Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -3 3 7 -5 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -2 -6 -5 -5 0 0 17 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 0.57 2 A -1 -2 3 0 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 2 -3 -5 2 3 3 -5 -4 -3 2 0 16 5 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 11 32 22 0 0 0 0.61 0.71 3 R -2 1 1 2 -5 -1 4 3 -3 -4 -2 0 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 0 8 6 10 0 0 29 25 0 0 5 4 0 0 0 7 6 0 0 0 0.50 0.73 4 Q 1 -3 -3 -3 -3 3 -2 1 -3 3 -2 -2 -1 -4 3 1 0 -5 -4 0 12 0 0 0 0 18 0 10 0 18 3 0 1 0 15 12 4 0 0 7 0.38 0.77 5 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 0 -1 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 89 0 0 0 0 0 8 1.77 0.81 6 L -3 -3 -4 -4 -3 2 -3 -5 -4 1 3 -2 2 -2 -4 -3 3 6 -3 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 9 39 2 4 0 0 0 19 11 0 6 0.63 0.81 7 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 2 -5 2 -2 -5 -3 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 12 0 6 0 0 2 0 0 0 0 1.28 0.83 8 Y -3 2 -3 -4 -4 3 -1 -5 -2 0 -3 -2 -2 3 -4 -3 -1 -2 6 2 0 12 0 0 0 18 2 0 0 4 0 0 0 12 0 0 4 0 29 19 0.69 0.85 9 N -2 -3 6 -2 -4 -2 -2 -1 6 -5 -5 -2 -4 -4 -4 3 -2 -5 -2 -5 0 0 41 0 0 0 0 4 27 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 1.14 0.85 10 E -1 -2 -2 0 -4 0 5 -2 0 -2 -2 0 -3 -4 -3 0 0 -5 -4 2 4 0 0 5 0 3 41 3 3 0 2 6 0 0 0 8 4 0 0 21 0.53 0.85 11 D -1 1 3 3 -5 2 1 2 1 -5 -5 0 -4 -5 -1 1 0 -5 -4 -3 4 7 16 16 0 10 6 16 3 0 0 4 0 0 2 9 4 0 0 2 0.41 0.85 12 H -1 -1 -2 0 -4 -2 -3 -4 6 -1 2 1 1 -3 -4 2 2 -5 -3 -3 4 3 0 5 0 0 0 0 20 4 19 9 3 0 0 16 15 0 0 0 0.43 0.88 13 K -3 -1 3 0 -5 4 2 3 -2 -5 -5 4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 14 5 0 20 14 21 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.88 14 R -3 2 -3 -3 -4 3 -1 1 -3 -3 2 4 -2 -4 -4 -2 -1 -4 -4 -3 0 13 0 0 0 14 3 10 0 0 27 28 0 0 0 1 4 0 0 0 0.52 0.88 15 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.96 0.89 16 V -3 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 5 4 -5 2 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 49 0 4 0 0 0 0 0 0 8 1.05 0.89 17 D -3 1 -2 2 -4 4 3 -2 -2 0 -2 1 -3 -2 -3 0 -1 -4 -3 -3 1 6 0 12 0 26 21 3 0 7 4 6 0 2 0 8 3 0 0 0 0.47 0.83 18 A 4 -3 -3 -1 -3 -2 -1 -3 -3 -2 -3 1 0 -4 2 -1 2 -4 -3 2 41 0 0 4 0 0 4 0 0 0 1 9 2 0 10 0 13 0 0 15 0.49 0.83 19 L -1 2 0 0 -3 3 -1 -2 -2 -2 1 2 -2 0 -3 2 -2 -4 -3 0 4 11 5 4 0 16 3 3 0 0 13 11 0 5 0 15 1 0 0 8 0.23 0.81 20 S -2 0 1 1 -4 -2 0 3 -3 -3 -5 0 -4 -4 -1 4 1 -5 -1 -4 0 5 6 7 0 0 5 20 0 2 