Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 3 4 -3 5 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 44 0 22 0 0 0 0 0 0 16 0.64 0.36 2 S -1 -2 2 4 -3 -1 -1 1 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 4 -1 -5 -4 -4 0 0 11 30 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0.73 0.46 3 Y -3 -4 -4 -5 6 -3 -4 -4 0 -2 0 -4 -2 1 -4 -3 -3 0 8 -2 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 65 0 1.31 0.50 4 N -3 -1 6 4 -4 -1 -1 -2 -2 -4 -2 3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 -4 0 0 43 22 0 0 0 0 0 0 5 20 0 0 0 9 0 0 0 0 0.79 0.59 5 L -3 -3 -3 -4 -3 1 0 -4 5 -1 4 -3 -1 -2 -4 0 -2 5 -2 0 0 0 0 0 0 9 5 0 16 0 50 0 0 0 0 8 0 9 0 4 0.58 0.59 6 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 5 -4 3 -1 0 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 82 0 7 0 5 0 0 0 0 3 1.05 0.71 7 G -2 4 1 -3 -4 3 -2 3 1 0 -2 -1 -3 -4 -1 1 -2 -4 0 -3 0 23 5 0 0 18 0 21 3 8 5 0 0 0 3 12 0 0 3 0 0.41 0.74 8 F -3 -3 -3 -4 3 3 -2 -4 1 -1 1 -3 -2 5 0 1 -1 -3 1 0 0 0 0 0 8 16 1 0 4 3 11 0 0 29 6 11 3 0 3 5 0.46 0.74 9 L -3 2 0 0 -5 6 -1 -4 5 -4 0 -1 -2 -4 -4 -2 0 -4 -2 -4 0 14 3 6 0 44 0 0 18 0 10 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0.83 0.78 10 Q -3 -2 0 2 -4 4 2 -4 3 -3 2 -2 -2 -2 -4 -3 -3 -3 3 -3 0 0 5 13 0 24 12 0 9 0 27 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0.55 0.80 11 R 0 6 -3 -4 -4 -2 -3 -1 -3 -4 -2 0 2 -4 -4 1 0 3 -3 -4 9 52 0 0 0 0 0 5 0 0 4 4 7 0 0 10 5 4 0 0 0.80 0.88 12 S 0 3 -1 -4 -4 3 -3 -4 -3 1 2 0 0 -4 -4 1 1 -5 -4 -2 9 17 3 0 0 13 0 0 0 8 22 6 2 0 0 12 9 0 0 0 0.34 0.93 13 S -1 -2 1 -1 -4 -3 0 -1 -3 1 -1 0 -2 2 -4 2 -1 -4 1 2 2 2 9 3 0 0 7 5 0 8 4 7 0 10 0 18 4 0 5 18 0.20 0.92 14 N 0 -3 6 -2 -4 -3 -3 0 -3 0 -2 -3 -3 -5 -4 2 2 -5 -4 -2 6 0 45 0 0 0 0 5 0 8 3 0 0 0 0 18 14 0 0 2 0.79 1.03 15 F -1 5 -1 0 -5 1 -2 -4 3 -4 -1 1 -3 0 -4 -2 0 6 -2 -4 4 31 3 7 0 5 1 0 7 0 8 8 0 5 0 1 8 12 0 0 0.61 1.03 16 Q -2 4 -2 1 -5 2 3 -4 -3 -4 -4 3 -4 -1 -4 -3 -2 -5 0 -1 3 26 1 6 0 10 22 0 0 0 1 18 0 3 0 0 2 0 3 5 0.64 1.03 17 C 1 -4 3 -1 5 -3 -3 -3 0 -3 -4 -3 -4 -1 -3 4 1 -5 -4 -1 12 0 18 2 14 0 0 0 3 1 0 0 0 3 1 35 7 0 0 5 0.67 1.04 18 Q -4 -3 -5 -6 -4 1 -4 -6 -5 