Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 39 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.45 2 L -2 -4 -4 -4 -3 -2 -1 -3 0 1 3 -3 -1 3 -4 -1 1 -3 -1 2 1 0 0 0 0 2 4 1 2 6 32 1 0 16 0 6 12 0 1 16 0.40 0.76 3 R -3 6 -2 -3 -5 5 -1 -4 -1 -5 -4 3 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 0 49 0 0 0 30 0 0 1 0 0 16 0 0 0 4 0 0 0 0 1.15 0.83 4 G 0 -5 -3 -4 -5 -4 -4 6 -5 -6 -6 -4 -5 -6 5 -1 -4 -5 -5 -5 8 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 29 2 0 0 0 0 1.49 1.12 5 T -2 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -3 -5 -2 3 7 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 4 0 0 0 2 19 73 0 0 0 1.31 1.15 6 V -3 -3 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 2 -5 1 -3 -5 -5 -3 -5 -4 5 0 2 0 0 0 0 0 0 0 35 14 0 3 0 0 0 0 0 0 46 1.16 1.22 7 T -3 2 -2 -3 -5 1 -3 -5 1 0 -3 4 -3 1 -4 -1 1 -5 0 2 0 10 1 1 0 6 0 0 3 4 1 33 0 5 0 5 9 0 4 18 0.54 1.30 8 D 0 -4 -2 2 -4 -3 -1 -1 1 -3 -4 -3 0 -2 6 1 0 -5 -1 -3 9 0 1 13 0 0 3 4 3 1 1 0 3 2 39 10 7 0 2 2 0.80 1.26 9 F 3 -2 0 -3 -2 -2 -2 -4 0 -3 -2 -1 -3 2 2 1 -1 -4 4 0 22 2 6 1 1 2 2 0 2 1 4 3 0 10 10 10 2 0 14 8 0.35 1.28 10 S 0 -2 -3 -2 -5 -2 0 -4 -1 -4 -2 0 -2 -5 6 1 1 -5 -1 -2 9 2 1 2 0 1 6 0 1 0 4 4 1 0 45 10 7 0 2 3 0.93 1.30 11 G -2 -2 4 1 -3 -1 -1 3 4 -4 -2 -2 -4 -2 0 1 -2 -5 -1 0 3 1 20 8 0 2 4 21 9 0 3 1 0 2 5 9 2 0 2 7 0.40 1.29 12 F -3 -4 -4 -6 -5 -5 -5 -3 -1 -1 -2 -5 -3 8 0 -4 -3 1 4 -3 2 1 1 0 0 0 0 2 1 4 1 0 0 66 5 0 1 1 15 0 1.56 1.28 13 D -4 -1 5 6 -3 -3 -2 -4 0 -5 -5 -1 -5 -5 -4 1 -2 -6 -3 -5 0 2 26 48 1 0 0 0 2 0 1 4 0 0 0 12 2 0 1 0 1.17 1.32 14 G 4 -4 -4 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -2 -4 -3 -4 -4 6 -2 -2 -5 -3 0 32 0 0 2 1 2 2 1 0 1 0 1 0 1 44 1 2 0 1 8 1.16 1.40 15 R 1 0 0 2 -3 1 3 -3 0 -1 -2 0 -1 -5 -2 1 0 -5 -3 0 10 6 5 11 0 5 18 2 2 3 4 6 2 0 1 12 5 0 1 8 0.24 1.43 16 A 0 2 0 1 -1 2 2 -2 -2 -3 -4 -1 2 0 2 0 -1 -1 -2 -2 8 11 4 7 2 11 13 3 1 1 1 3 6 4 10 7 3 1 1 3 0.23 1.41 17 D -2 -4 -1 7 -6 -3 1 -4 -4 -3 -5 -2 -5 -1 -4 -3 -2 -6 -3 -5 4 0 1 77 0 0 5 0 0 2 0 2 0 4 0 0 2 0 1 0 1.60 1.35 18 A 6 -4 -4 -5 2 -4 -4 -3 -5 -1 -3 -4 -3 0 -4 -1 -1 -5 -4 2 64 0 0 0 5 0 0 0 0 2 1 0 0 5 0 3 3 0 0 15 1.02 1.41 19 E 0 0 -2 