Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 2 -4 -2 -3 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -4 21 0 0 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.77 2 N -2 -3 4 3 -5 -2 -1 4 1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -5 0 0 25 19 0 0 2 32 4 0 0 3 0 0 0 12 3 0 0 0 0.80 0.88 3 Y 0 -4 -3 3 -4 0 -2 0 -3 2 -3 -2 -3 1 1 -1 1 1 3 1 8 0 0 18 0 5 2 8 0 12 0 1 0 6 6 4 9 2 10 10 0.24 0.88 4 K -3 5 -1 -2 -5 0 0 -3 -3 0 -3 4 -2 -5 0 -1 -1 -5 -4 1 0 33 2 2 0 3 6 1 0 7 0 24 1 0 6 3 3 0 0 10 0.58 0.90 5 K -3 7 -3 -1 -6 2 -1 -4 -2 -5 -3 1 -2 -5 -4 -2 -3 1 -4 -5 0 75 0 3 0 8 1 0 0 0 2 5 1 0 0 2 0 2 0 0 1.41 1.00 6 P -3 3 -3 -4 -4 1 -2 -5 -3 -1 2 -2 0 -2 3 -3 -2 2 3 2 0 19 1 0 0 7 2 0 0 3 23 0 2 0 14 0 2 3 11 14 0.48 1.00 7 K -3 5 -3 -4 -1 0 -2 -1 -3 0 -4 3 -2 -4 -4 -3 2 -4 2 -1 1 35 0 0 2 3 1 4 0 6 0 17 1 0 0 0 16 0 8 5 0.62 1.07 8 L -2 4 -3 -4 -5 4 -1 -5 4 -1 1 1 -1 -3 -3 -3 -3 -4 1 -3 2 28 0 0 0 22 3 0 11 4 17 6 1 0 1 1 0 0 4 0 0.66 1.08 9 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 2 6 -5 1 1 -5 -5 -4 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 82 0 2 6 0 0 0 0 0 2 1.29 1.09 10 Y -4 -4 -4 -5 -1 -1 -4 -5 0 -3 -2 -4 -3 4 -5 -4 -4 0 8 -1 0 0 0 0 2 3 0 0 1 0 2 0 0 19 0 0 0 0 66 3 1.67 1.06 11 C 0 -4 -1 -4 8 -3 -4 -3 -2 0 -3 -3 0 -4 -4 3 1 -4 -4 -1 8 0 3 0 38 0 0 0 1 7 0 0 2 0 0 27 8 0 0 3 1.06 1.07 12 S 0 5 2 -3 -4 0 -2 -3 -3 -4 -4 3 -1 -2 -4 1 -1 -4 -2 -4 10 41 11 0 0 3 1 0 0 0 1 15 1 2 0 11 2 0 1 0 0.75 1.09 13 N -2 0 3 -3 -4 2 -1 -4 3 -3 -4 -3 -3 -2 -2 -1 4 -5 -2 2 3 4 17 0 0 11 2 0 7 0 0 0 0 2 1 3 34 0 1 14 0.60 1.13 14 G -2 -1 1 -1 -3 2 -2 3 3 -3 -3 0 -3 -3 -2 2 1 -3 -2 -3 2 3 6 2 0 11 1 26 8 1 2 5 1 1 1 16 10 0 1 2 0.41 0.87 15 G -2 -3 1 -2 -3 -2 -1 5 -2 -3 -3 0 -3 1 -1 0 -1 4 0 -3 2 1 7 1 0 1 3 45 0 1 3 5 0 6 3 8 3 5 3 1 0.62 0.91 16 H -2 0 0 -4 -1 0 -3 -4 3 -4 -2 2 -3 5 -4 -2 -2 1 6 -4 2 6 5 0 2 5 0 0 7 0 2 13 0 22 0 2 2 2 28 0 0.76 1.11 17 F -4 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 7 -2 -1 -3 -1 5 -2 -3 -3 0 5 -3 1 2 0 0 0 2 0 1 33 1 6 0 1 28 2 1 2 1 18 0 1.16 1.07 18 L -4 -4 -5 -1 -4 -4 -5 -5 -5 1 5 -4 3 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 4 0 0 0 0 0 7 68 0 7 0 0 0 0 0 0 11 1.06 1.17 19 R 0 3 -3 -1 -1 5 1 -3 1 -1 -1 -1 -1 -5 -4 -2 -1 -1 -4 -1 8 18 0 2 1 35 8 2 3 3 5 2 2 0 0 2 4 1 0 5 0.60 1.28 20 I -2 -5 -5 -2 -1 -4 -2 -4 -5 6 1 -5 4 -3 -5 -4 -3 -5 -4 3 2 0 0 3 1 0 3 1 0 44 9 0 12 0 0 0 0 0 0 24 0.95 1.26 21 L -1 2 2 2 -5 0 -2 -3 3 -3 2 -1 -3 -2 -4 -1 -2 -5 -2 -2 6 14 12 14 0 5 1 2 8 0 25 