0 5 -4 1 2 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 1 0 0 0 8 0 0 0 3 74 0 2 7 0 0 0 0 0 3 1.06 1.05 19 K -2 2 1 -1 -4 3 0 -4 -1 -2 -4 2 3 -5 -2 1 3 -5 -4 -2 3 12 7 3 0 13 6 0 1 2 0 13 8 0 2 10 17 0 0 3 0.39 1.06 20 L -4 -1 -5 -5 -4 -4 -1 -6 -1 0 6 -4 0 0 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 3 0 0 0 0 5 0 2 1 82 0 0 3 0 0 0 0 0 4 1.14 1.04 21 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 1 -2 -5 -5 -4 1 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 91 0 2 0 0 0 0 2 0 2 1.41 1.04 22 W 1 2 2 1 -5 0 0 1 -1 -4 -5 3 -4 -5 -4 1 -2 1 -4 -2 12 11 11 9 0 4 5 13 1 0 0 18 0 0 0 9 1 2 0 3 0.37 1.04 23 Q -3 0 3 1 -5 6 2 -4 -1 -5 -5 1 -4 -6 -2 0 1 -5 -4 -5 0 4 12 8 0 37 13 0 1 0 0 9 0 0 2 7 9 0 0 0 0.77 1.08 24 L -1 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 0 2 -4 9 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 18 0 73 0 0 0 0 0 0 2 1.69 1.08 25 N -1 4 3 -2 -5 -1 -2 3 -1 -3 -5 -1 -4 -5 2 1 -2 -5 -5 -5 5 24 14 1 0 3 2 25 1 2 0 1 0 0 11 9 2 0 0 0 0.60 1.11 26 G -3 5 1 -3 -5 -3 -3 4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 1 1 -1 -5 -5 -5 0 32 8 0 0 0 0 37 0 0 0 1 0 0 7 10 3 0 0 0 0.88 1.11 27 R -2 0 -2 -1 -4 1 1 -4 -3 1 -3 2 -3 -3 0 4 1 -5 -4 -2 2 5 0 3 0 5 9 0 0 8 2 12 0 1 5 38 8 0 0 2 0.47 1.10 28 L -1 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -5 -4 2 1 -4 -2 2 6 -1 0 -4 2 -1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 14 14 0 0 9 35 5 7 0 8 3 0.76 1.07 29 E -2 -1 2 -3 -2 4 1 -1 2 -1 -2 -1 -3 1 3 0 -1 -4 -3 0 2 3 9 1 1 19 8 5 6 4 4 2 0 6 14 5 4 0 0 6 0.30 0.99 30 Y -2 -1 -2 -3 -3 1 -1 -3 1 -1 0 -2 -2 2 3 3 1 -3 1 -1 1 3 1 1 0 6 4 1 4 2 12 1 0 10 12 24 8 0 4 5 0.28 0.90 31 C -2 -3 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 1 1 -2 -3 -3 -2 2 1 1 1 60 1 1 2 1 1 2 1 1 1 8 12 1 0 1 1 1.49 0.76 32 L 0 -3 -4 -1 -3 -1 -3 -4 -4 -1 4 -3 2 1 3 -3 -3 -3 -3 2 7 1 1 4 0 2 1 1 0 1 42 1 5 5 14 1 1 0 0 14 0.52 0.97 33 K -2 1 0 1 -4 4 3 -3 1 -4 -4 3 -1 -4 2 -1 -2 -4 -3 -4 2 7 5 6 0 20 16 1 3 1 1 18 2 0 12 2 2 0 0 1 0.54 0.99 34 D -2 -3 0 4 -4 2 3 -3 4 -4 -4 -2 2 -4 1 -1 -2 -4 0 -4 3 1 4 23 0 11 19 1 10 1 1 1 7 0 8 4 2 0 4 1 0.56 1.02 35 R -3 5 4 0 -4 -2 0 -2 