Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 W -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -4 -3 -5 -3 5 -6 -5 -4 9 8 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 28 50 0 2.09 1.06 2 S -4 -5 -1 -5 10 2 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -6 -2 1 -5 3 -4 0 0 3 0 67 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 8 0 9 0 2.19 1.58 3 Y -5 -5 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -1 -3 -4 -4 -4 5 -6 -5 -5 -1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 18 0 0 0 0 79 1 2.41 1.64 4 N -3 2 -1 -5 -3 -2 -4 -5 5 -3 0 1 -1 4 -6 -2 -4 2 5 -1 2 11 3 0 0 1 0 0 15 1 8 10 1 19 0 4 0 3 18 3 0.74 1.66 5 T -2 -3 -4 -4 -5 -5 -4 -6 1 2 0 -4 0 6 -3 -2 1 -3 4 -2 3 1 0 1 0 0 1 0 4 13 6 0 2 39 2 2 10 0 13 2 0.93 1.66 6 S -1 -3 2 -3 -3 -1 -3 -3 1 1 -2 -4 -3 3 -1 4 -1 -5 -3 1 4 1 11 1 0 3 1 1 3 9 2 0 0 13 3 36 2 0 0 9 0.55 1.66 7 T -1 1 3 0 -5 -2 0 1 -1 -2 -4 1 -5 -3 0 2 3 -3 -3 -3 3 6 16 5 0 1 6 11 1 2 1 10 0 1 4 14 16 0 1 2 0.36 1.65 8 E -2 0 0 3 -3 2 4 -2 0 -2 -3 0 -4 0 -3 1 0 -5 -1 -1 2 5 4 13 0 11 25 2 2 2 3 5 0 4 1 9 5 0 2 4 0.38 1.65 9 A -1 3 1 -3 -5 2 1 -2 -1 -4 -1 3 -1 -5 -1 1 1 -6 -3 -2 4 15 6 1 0 8 8 3 1 0 6 21 2 0 3 10 7 0 1 4 0.37 1.65 10 M 0 1 -2 -4 -5 -1 0 -4 0 -1 1 4 5 -4 -5 -3 -1 -5 0 1 9 8 1 0 0 2 6 0 2 2 11 25 15 0 0 1 3 0 3 10 0.49 1.65 11 T -2 -2 5 0 -5 -3 -2 -4 -3 -3 -5 -2 -4 -4 1 3 4 -6 -4 -4 2 2 28 5 0 0 2 0 0 2 0 2 0 1 6 19 30 0 0 0 0.85 1.64 12 Y -6 -6 -7 -7 -4 -4 -6 -6 -5 -5 -4 -6 -1 4 -7 -5 -5 12 3 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 15 0 0 0 75 6 0 3.28 1.65 13 D 0 1 2 1 -5 0 2 -3 1 -1 -2 -1 -2 1 -2 0 1 -3 0 -1 9 8 10 9 0 4 12 1 4 4 4 3 1 5 2 6 10 0 3 4 0.18 1.65 14 E 0 -2 -1 5 -6 0 4 -2 -2 -6 -4 1 -3 -6 -3 0 0 -6 -4 -3 9 1 2 29 0 3 31 3 1 0 1 8 1 0 1 6 4 0 0 1 0.77 1.65 15 A 6 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -2 -3 -2 -5 -4 -4 -4 -4 3 -2 -6 -5 -2 73 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 20 0 0 0 2 1.35 1.65 16 S -2 3 -3 0 -6 4 4 -5 -2 -2 -1 1 -2 -4 -5 -1 -3 0 -4 0 3 19 1 4 0 20 24 0 0 2 6 7 1 1 0 4 1 1 0 7 0.62 1.66 17 A 0 3 -1 1 -5 2 2 -3 -3 -3 -1 2 0 -3 -5 1 0 -6 -2 -3 9 15 3 7 0 10 14 1 0 1 6 10 2 1 0 9 7 0 1 2 0.33 1.66 18 Y 1 0 2 -1 -5 -1 -2 -5 2 -2 -1 -2 -1 3 -5 0 -2 1 6 -3 12 4 9 3 0 2 2 0 5 2 5 3 1 13 0 6 2 2 28 1 0.61 1.66 19 C -4 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.64 1.66 20 Q -1 5 0 -3 -5 4 0 -5 0 -1 -1 1 -1 -4 -4 0 0 -6 -5 -1 5 30 5 0 0 16 5 0 2 3 6 8 1 1 0 7 5 0 0 5 0.55 1.68 21 Q -1 2 0 1 -4 2 3 1 0 -3 -2 1 -1 -5 -5 1 0 -3 -3 -4 4 11 4 9 0 8 17 9 2 1 4 8 1 0 0 13 6 0 1 1 0.31 1.68 22 R -1 2 2 -2 -4 1 -1 -5 3 -1 1 1 5 0 -5 -3 -3 -5 1 -1 6 9 11 2 0 6 4 0 7 3 13 9 14 4 0 1 1 0 5 4 0.36 1.68 23 Y -3 -2 1 -1 -6 0 -2 6 3 -6 -6 -3 -5 0 -5 -1 -3 -5 3 -5 1 2 7 3 0 4 2 54 6 0 0 1 0 4 0 5 1 0 10 0 1.05 1.68 24 T 4 -5 -4 -5 0 -4 -5 4 -3 -1 -3 -4 2 -4 -5 0 2 -1 -4 -4 33 0 0 0 2 0 0 33 0 4 1 0 5 0 0 7 12 1 0 0 0.81 1.68 25 H -4 0 2 4 -4 2 -1 -4 8 -5 -6 -2 -3 -4 -5 -2 0 -6 -2 -5 1 6 8 26 0 10 2 1 34 0 0 1 0 1 0 3 5 0 1 1 1.16 1.68 26 L -5 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 1 -2 -6 -6 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 92 0 2 1 0 0 0 0 0 3 1.72 1.68 27 V 4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -6 -1 0 -5 -2 -4 -3 -1 0 -6 -5 5 39 0 0 0 0 0 0 0 0 2 7 0 0 0 1 3 5 0 0 42 0.99 1.68 28 A 0 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 2 -3 -2 1 -3 -4 5 2 -6 -5 2 5 1 0 0 0 0 1 0 1 11 1 2 3 1 0 45 14 0 0 16 0.78 1.68 29 I -4 -6 -6 -5 -4 -6 -4 -7 -6 6 -1 -5 -1 -1 2 -5 -3 -6 -4 4 0 0 0 1 0 0 1 0 0 55 3 0 1 2 11 0 0 0 0 26 1.33 1.68 30 Q -3 2 2 2 -1 1 1 -3 6 -5 -2 1 -1 -5 -3 -1 0 -6 -4 -4 1 13 11 10 1 5 7 1 23 0 4 10 1 0 1 4 6 0 0 1 0.63 1.66 31 N -3 -3 5 1 -1 -3 -3 -3 -4 -5 -6 -3 -5 -6 -4 5 3 -6 -5 -5 0 1 26 8 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 47 15 0 0 0 1.12 1.67 32 K 1 0 -2 0 -5 4 3 -3 0 -4 -1 1 2 -4 1 -1 -2 0 -2 -4 11 5 2 4 0 17 19 1 2 1 6 8 6 1 7 5 1 1 1 1 0.39 1.66 33 E 2 -2 2 1 -3 0 5 -2 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -2 -1 -1 -3 -5 -3 19 2 11 6 0 3 39 2 1 0 1 2 1 0 2 4 4 0 0 1 0.68 1.65 34 E -3 -3 -2 2 -6 0 7 -5 -3 -4 -5 0 -5 -6 -4 -3 -2 -6 -5 -3 2 0 1 9 0 2 75 0 0 1 1 5 0 0 0 1 2 0 0 3 