0 6 0 0 2 35 8 0 3 0 0.49 0.91 21 A 1 0 0 2 -3 -2 -2 2 0 -3 -4 1 -3 -4 0 3 -1 -4 -3 -1 12 5 4 10 0 0 0 14 2 0 1 9 0 0 5 27 2 0 0 6 0.34 0.84 22 I -2 1 1 3 -3 1 0 0 0 -1 -1 -2 -3 -4 -3 2 1 1 -3 -1 1 8 7 16 0 8 5 8 2 3 7 1 0 0 0 14 11 2 0 5 0.23 0.82 23 S 1 -3 0 -3 2 0 -3 1 -3 -1 0 -1 -2 -3 1 1 0 5 -3 3 10 0 5 0 4 4 0 9 0 2 7 5 0 0 8 11 4 7 0 22 0.26 0.84 24 V -3 0 -2 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 3 -4 1 -3 1 -4 -3 -4 -3 4 0 7 3 0 0 0 0 0 0 16 26 0 2 0 8 0 0 0 0 37 0.65 0.89 25 Q -3 3 -3 0 -4 3 -1 0 -3 0 0 -1 -2 -3 -4 -2 1 3 -3 3 0 16 0 6 0 14 3 9 0 3 9 2 0 0 0 0 10 4 0 21 0.30 0.85 26 T 0 -2 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 0 4 -4 2 -2 -4 -1 2 -4 -3 2 10 3 0 0 0 0 0 0 0 2 47 0 5 0 0 4 14 0 0 14 0.58 0.89 27 A 3 -2 -2 0 -3 0 2 0 -3 -3 -3 0 3 -3 1 0 0 -3 1 -1 23 0 0 5 0 5 13 7 0 0 1 7 9 0 6 7 4 0 6 5 0.25 0.83 28 T 0 0 2 4 -4 1 0 -1 -3 -4 -4 1 -3 -2 -2 1 1 -4 -3 -1 9 4 8 27 0 5 4 5 0 0 1 10 0 2 2 11 8 0 0 4 0.36 0.83 29 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2.67 0.87 30 N -3 -2 5 3 -4 -2 0 -3 5 -4 -4 1 1 -4 -3 1 -2 -5 -3 -3 0 0 28 19 0 0 4 0 17 0 0 10 4 0 0 12 2 0 0 2 0.74 0.87 31 P 0 2 0 -1 -3 3 -1 2 -2 -3 -2 -1 1 -4 3 0 -1 -4 -3 -3 7 11 5 3 0 16 3 15 0 1 4 3 3 0 16 8 2 0 0 1 0.36 0.80 32 E 1 -3 1 1 -4 -2 1 0 3 -2 -4 -2 -3 -4 1 3 2 -5 -3 -3 11 0 8 9 0 0 10 6 9 2 0 0 0 0 7 26 13 0 0 0 0.42 0.87 33 A -1 -1 4 -2 -3 -2 -2 1 -3 -1 -1 0 -3 -4 -3 4 1 -5 -4 -2 4 3 24 0 0 0 0 11 0 4 6 4 0 0 0 32 8 0 0 2 0.49 0.87 34 E -1 0 -2 1 -4 3 3 1 -2 -4 -4 3 -3 -4 3 -2 -2 -4 -3 -1 4 5 0 7 0 13 18 13 0 1 1 17 0 0 13 1 1 0 0 5 0.43 0.75 35 S 1 -2 4 0 -3 1 1 -3 3 -3 -1 -2 -3 0 -3 2 -2 -4 -1 -3 14 0 22 4 0 8 7 1 7 0 6 0 0 5 0 20 0 0 2 0 0.39 0.78 36 Q -3 -1 -2 -2 -4 7 0 -4 -2 -3 -2 0 5 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 73 0 0 0 0 0 3 18 0 0 0 0 0 0 2 1.31 0.80 37 K -2 1 -2 0 -4 6 -1 -4 -2 -3 2 2 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -3 -3 3 8 0 5 0 42 0 0 0 0 26 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0.70 0.81 38 F -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -3 4 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 79 0 0 2.96 0.81 39 R -1 3 -2 -3 -4 0 -2 -4 -3 -3 -3 5 3 0 -3 0 2 -4 -3 -2 4 19 0 0 0 3 0 0 0 0 0 37 10 5 0 4 15 0 0 2 0.63 0.84 40 W -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -1 -5 -3 3 -6 -5 -4 12 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 10 0 0 0 80 4 0 2.93 0.84 41 V -1 -4 -3 -1 -3 0 -3 1 -4 0 -2 -3 1 -3 -4 -2 3 -4 1 4 3 0 0 4 0 5 0 13 0 2 0 0 3 0 0 0 23 0 4 43 0.55 0.84 42 S 0 -1 