2 -1 -4 0 -3 -4 -3 -1 1 -4 -3 -4 1 35 20 5 0 0 7 3 4 4 1 4 0 0 0 5 9 0 0 1 0.64 1.03 36 M 2 -1 -1 -4 -4 -1 1 0 1 1 -2 2 2 -4 -4 -3 -1 -5 -1 2 16 3 3 0 0 3 11 7 4 8 3 15 5 0 0 0 3 0 2 17 0.26 1.15 37 N -2 1 4 4 -5 -2 1 -2 1 -5 -5 0 1 -5 1 0 -1 -5 1 -5 3 7 18 27 0 0 8 3 3 0 0 5 5 0 7 6 3 0 5 0 0.55 1.15 38 F -4 -4 -5 -5 4 1 -4 -5 -4 -2 0 -4 -2 7 -5 -1 0 -3 -1 1 0 0 0 0 10 8 0 0 0 0 9 0 0 47 0 6 7 0 0 12 0.97 1.15 39 D 1 0 -2 -1 -5 2 2 2 -4 -2 0 1 0 -5 1 1 -3 -5 -5 -4 13 5 1 2 0 8 15 17 0 2 8 7 2 0 8 9 1 0 0 0 0.30 1.27 40 I -4 -5 -5 -6 2 -5 -6 -6 -4 1 1 -5 2 8 -6 -3 -1 -2 0 -1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 9 12 0 5 60 0 2 4 0 1 4 1.32 1.26 41 P -3 -3 0 -1 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 8 -2 -4 -6 -6 -5 0 1 5 3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 88 2 0 0 0 0 2.46 1.26 42 E -3 0 -3 0 0 6 2 -2 -1 -5 -1 1 0 0 -4 -1 -1 4 -3 -4 1 3 0 6 2 39 14 3 1 0 7 6 2 4 0 3 3 6 0 0 0.70 1.26 43 E -3 -3 -3 0 -6 0 6 -2 -3 -5 -5 0 -4 -6 1 0 1 -6 -5 -3 1 0 0 4 0 3 62 3 0 0 0 5 0 0 7 6 8 0 0 2 1.06 1.26 44 I 0 -2 -4 -4 -4 -1 1 -1 -4 3 2 2 4 -2 -2 -1 -2 -5 -4 0 7 2 0 0 0 3 9 5 0 19 16 12 13 2 2 5 1 0 0 6 0.35 1.36 45 K -3 1 -3 -5 -4 -4 -1 -2 -4 -2 3 -1 1 3 -5 -4 0 -4 0 3 2 9 1 0 0 0 4 3 0 0 26 4 4 11 0 0 6 0 3 25 0.44 1.33 46 Q -3 -3 1 4 -5 3 3 0 2 -5 -2 0 -4 -5 -1 1 -3 -5 -4 -3 0 0 6 22 0 13 20 6 6 0 5 5 0 0 3 10 0 0 0 2 0.54 1.31 47 L 1 -4 -2 -2 -4 -4 -3 3 0 1 -3 -4 -4 -3 1 0 1 2 4 -2 10 0 1 3 0 0 1 26 2 9 2 0 0 0 8 6 11 3 15 2 0.46 1.32 48 Q -3 -1 2 1 -4 3 0 -1 1 0 -3 1 -3 0 -2 1 2 -5 -3 -2 0 2 10 7 0 15 4 6 3 5 2 9 0 5 2 10 15 0 0 3 0.28 1.28 49 Q -3 -1 3 0 -5 6 0 -2 0 -5 -2 0 -3 -5 1 -3 -3 -5 -4 -4 0 3 14 5 0 47 4 3 2 0 5 5 0 0 8 0 0 0 0 0 0.92 1.27 50 F 1 -1 -4 -5 0 -4 -4 -4 2 2 2 -4 4 3 0 -2 1 -4 0 0 11 3 0 0 2 0 0 0 5 11 16 0 11 14 6 2 8 0 3 7 0.37 1.27 51 Q -3 -1 -3 1 -5 6 1 -4 1 -4 -2 0 1 -5 1 0 0 1 -4 -1 0 2 0 7 0 43 9 0 4 0 3 4 4 0 6 5 5 2 0 4 0.73 1.28 52 K 0 0 0 -3 -5 1 3 -2 -3 -4 -2 5 -3 -1 -4 -3 -2 -5 -4 -4 7 3 4 0 0 6 16 3 0 0 5 45 0 4 0 0 2 0 0 0 0.71 1.26 53 E 4 0 -3 0 -4 -2 3 0 -2 -3 -4 0 -3 -4 -1 0 1 -4 -4 -3 33 6 0 4 0 0 24 8 1 1 1 5 0 0 3 5 8 0 0 1 0.46 1.01 54 D -3 -1 1 4 -5 6 2 -3 0 -5 -5 -1 -4 -5 -2 -2 -2 -4 0 -5 0 1 5 23 0 45 13 1 2 0 0 2 0 0 1 0 2 0 3 0 1.00 1.05 55 A 5 -1 -3 -3 -3 0 -3 -1 -4 1 -3 0 -3 -4 -3 -1 1 -5 -4 0 55 3 0 1 0 4 0 4 0 9 0 7 0 0 0 1 9 0 0 7 0.65 1.05 56 A 0 -4 -1 -1 -4 -4 -4 -5 -5 5 0 0 0 0 -4 -2 2 -5 -4 2 9 0 2 4 0 0 0 0 0 34 8 6 2 3 0 3 13 0 0 16 0.51 1.08 57 L 1 0 -3 -3 2 -3 -1 -4 1 -1 -1 1 -1 -1 2 3 -2 -5 -3 0 12 5 0 0 5 0 4 0 3 3 7 10 1 3 11 29 0 0 0 6 0.34 1.06 58 T 1 -4 -5 -5 2 -4 -4 -5 -4 2 0 -4 -2 3 -4 -3 1 -4 0 5 13 0 0 0 4 0 0 0 0 8 5 0 0 13 0 0 9 0 3 44 0.68 1.06 59 I 0 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -4 1 4 -4 2 0 -5 -1 1 -4 1 1 9 0 0 0 3 0 0 0 0 7 46 0 4 4 0 4 10 0 6 8 0.56 0.96 60 Y 0 0 -1 -3 -4 1 -1 -2 7 -4 -1 -1 -3 -2 -4 1 -2 -3 4 -1 7 3 3 0 0 7 3 2 35 0 7 2 0 0 0 10 2 0 14 4 0.72 0.96 61 E -3 0 -1 1 -5 3 5 -2 1 -4 -1 -2 -3 -5 -4 -2 -1 -5 -4 0 0 5 3 6 0 12 51 2 4 0 7 0 0 0 0 0 4 0 0 7 0.76 0.96 62 M 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 2 1 -3 6 -2 1 0 2 -4 -3 1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 11 13 0 30 0 6 6 15 0 0 9 0.55 0.72 63 L -2 -3 1 -4 -3 -3 -3 -4 -4 2 2 -3 3 1 -4 1 4 -4 -2 -1 0 0 8 0 0 0 0 0 0 13 26 0 10 7 0 9 27 0 0 0 0.48 0.72 64 Q -3 1 1 0 -5 7 -1 -4 0 -3 -3 0 -3 -5 -4 -1 -3 -4 0 -4 0 5 6 5 0 66 0 0 1 2 2 4 0 0 0 4 0 0 4 0 1.15 1.01 65 N -3 -2 0 -1 -5 7 1 -4 6 -5 -2 1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -5 0 0 4 2 0 55 6 0 20 0 4 6 0 0 0 0 0 0 4 0 1.19 1.01 66 I 0 -3 -4 -5 0 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 -2 -3 -4 -1 3 -5 -4 2 9 1 0 0 2 0 0 0 0 42 8 0 0 0 0 5 17 0 0 16 0.71 1.01 67 F -3 -5 -5 -5 -4 -5 -2 -5 -4 1 2 -5 -2 7 -5 -3 -1 1 0 -1 2 0 0 0 0 0 4 0 0 10 18 0 0 58 0 2 3 1 0 3 1.14 1.01 68 A -1 -2 5 0 -5 1 -3 -2 5 -2 -2 0 -4 -5 -4 1 2 -5 -1 -4 5 1 32 3 0 6 0 3 13 3 3 5 0 0 0 10 13 0 2 0 0.62 1.13 69 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 5 -5 2 0 -5 -5 -2 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 61 0 4 3 0 0 2 0 0 4 1.11 1.11 70 F -4 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 2 -5 3 8 -6 -5 -4 -2 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 7 70 0 0 0 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