1.51 1.65 35 I -3 -2 5 -2 -6 6 -2 -3 1 0 -3 -1 0 -4 -5 0 -2 -3 -3 -3 2 1 31 1 0 35 1 1 4 6 2 2 3 1 0 6 2 0 1 1 0.92 1.68 36 E 1 0 3 3 -6 2 3 -1 -2 -2 -3 1 -2 -4 -3 -1 0 -6 -3 -3 11 4 13 16 0 9 16 4 1 3 2 7 1 0 1 3 6 0 1 1 0.39 1.68 37 Y 1 -4 -5 -4 -5 1 -1 -6 -1 -3 0 -3 -1 7 -6 -4 -3 0 2 -2 12 1 0 1 0 7 4 0 2 0 9 2 1 52 0 0 1 1 6 2 1.11 1.68 38 L -3 -6 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 5 4 -6 1 -2 -6 -5 -4 -5 -3 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 28 44 0 3 1 0 0 0 0 1 21 1.15 1.68 39 N 1 -1 2 -2 -5 3 2 -4 0 -2 -3 1 -1 -2 -4 0 2 2 1 -1 10 2 11 2 0 13 11 0 2 3 2 10 2 2 0 5 11 3 6 4 0.30 1.66 40 S -1 1 2 1 -4 3 1 0 0 -5 -2 3 -3 -5 -4 2 -1 -6 -3 -4 5 7 8 9 0 11 9 6 2 0 4 17 0 0 0 16 3 0 1 1 0.39 1.65 41 I -2 -2 0 -5 -4 0 -4 -4 1 1 3 -3 2 3 -5 -2 1 0 3 1 3 2 4 0 0 4 1 2 3 9 25 1 5 12 0 3 7 1 10 8 0.40 1.61 42 L 1 -3 -1 -4 -2 -2 -4 -4 -1 4 2 -2 2 1 -4 -1 0 -2 -1 3 11 1 3 1 1 2 0 1 1 21 18 2 4 6 0 4 5 1 2 16 0.39 1.56 43 S -1 1 3 1 -2 -1 -1 -2 -1 -3 -3 4 -4 -4 1 1 -1 -5 -3 -3 5 6 13 9 1 3 3 3 1 1 3 25 0 1 8 12 4 0 1 2 0.40 1.55 44 Y 0 1 0 0 -2 -2 0 0 0 -2 -3 3 -3 -2 -2 1 1 -3 0 -1 9 7 4 6 1 1 6 9 2 2 2 18 1 2 2 10 9 0 4 5 0.19 1.55 45 S -2 2 3 -2 -3 0 0 1 1 -3 -4 1 -3 -2 -4 3 0 -5 1 -2 3 9 12 2 0 3 7 12 3 1 1 7 0 2 1 23 6 0 4 3 0.34 1.63 46 P -1 -2 4 2 -5 0 -1 1 1 -3 -2 1 -3 0 1 -1 0 1 -2 -2 5 2 17 12 0 4 4 12 3 1 4 8 0 4 7 4 5 2 1 3 0.28 1.65 47 S 0 0 0 2 -5 0 0 2 -2 -3 -3 1 -3 -1 -2 2 1 -5 -3 -3 7 6 4 11 0 4 7 17 1 1 3 7 1 3 2 18 8 0 1 2 0.26 1.65 48 Y 0 1 2 0 -5 -1 -1 -2 2 -2 -3 -3 -2 2 0 -1 -2 0 6 -3 9 7 9 6 0 3 3 3 5 2 2 1 1 8 6 3 3 1 26 2 0.48 1.61 49 Y 1 -4 -5 -6 -2 -1 -5 -5 0 1 -1 -5 -2 4 -4 -2 0 1 4 3 14 1 0 0 1 3 0 0 2 8 5 0 1 18 1 2 7 1 16 20 0.62 1.70 50 W -5 -5 -6 -6 -5 -5 -5 -3 -5 -3 -4 -5 -3 3 -6 -5 -4 12 2 -5 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 1 0 1 10 0 0 1 75 6 0 3.18 1.66 51 I -4 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -3 -6 7 2 -6 3 -2 -6 -5 -2 -6 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 69 16 0 6 1 0 0 2 0 0 4 1.51 1.73 52 G -3 -5 -2 -3 -6 -5 -5 7 -5 -7 -4 -5 -6 -6 -5 -1 -4 -6 -6 -5 0 0 2 1 0 0 0 89 0 0 2 0 0 0 0 5 1 0 0 0 2.01 1.73 53 I -1 -5 -6 -4 -2 -5 -6 0 -6 2 5 -5 2 0 -6 -3 -4 -5 -2 -1 6 0 0 1 1 0 0 9 0 11 61 0 4 3 0 1 0 0 1 3 0.96 1.73 54 R -3 2 4 -2 -4 1 -3 -5 4 -2 -4 -2 -3 1 -5 2 3 -1 0 -4 1 10 18 2 0 6 1 0 10 3 1 2 0 6 0 17 18 1 3 1 0.58 1.73 55 K -3 1 -1 7 -7 0 0 -3 -3 -6 -6 2 -4 -5 -3 -1 -4 -7 -3 -5 2 9 2 62 0 5 3 1 0 0 0 10 0 1 1 3 0 0 1 1 1.34 1.73 56 V -1 0 -3 -2 -3 1 -1 -1 1 1 1 -1 1 -4 0 0 2 -2 -4 1 5 5 1 2 1 7 3 4 3 9 13 4 3 0 5 7 15 1 0 11 0.19 1.65 57 N -1 -1 2 2 -5 1 5 -1 1 -5 -5 0 -4 -5 -2 0 0 -5 -3 -3 5 3 10 11 0 5 37 4 3 0 0 5 0 0 1 6 5 0 1 2 0.65 1.65 58 N -2 0 1 2 -5 0 -2 5 -1 -3 -4 2 -3 -4 -5 0 0 -2 -1 -3 2 6 6 10 0 4 2 39 1 1 1 11 1 1 0 5 5 0 3 1 0.59 1.70 59 V -3 -1 1 2 -6 3 4 -2 0 -1 -3 1 -2 -4 -1 0 1 -6 -2 -2 1 3 5 12 0 13 24 3 2 3 2 7 1 1 4 5 9 0 2 2 0.42 1.71 60 W -4 -2 -3 -6 -3 -4 -6 2 -5 -5 -4 -5 -2 5 -6 -4 -4 10 2 -5 0 3 1 0 0 0 0 18 0 0 0 0 1 26 0 1 1 44 4 0 2.02 1.71 61 V -2 2 -2 -3 -5 4 -1 -5 4 0 -1 1 -1 0 -3 -1 2 -5 0 0 2 13 2 1 0 17 4 0 10 6 5 8 1 4 1 4 11 0 3 6 0.37 1.71 62 W -6 -5 -5 -7 -2 -5 -5 -5 -5 -5 -4 -6 -3 3 -7 -6 -4 12 2 -5 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 13 0 0 1 77 5 0 3.31 1.71 63 V -3 -5 -4 -4 -4 -1 -1 -5 0 1 -1 -3 2 -4 -5 3 2 2 -1 4 0 0 0 1 0 2 3 0 2 8 5 2 4 0 0 23 11 2 2 34 0.62 1.71 64 G -4 -3 0 7 -6 -2 -2 -1 -3 -4 -6 -3 -5 -4 -3 1 -1 6 0 -6 1 1 4 55 0 1 1 5 0 1 0 1 0 1 1 11 3 10 3 0 1.25 1.72 65 T -2 -3 2 1 -3 0 -3 5 -1 -3 -4 -4 -2 -1 -3 0 2 0 -4 -2 2 1 8 8 0 5 1 42 1 1 1 0 1 3 1 6 13 1 0 2 0.68 1.62 66 Q -2 -2 1 3 -4 1 -1 1 -1 -5 -5 0 -4 -5 -1 4 3 -5 -5 -4 2 1 6 14 0 6 3 9 2 0 1 5 0 0 3 30 18 0 0 0 0.57 1.65 67 K -2 1 0 2 -4 0 0 1 0 -3 -3 1 -3 -2 4 -1 3 -4 -3 -2 3 7 4 9 0 4 5 9 2 2 2 8 1 2 19 4 16 0 1 2 0.35 1.42 68 P -1 -1 0 -2 -3 -1 -2 1 -3 -1 1 -1 -1 -2 4 1 0 -3 0 0 5 3 4 2 1 2 3 11 1 3 14 3 2 1 21 9 5 0 3 7 0.26 1.26 69 L -1 0 -2 -1 0 -1 -1 -3 -2 -1 2 -1 0 1 -1 0 1 -2 2 0 6 5 2 3 2 3 5 2 1 3 23 4 2 6 4 7 7 0 6 8 0.13 1.20 70 T -1 -2 2 -1 -3 -1 0 -2 -3 -3 -1 0 0 0 2 2 3 -1 -3 -1 4 2 11 4 1 3 5 3 1 1 6 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