Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 3 -3 -2 -3 -3 -2 -2 0 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -3 6 -1 -5 -4 -3 25 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 71 0 0 0 0 1.10 0.92 2 D -1 -3 7 3 -5 -2 -2 -2 -2 -5 -6 -3 -5 -5 -3 0 -1 -5 1 -4 4 0 64 16 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 1 4 2 0 5 0 1.29 1.11 3 T -4 4 0 -3 -3 4 -2 -2 7 -6 -5 -2 -4 -5 1 -1 -1 -5 -2 -5 0 23 4 0 0 21 0 3 33 0 0 1 0 0 6 4 4 0 1 0 1.08 1.23 4 I -3 -5 -4 -5 -4 -5 -5 -5 -5 4 0 -5 0 4 -5 -1 3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 9 0 1 16 0 5 23 0 0 19 0.76 1.25 5 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 2 1 -5 -2 4 -5 -5 -3 -4 -3 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 10 10 0 0 17 0 0 0 0 0 62 1.23 1.34 6 A 6 -4 -4 -4 -3 -4 -4 1 -2 -4 -4 -4 -4 -2 -4 0 0 -5 -3 -2 78 0 0 0 0 0 0 9 1 0 1 0 0 2 0 3 4 0 1 2 1.23 1.34 7 V -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 0 -1 -5 -5 -3 -6 -4 7 1 0 0 0 1 0 0 0 0 11 1 0 2 2 0 0 0 0 0 82 1.55 1.39 8 E -1 -3 -3 -1 -6 0 7 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -3 -4 -3 -4 -6 -5 0 4 0 0 1 0 1 83 2 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 7 1.55 1.39 9 L -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -4 0 2 -6 -2 8 -6 -5 -5 -2 0 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 22 0 0 74 0 0 0 0 0 0 1.88 1.39 10 D -4 -4 1 8 -5 -3 -1 -3 0 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 4 86 0 0 0 1 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.93 1.30 11 T -3 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 0 -2 -3 -3 -4 -3 0 7 -5 -4 -2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0 4 82 0 0 2 1.49 1.30 12 Y -1 -2 -1 -4 1 -2 -4 -3 2 0 0 -3 0 5 -4 -2 -3 2 5 1 4 2 4 1 3 2 1 1 6 5 7 1 2 28 0 2 1 2 18 10 0.64 1.28 13 P -1 1 -1 -2 -2 3 -2 -4 2 0 0 2 1 -1 0 0 -2 -2 2 -1 5 9 3 2 1 13 1 1 5 5 10 14 3 2 5 8 2 1 6 5 0.20 1.34 14 N -2 -3 7 2 -5 -2 -2 -1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -5 2 0 65 11 0 1 1 3 0 0 1 2 0 0 0 8 3 0 0 0 1.35 1.29 15 T 0 0 0 0 0 0 -1 -2 0 -2 -2 0 -3 -2 2 1 2 -2 1 0 7 6 4 6 2 5 4 3 2 1 3 5 0 2 12 12 12 1 6 8 0.16 1.23 16 D -2 -2 2 4 -3 1 4 -1 0 -1 -1 0 -2 -2 -3 -2 -1 2 -3 -3 2 2 8 21 0 5 24 5 2 5 6 4 1 2 1 2 4 3 1 2 0.40 1.09 17 I -1 -2 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 0 -2 -1 5 1 -1 -2 3 2 0 5 3 3 6 1 1 3 6 1 3 7 2 2 24 7 6 2 4 8 6 0.30 1.00 18 G -3 0 1 1 -4 -1 -2 2 2 -1 -3 -1 -1 0 2 -2 -2 8 0 -4 2 6 8 8 0 3 2 14 4 4 2 4 2 4 9 2 2 23 2 1 0.67 1.23 19 D -3 -3 0 7 -5 -3 0 -2 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -1 0 -2 -5 -5 -3 1 1 2 72 0 0 4 3 0 0 1 0 0 0 3 7 1 0 0 2 1.44 1.27 20 P -2 -1 -3 -3 -4 -3 -2 -3 0 3 -2 0 0 -4 6 -1 -1 -5 -4 -2 2 3 1 1 0 1 3 1 3 19 3 7 