2 0 2 0 5 2 0 1 3 0.37 1.33 22 P 1 -1 -1 -2 -4 -1 0 0 -4 -3 -2 1 -2 -5 6 0 -1 -5 -4 -4 14 2 2 1 0 2 6 8 0 1 3 10 1 0 37 6 3 0 0 0 0.70 1.25 23 D -1 -1 4 5 -5 -2 1 0 1 -5 -6 1 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -2 -5 5 3 18 40 0 0 7 8 3 0 0 8 0 0 0 4 1 0 1 0 0.81 1.27 24 G -1 -1 -3 -4 -4 -1 -4 6 -1 -4 -2 -1 -4 -5 -4 -3 -1 -5 -4 -1 4 4 0 0 0 3 0 67 2 0 4 5 0 0 0 0 3 0 0 5 1.13 1.21 25 T -1 3 0 -2 0 -1 -2 0 2 -2 -3 3 -4 -5 -1 0 3 -5 -2 -1 3 18 4 2 2 1 2 6 5 2 2 16 0 0 2 7 20 0 1 5 0.37 1.33 26 V -1 -1 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 0 -4 2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 4 4 0 0 0 0 0 0 0 23 5 0 5 0 0 0 0 0 0 59 1.13 1.24 27 D -2 3 3 3 -5 -1 -1 -1 0 -2 -1 0 -1 -4 -4 0 0 1 -1 -2 2 17 17 18 0 3 3 4 2 2 6 5 2 0 0 8 5 2 2 3 0.39 1.38 28 G 2 -4 -3 -4 3 0 -4 5 -4 -5 -5 0 -4 -5 -4 0 -3 4 -4 -4 20 0 0 0 6 5 0 49 0 0 0 6 0 0 0 6 0 5 0 0 0.96 1.24 29 T 0 0 0 -4 -4 -3 0 -1 -4 0 -1 -1 2 -4 -4 1 4 -5 0 1 7 6 5 0 0 0 5 4 0 4 5 4 5 0 0 12 28 0 4 10 0.36 1.50 30 R 0 1 1 1 -5 1 0 0 3 0 -1 0 -4 -4 1 0 0 -4 2 -4 7 7 7 7 0 7 7 7 6 7 7 7 0 0 7 7 7 0 6 0 0.15 1.56 31 D -2 0 2 4 1 -1 4 -3 3 -5 -3 0 -5 -5 -5 -1 -1 2 -1 -2 3 4 9 25 3 2 24 2 6 0 3 4 0 0 0 3 4 3 2 3 0.60 1.76 32 R 0 2 0 3 -5 2 2 -1 1 -1 -5 1 1 -6 0 -1 -2 -6 -5 -2 7 10 3 17 0 9 15 4 4 5 0 9 4 0 4 3 2 0 0 3 0.36 1.73 33 S -2 -1 4 1 -5 -1 -2 0 4 -3 -3 0 -1 -1 -1 2 1 -6 -1 -5 3 3 22 8 0 2 2 7 9 2 2 6 2 2 3 14 8 0 2 0 0.40 1.82 34 D -1 0 2 2 2 -3 0 -1 -3 -4 -2 1 1 -4 1 2 0 -5 0 -1 5 4 9 13 4 0 5 5 0 0 4 10 4 0 7 16 4 0 4 4 0.25 1.62 35 Q 0 0 2 0 1 2 0 -1 -4 -1 0 0 -3 0 2 0 0 -5 0 -1 7 5 10 4 3 10 5 4 0 4 8 5 0 4 9 7 6 0 4 4 0.12 1.66 36 H 0 1 1 1 -4 1 0 0 3 -4 -1 -3 -3 1 1 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 7 7 7 6 0 7 0 0 6 7 7 7 0 6 7 0.14 1.56 37 I 0 -4 0 0 2 1 -3 -1 -4 2 -1 -3 -3 -4 -4 2 4 -5 -4 0 9 0 5 5 4 6 0 6 0 13 5 0 0 0 0 15 24 0 0 5 0.37 1.34 38 Q 0 1 1 1 -4 1 0 -4 3 0 -1 0 2 -4 -4 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 7 7 0 6 7 7 7 6 0 0 7 7 0 6 7 0.18 1.56 39 L -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -1 2 1 3 -1 3 3 1 -4 -1 5 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 6 4 7 29 5 7 14 8 1 5 7 0 5 0.50 1.34 40 Q 0 1 1 1 -4 1 0 -4 3 0 -1 0 2 1 -4 -3 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 7 7 0 6 7 7 7 6 6 0 0 7 0 6 7 0.19 1.56 41 L -3 1 1 -3 -4 2 1 -4 -3 1 0 1 3 2 -4 -3 -3 5 -2 1 1 9 9 0 0 9 9 1 0 9 9 9 9 9 0 1 0 8 0 9 0.37 1.12 42 S -3 1 -3 -1 0 1 1 -4 5 1 -2 -1 0 1 0 0 0 4 0 -1 0 7 0 3 2 8 8 0 15 9 4 4 