 0 2 1 1 1 3 0 5 9 0 1 33 0.64 1.64 62 M -4 -4 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -5 0 6 -5 3 2 -6 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4 76 0 7 8 0 0 0 0 0 2 1.39 1.64 63 G -2 1 1 -3 -2 1 0 4 5 -5 -5 1 -2 -5 -4 0 -3 -5 0 -4 3 8 8 1 1 6 6 29 16 0 1 9 1 0 0 6 1 0 3 1 0.65 1.60 64 F -1 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -1 -1 2 -3 0 7 -3 -3 -3 -1 4 -2 5 0 1 1 0 1 1 1 1 2 20 2 2 41 1 2 1 1 14 2 0.98 1.56 65 K -2 -2 5 2 -5 1 0 0 -1 -4 -5 0 -4 -5 2 1 0 -5 -5 -4 3 1 30 13 0 6 7 6 1 1 1 4 0 0 11 12 4 0 0 1 0.63 1.57 66 I 0 -3 -1 0 -3 -1 0 -2 -3 0 3 0 0 -3 -2 1 0 1 -2 1 7 1 3 4 0 3 6 3 0 5 26 7 2 1 2 10 6 2 1 8 0.17 1.44 67 D -1 -2 3 3 -1 0 -1 -3 -1 -1 -2 0 -4 -3 0 1 4 -5 -4 -2 4 2 13 14 2 4 4 2 1 4 4 5 0 1 4 10 23 0 0 3 0.37 1.57 68 D -1 -1 -1 4 -5 1 4 -2 -2 -2 -3 1 -3 -5 -1 0 -1 -5 -5 -1 5 3 3 21 0 5 27 3 0 2 3 9 0 0 3 8 3 0 0 4 0.50 1.56 69 K 0 0 1 1 -4 0 3 -1 -2 -3 -3 2 1 -3 0 1 2 -3 -4 -2 7 4 6 8 0 4 17 5 1 2 3 10 3 1 6 9 12 0 0 2 0.25 1.55 70 G -1 1 1 3 -5 2 3 1 0 -5 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