2 0 44 4 3 0 0 2 0.94 1.28 21 S -2 0 5 4 -4 -1 0 -2 -2 -2 -4 0 -3 -4 0 1 0 -5 0 -3 3 5 26 20 0 2 4 3 1 3 1 6 1 0 5 11 5 0 3 1 0.52 1.29 22 Y -2 -4 2 3 -2 -3 -2 3 1 -3 -4 -2 -1 0 -3 0 -1 -2 4 -2 2 0 10 18 1 1 2 23 3 1 1 2 1 4 1 6 3 0 15 4 0.48 1.29 23 P -3 3 6 1 -5 -1 -1 -3 0 -1 -5 -1 -4 -5 2 -1 -2 -3 -3 -4 1 17 42 8 0 2 2 1 2 4 0 2 0 0 10 4 1 0 1 1 0.84 1.31 24 H -4 1 -1 -1 -5 -1 -2 -4 10 -5 -3 -2 -4 -4 -5 -2 -4 -5 -1 -5 0 6 1 4 0 1 2 0 77 0 3 2 0 0 0 3 0 0 0 0 2.12 1.34 25 I -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 -1 -4 0 -3 -1 -4 -3 -5 -4 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 39 2 0 2 0 3 0 0 0 0 39 0.97 1.30 26 G -1 -2 -3 -1 -4 -3 -2 6 -4 -4 -3 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -1 -2 4 2 0 3 0 0 2 58 0 0 2 0 2 0 0 11 0 0 3 3 0.90 1.25 27 I -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 7 0 -5 -2 -1 -5 -4 -3 -5 -4 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 65 7 0 0 2 0 0 0 0 0 14 1.18 1.29 28 D -2 -4 4 6 -5 0 -2 -3 0 -5 -2 -3 -1 -5 -4 -2 -1 -5 -2 -3 3 0 18 52 0 4 0 1 2 0 4 0 2 0 0 2 3 0 1 2 0.98 1.31 29 I -1 -1 -3 -2 -4 -4 -1 -4 -5 3 -1 -3 0 -2 -5 -4 0 -5 -2 5 4 3 1 2 0 0 4 1 0 19 5 1 2 2 0 0 6 0 1 43 0.58 1.31 30 K -3 -2 7 0 -1 -1 -3 1 0 -6 -6 -2 -5 -5 -1 -1 -2 -6 -5 -5 1 2 64 4 2 2 0 9 1 0 0 2 0 0 3 3 2 0 0 0 1.31 1.47 31 S -1 0 1 -1 0 0 -3 2 0 -5 -3 -3 -4 -5 -4 5 1 -5 -4 -4 3 4 6 3 2 3 0 14 2 0 3 0 0 0 0 50 7 0 0 0 0.75 1.44 32 V -2 -2 -1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 5 2 -4 1 -3 1 0 -1 -4 -4 2 3 3 3 1 0 0 1 1 0 33 17 1 3 0 6 8 3 0 0 16 0.57 1.36 33 R -2 2 2 -2 -5 -1 0 -3 1 0 0 3 -1 0 -4 -1 0 2 -1 1 3 10 8 2 0 2 6 2 3 4 8 17 1 4 0 5 6 3 2 12 0.20 1.45 34 S -1 -4 0 0 -4 -1 -2 -2 -4 -5 -5 -3 0 -2 2 6 -1 -5 -4 -4 2 0 3 5 0 3 2 3 0 0 0 0 2 2 10 61 2 0 0 0 0.91 1.45 35 K 0 -2 1 -1 -4 -1 -2 -1 1 4 0 -2 0 -4 -3 0 0 -5 -1 2 8 2 7 4 0 2 2 4 3 22 7 3 2 0 1 7 5 0 2 16 0.22 1.46 36 K 3 0 1 -1 -4 1 0 -2 1 -1 -3 3 -4 -5 -1 0 0 -5 0 0 22 6 6 4 0 6 5 3 3 3 3 18 0 0 3 5 5 0 4 6 0.27 1.75 37 T 0 -2 1 -2 -4 -1 -4 -2 0 -1 -2 0 0 -1 -4 3 4 1 -1 0 9 2 6 3 0 2 0 3 2 3 4 5 2 3 0 18 26 2 3 6 0.36 1.77 38 A 1 0 -1 -2 3 -1 0 0 2 -1 -2 0 0 -5 1 -1 2 -5 -1 1 12 5 2 3 6 2 8 6 5 3 3 6 2 0 7 4 13 0 2 11 0.18 1.79 39 K 0 1 1 0 -5 1 0 0 3 -4 -1 0 2 1 1 0 0 -4 2 -4 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 0 0.16 1.67 40 W 0 -4 -5 0 0 -2 -4 -2 0 -1 1 -2 -3 3 -1 -2 -2 9 1 -1 8 0 0 5 2 2 0 3 2 4 12 2 0 10 4 3 2 30 4 4 0.91 1.67 41 N -2 -1 3 3 -5 1 -1 1 1 -2 -5 -1 -4 -1 -1 1 1 -5 -1 -2 3 3 15 19 0 6 3 11 3 3 0 3 0 3 3 9 11 0 2 3 0.36 1.69 42 M -3 0 -2 -1 -4 -4 -4 -4 -4 1 3 -2 1 4 -1 -2 -1 3 3 0 2 5 2 4 0 0 0 1 0 7 24 3 3 16 3 4 4 4 9 7 0.42 1.69 43 Q -1 0 1 0 -5 0 -1 -2 1 0 -1 1 -3 0 -4 1 0 2 3 0 4 6 7 6 0 4 4 3 4 6 7 8 0 4 0 11 4 3 10 7 