2 6 4 7 6 6 2 5 0.31 1.26 43 A 3 1 0 -4 -4 -3 -3 1 2 -5 -5 -3 -4 -4 2 3 2 -5 2 -4 24 7 4 0 0 0 0 11 4 0 0 0 0 0 10 20 13 0 7 0 0.53 1.33 44 E -3 -2 -2 1 0 0 2 -5 1 0 1 -2 0 -1 -5 -2 -2 -5 1 4 1 2 1 7 2 4 14 0 3 5 14 2 2 2 0 3 2 0 6 28 0.36 1.57 45 S 1 0 0 1 -5 1 1 1 0 -5 -3 1 -4 -2 -2 2 1 1 -1 -5 12 4 3 8 0 6 10 12 3 0 2 10 0 2 2 14 9 2 2 0 0.27 1.57 46 V -1 3 -2 2 -5 -1 -3 -1 0 -1 1 -2 0 1 2 -3 -2 -5 -1 2 5 15 2 11 0 3 1 4 2 4 12 2 3 6 9 1 2 0 2 16 0.23 1.55 47 G 1 2 2 2 -4 -2 1 1 -3 -5 -5 2 -4 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 11 11 11 11 0 0 11 11 0 0 0 11 0 0 0 11 11 0 0 0 0.40 0.89 48 E -3 2 -3 -4 -1 0 1 -3 1 1 1 -2 0 -1 -4 -1 0 -4 -3 3 0 13 0 0 1 4 9 2 4 8 13 2 2 2 0 6 7 0 0 27 0.31 1.04 49 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 1 -4 1 0 -4 -4 -2 -4 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 26 12 0 2 3 0 0 1 0 0 52 0.97 1.02 50 Y 2 2 -3 -4 1 -1 -3 0 0 -2 1 -2 0 -3 -4 1 0 -4 0 1 21 13 0 0 3 2 0 8 2 1 17 1 2 0 0 13 6 0 3 10 0.26 1.05 51 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -5 6 3 -5 1 0 -5 -5 -3 -4 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 57 29 0 3 3 0 0 0 0 2 5 1.11 1.05 52 K -3 4 -3 -3 -2 4 -1 -4 -2 -4 -2 4 -3 0 -4 -3 -1 -4 2 -2 0 28 0 0 1 18 3 0 0 0 3 31 0 4 0 0 3 0 6 4 0.80 1.05 53 S 1 -4 2 -2 -1 -3 0 5 1 -5 -5 -3 -4 -5 -4 3 -1 -5 -4 -5 9 0 9 1 1 0 5 48 4 0 0 0 0 0 0 20 2 0 0 0 0.88 1.05 54 T 2 -4 -4 -4 -3 -1 0 -4 -4 1 -1 -1 -2 -4 -2 1 1 -5 -4 4 18 0 0 0 0 3 7 0 0 6 5 3 0 0 1 13 8 0 0 35 0.45 1.05 55 E 0 1 -2 0 1 1 2 0 -1 1 -1 2 -1 -2 -4 0 -2 -5 -2 -2 9 7 2 6 3 6 16 8 2 11 5 13 2 2 0 7 1 0 1 2 0.18 1.13 56 T 1 -3 -1 -2 -3 -3 -3 -3 0 -3 0 -3 -3 -1 -4 4 4 -4 2 -1 11 0 2 2 0 0 0 0 2 0 11 0 0 2 0 36 25 0 7 3 0.58 1.10 57 G -2 -1 2 -1 6 -1 0 5 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -1 -3 -5 -5 -3 2 4 12 3 22 3 6 40 0 0 2 3 0 0 0 3 0 0 0 2 0.89 1.13 58 Q 1 2 1 -4 -1 0 -3 -3 2 -3 1 1 2 3 -4 -2 -2 1 1 -2 13 11 6 0 2 4 0 2 5 0 15 10 7 13 0 2 2 2 5 2 0.24 0.92 59 Y -4 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 2 -3 -3 -4 -3 4 -5 0 -3 6 7 -1 0 0 0 0 4 0 0 0 5 0 0 0 0 15 0 8 0 12 53 4 1.40 0.92 60 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 4 -4 2 -2 -5 -3 2 -4 -3 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 10 48 0 5 0 0 0 12 0 0 20 0.75 0.92 61 A 3 -4 -4 -4 8 -4 -4 0 -4 -3 -1 -4 -3 -4 2 -1 -1 -5 -4 -3 28 0 0 0 40 0 0 7 0 0 5 0 0 0 12 4 4 0 0 0 1.11 0.92 62 X -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 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