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -4 -4 1 -4 -5 0 5 2 -5 -4 -4 3 2 0 4 0 0 11 5 0 0 0 8 0 0 4 52 12 0 0 0 0.66 0.84 43 D 0 1 3 4 -5 3 1 0 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 6 9 14 29 0 16 8 5 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0.64 0.84 44 S -2 -1 4 1 -4 1 0 1 6 -5 -5 -2 -4 -5 -4 2 -2 -5 -3 -5 0 2 24 8 0 7 4 12 24 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0.77 0.84 45 Q -3 6 -2 -3 -4 3 0 -1 1 -4 -2 2 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -4 0 48 0 0 0 13 4 4 4 0 4 12 0 0 0 5 4 0 0 0 0.79 0.80 46 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 5 -4 0 -2 -4 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 71 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.05 0.81 47 M -4 1 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -3 -2 2 -4 4 6 -5 -4 -1 -2 3 -2 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 15 45 0 0 4 0 10 0 0.97 0.84 48 S -3 0 5 -2 -4 2 -2 -3 6 -2 -5 -2 -3 -4 -4 3 -2 -5 -2 -4 0 4 33 0 0 10 0 0 26 4 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0.93 0.84 49 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 1 3 3 -4 2 -2 -5 -4 -1 -4 -3 4 4 0 0 0 0 0 0 0 5 17 26 0 5 0 0 0 4 0 0 40 0.72 0.84 50 A 1 -1 1 -3 -4 1 0 4 0 -4 -4 1 0 1 -4 1 -3 -4 -3 -4 12 2 7 0 0 6 6 32 3 0 0 12 4 7 0 10 0 0 0 0 0.45 0.84 51 F 0 0 -2 -3 -3 -3 -3 1 -4 -3 -1 -3 -3 1 -3 3 4 -4 -3 1 6 4 0 0 0 0 0 11 0 0 5 0 0 8 0 28 28 0 0 10 0.45 0.84 52 K 1 0 3 -2 -4 3 -2 2 -3 -4 -2 2 1 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 12 4 17 0 0 16 0 14 0 0 4 13 4 0 0 14 3 0 0 0 0.41 0.84 53 L -3 -2 0 -3 -4 4 -2 0 -3 -3 2 3 1 -4 -4 0 0 -4 -4 -3 0 0 4 0 0 26 0 8 0 0 26 20 4 0 0 6 5 0 0 0 0.47 0.84 54 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.89 0.84 55 L -3 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 0 -1 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.84 56 G 1 0 -2 -1 -4 -3 -3 5 -4 -5 -2 -1 -4 -5 -4 1 0 -5 -4 -4 11 6 0 4 0 0 0 56 0 0 5 3 0 0 0 11 4 0 0 0 0.83 0.84 57 V 2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -5 2 3 -4 -1 -3 -4 -1 0 -4 -3 3 21 0 0 0 0 0 0 0 0 12 32 0 0 0 0 4 5 0 0 26 0.57 0.84 58 P -2 -1 3 2 -4 0 -1 0 1 -1 -4 0 0 -5 4 1 0 -5 -4 -1 0 2 14 11 0 4 2 8 4 4 0 4 3 0 21 13 5 0 0 5 0.42 0.84 59 S -2 -3 0 1 -4 -3 0 1 1 2 1 -1 1 0 -4 2 -1 1 -1 0 0 0 4 10 0 0 5 9 4 13 12 4 3 3 0 17 3 2 2 8 0.16 0.84 60 K 0 2 -2 -3 -4 0 -2 -2 2 -2 -2 3 -3 -2 -3 3 3 -5 -3 -3 5 13 0 0 0 3 0 2 6 3 5 18 0 2 0 27 18 0 0 0 0.45 0.84 61 T -1 1 3 1 -4 0 -1 0 0 -4 -4 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