0.15 1.69 44 N -2 0 5 2 -5 0 0 -2 0 -4 0 -1 0 -4 -4 3 -1 -5 -1 -4 3 5 27 11 0 4 5 3 2 0 10 2 2 0 0 19 3 0 2 0 0.52 1.69 45 G -1 0 1 1 0 -1 -2 5 0 -1 -4 -2 -1 -5 -5 -2 -2 0 -5 -2 6 5 6 8 2 2 3 48 2 4 2 2 2 0 0 2 2 2 0 3 0.73 1.73 46 K -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -4 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 0.11 1.78 47 V 1 -1 1 -1 -4 -1 0 -4 -1 1 0 0 -1 -2 1 -2 2 -2 -1 2 13 4 7 3 0 2 6 1 1 8 7 7 1 2 8 2 11 1 2 14 0.15 1.43 48 G 3 -2 -3 -5 -1 -2 -3 1 2 1 -1 -4 5 -2 -4 -2 -1 1 0 1 26 2 1 0 1 1 1 12 5 7 6 0 17 2 0 2 3 2 4 8 0.45 1.42 49 T 0 1 3 1 -5 3 0 -3 1 -1 -4 1 -1 -1 -4 -2 2 -5 0 -2 6 8 16 7 0 16 7 1 3 5 1 8 1 3 0 2 11 0 3 2 0.34 1.44 50 A 2 -5 -5 -5 2 -4 -4 -4 -5 0 -1 -4 -2 2 -4 -2 -1 -4 -3 5 21 0 0 0 4 0 0 0 0 3 4 0 0 9 0 2 2 0 0 54 0.85 1.14 51 H -2 2 -2 -1 -5 -1 -1 -3 5 -2 -1 -2 -1 -1 -5 0 0 9 0 0 2 11 1 3 0 2 3 1 14 2 7 1 2 3 0 6 6 28 1 7 0.87 1.17 52 I -2 -5 -5 1 -4 -5 -5 -6 -5 6 0 -5 1 -1 -5 -4 -2 -5 -4 3 2 0 0 9 0 0 0 0 0 62 4 0 2 2 0 0 2 0 0 16 1.12 1.17 53 I -1 -1 0 4 -5 -1 2 -3 -1 -1 0 -1 -3 -3 -4 1 2 -5 -2 -1 3 3 4 20 0 1 16 2 1 4 10 3 0 1 0 10 16 0 1 4 0.34 1.17 54 Y -4 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -1 -4 -3 -4 -3 4 -5 0 -4 4 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 9 0 4 74 0 1.94 1.17 55 N -4 -1 4 6 -5 -1 1 -3 0 -3 0 -1 -4 -5 -4 0 -3 -5 -1 -3 0 3 20 41 0 2 7 1 2 2 10 3 0 0 0 5 0 0 2 1 0.77 1.15 56 S 3 -2 0 -1 -4 0 -2 3 0 0 -4 -3 -4 -5 0 3 -2 -5 -4 -3 22 1 4 3 0 4 2 22 3 7 0 0 0 0 4 23 1 0 0 1 0.48 1.32 57 V 1 -1 0 1 -4 -2 1 -1 -2 -3 -2 -1 -1 -3 2 4 0 -5 -3 -1 11 4 4 8 0 1 8 4 1 1 4 4 1 1 9 29 4 0 1 6 0.30 1.31 58 D 0 1 1 1 -4 1 0 0 -3 0 -1 1 -3 1 -4 0 0 -4 2 -3 7 7 7 7 0 7 7 7 0 7 7 7 0 7 0 7 7 0 7 0 0.14 1.45 59 K 0 2 2 -3 -5 0 -1 -1 1 -4 -2 4 2 -1 -4 0 1 -5 -4 -2 6 11 11 0 0 4 4 4 3 0 4 27 5 3 0 5 10 0 0 3 0.42 1.59 60 R -2 1 2 -1 -5 3 -1 -2 -4 1 0 -1 2 -1 -2 -2 0 1 -4 1 3 8 8 3 0 15 4 2 0 8 10 4 5 3 2 3 7 2 0 11 0.22 1.62 61 L -4 -5 -2 -6 -4 -5 -5 -3 -5 3 5 -5 3 0 -5 -3 -1 -5 -4 1 0 0 2 0 0 0 0 3 0 17 53 0 6 3 0 2 3 0 0 9 0.89 1.49 62 S -1 -1 4 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234 P -3 -3 7 2 -2 -2 -1 -2 -1 -6 -6 -1 -5 -6 0 0 -1 -6 -5 -5 1 0 65 12 1 1 2 2 1 0 0 3 0 0 4 5 3 0 0 0 1.31 1.17 235 D 0 1 3 2 -5 -2 -1 0 -3 -1 -4 2 -3 -3 -1 2 1 -6 -2 -2 7 6 14 11 0 1 2 8 0 5 1 15 0 1 3 16 7 0 1 2 0.31 1.25 236 A 2 -1 0 -2 -4 -1 -1 -2 -2 -3 -4 0 -4 -5 -4 4 3 -5 -4 -4 20 3 4 1 0 2 2 1 1 1 1 6 0 0 0 38 19 0 0 0 0.65 1.19 237 N -4 -3 8 2 -5 -2 -2 -3 2 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -2 -6 -4 -5 0 0 88 8 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.89 1.07 K Lambda Standard Ungapped 0.1295 0.3133 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1556 0.3175 PSI Gapped 0.0476 0.2670