0 -5 3 4 -4 -1 -2 0 1 0 -5 -4 -1 -2 0 -2 -2 9 5 2 4 0 14 31 1 1 2 8 9 2 0 0 3 2 1 1 3 0.47 1.45 20 V 2 2 0 -1 -1 0 -1 -3 -1 0 0 1 0 -4 -4 -1 1 -5 -2 1 21 12 5 3 1 5 3 1 2 4 9 8 2 0 0 3 8 0 2 9 0.21 1.43 21 L -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 6 -5 2 0 -5 -5 -4 -4 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 14 71 0 4 3 0 0 0 0 0 0 1.19 1.38 22 R -1 4 0 -1 -1 2 0 -2 5 -4 -2 1 -4 0 -4 -2 -1 1 4 -3 4 20 5 3 1 9 6 3 12 0 5 7 0 3 0 1 3 2 13 2 0.46 1.39 23 K -1 0 0 2 -5 0 1 0 -2 -5 -3 5 -2 -5 -4 0 0 -5 -2 -2 5 5 5 10 0 4 10 6 1 0 2 34 1 0 0 7 5 0 1 2 0.47 1.37 24 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 1 -1 -5 -4 -3 77 0 0 0 0 0 0 3 0 0 3 0 0 0 0 10 3 0 0 0 1.23 1.35 25 M -3 -4 -5 -5 1 -4 -2 -2 -5 4 3 -3 5 1 -5 -4 -1 -4 -3 0 2 0 0 0 3 0 3 4 0 27 25 2 17 6 0 0 4 0 0 5 0.72 1.46 26 K -1 2 -1 -1 -5 2 1 -2 2 -5 -4 5 0 -2 -4 0 -1 -5 -4 -3 6 10 3 2 0 9 9 3 4 0 0 37 3 2 0 6 3 0 0 1 0.60 1.47 27 G -1 -1 1 -2 -1 -1 -4 5 0 -5 -3 1 -4 -5 -2 0 0 -5 -1 -2 4 3 6 2 1 3 0 47 3 0 2 10 0 0 2 6 6 0 2 3 0.71 1.54 28 L -1 2 -1 -4 -4 0 -2 -4 1 1 1 3 1 3 -1 -1 -2 3 -1 -2 5 9 2 0 0 4 2 1 4 8 12 17 4 14 4 4 2 4 1 3 0.29 1.47 29 G 0 -1 -1 -2 -4 -1 -2 6 0 -2 -3 -1 -4 -4 -4 -1 1 -4 -1 -4 8 4 3 2 0 2 3 52 2 3 2 3 0 0 0 3 8 0 2 1 0.79 1.46 30 T -1 -2 -2 -1 4 -3 -4 -1 0 1 -3 -1 -3 -4 1 -1 4 2 -4 2 4 2 2 4 7 0 1 4 3 9 1 3 0 0 8 5 28 3 0 14 0.44 1.46 31 D -1 0 2 6 -5 0 1 -1 2 -4 -5 0 -4 -4 -4 -3 -1 -5 0 -1 5 4 10 39 0 4 7 5 4 0 1 5 0 0 0 1 4 0 4 6 0.66 1.39 32 E 0 1 1 1 3 1 0 0 3 -4 -4 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 7 7 7 7 6 7 7 7 6 0 1 7 0 0 7 7 7 0 6 7 0.21 1.56 33 D 0 0 1 2 -5 2 1 -2 -2 -2 -2 3 -3 -2 0 1 -1 -2 -1 -2 8 4 7 12 0 8 9 3 1 2 4 16 1 1 4 10 4 1 2 4 0.22 1.54 34 S 3 -2 -3 -2 1 1 1 -3 -4 -3 -2 0 0 -4 -2 -1 4 -5 -4 1 23 2 0 2 3 6 8 1 0 0 4 6 2 0 2 4 26 0 0 10 0.42 1.51 35 I -4 -5 -5 -5 -4 -5 -4 -6 -5 5 3 -5 2 1 -5 -5 -2 0 -3 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 38 32 0 4 6 0 0 2 1 0 12 0.96 1.51 36 L -1 -5 -1 -5 -4 -4 -3 -5 -5 6 1 -5 1 -3 -5 -2 0 -5 -1 2 4 0 4 0 0 0 2 0 0 53 10 0 3 0 0 3 6 0 2 11 0.95 1.57 37 N 0 2 2 3 0 1 3 -2 -2 -5 -4 0 -3 -1 -4 1 -1 -5 -4 -3 6 13 9 19 2 7 17 2 1 0 1 6 1 3 0 9 3 0 0 2 0.45 1.57 38 L -2 -5 -5 -5 -1 -5 -5 -5 -5 6 1 -5 0 0 -3 -4 0 -5 -4 3 3 0 0 0 1 0 0 0 0 47 12 0 2 3 1 0 5 0 0 22 1.02 1.61 39 L -1 -5 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 2 5 -5 3 2 -5 -3 -1 -4 -3 0 6 0 0 0 2 0 0 1 0 9 56 0 8 7 0 2 3 0 0 4 0.90 1.66 40 T 2 -2 -2 -4 5 -4 -4 1 -4 -1 -1 -4 0 0 0 0 4 -5 -4 0 17 2 2 0 10 0 0 10 0 3 5 0 2 3 5 8 23 0 0 8 0.44 1.74 41 A -2 1 3 -2 1 1 0 -2 4 -4 -4 2 -2 -3 -2 2 2 -5 0 -4 3 7 13 1 3 5 5 3 11 1 2 10 1 1 2 18 12 0 3 0 0.41 1.77 42 R -2 6 -1 -3 -3 -1 -3 -5 0 -3 0 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 2 -2 3 50 3 1 1 1 0 0 2 1 10 5 0 1 4 4 3 1 7 2 0.87 1.77 43 S -1 -2 2 1 1 -1 -3 -2 -4 -2 -4 -2 -4 -2 -1 5 3 -5 -2 -3 3 1 10 9 3 2 0 2 0 2 2 2 0 2 3 39 17 0 1 1 0.65 1.77 44 N 1 -1 5 -2 -5 -1 0 -3 0 -2 -3 0 -2 -2 2 0 -2 -1 1 -2 14 3 25 2 0 3 7 2 3 2 3 6 1 2 11 7 2 1 5 4 0.40 1.82 45 A 2 -2 -1 0 -1 0 2 -2 1 -1 -1 0 0 -2 1 -1 0 0 0 -1 19 2 2 5 1 4 16 3 4 3 6 5 2 2 7 5 5 1 3 5 0.17 1.82 46 Q -3 -2 -1 1 -1 7 1 -3 3 -3 -5 -1 -4 -2 -4 -2 -2 -5 -1 -5 2 2 2 8 1 55 9 2 8 2 1 2 0 2 0 2 2 0 2 0 1.19 1.82 47 R -3 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -1 1 2 0 3 -1 -5 -3 -4 0 0 -1 2 45 0 0 0 0 0 0 1 7 18 3 7 2 0 2 0 1 4 3 0.90 1.82 48 Q 0 1 0 -1 1 4 -1 -2 2 0 0 0 2 -1 -1 1 -1 -5 -4 -1 8 7 4 4 3 16 4 3 4 4 9 5 5 3 3 10 3 0 0 5 0.17 1.95 49 Q -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 50 I -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 6 1 -5 2 0 -5 -4 -1 -5 0 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 52 14 0 4 3 0 0 4 0 3 14 1.08 1.66 51 A 1 3 0 -2 1 0 -2 -5 0 0 -2 2 0 2 -2 -1 -2 -5 -1 0 13 18 5 2 3 3 2 0 2 5 4 11 3 9 2 5 2 0 2 7 0.25 1.86 52 E 1 2 0 1 -5 2 1 -2 1 -1 -1 2 0 0 -2 -1 0 -5 -4 -1 11 9 4 8 0 10 9 3 3 3 6 12 2 4 2 4 5 0 0 6 0.17 1.86 53 E 4 -1 -1 -1 0 1 1 -2 2 -2 -2 -1 -4 -1 -2 1 1 -5 0 -1 30 3 3 3 2 6 8 2 4 3 3 3 0 3 2 9 8 0 3 4 0.29 1.86 54 F -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 3 -3 1 2 7 4 2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 15 1 15 15 14 15 15 0.56 0.57 55 K -1 1 1 -2 -5 4 1 -3 1 -4 -2 4 0 -1 -3 -1 -1 -5 -3 -2 6 8 7 2 0 16 8 2 3 1 4 28 2 3 1 5 3 0 1 2 0.48 1.62 56 T 2 1 0 1 -3 2 2 -2 1 -4 -4 2 -4 -3 -4 2 1 -5 -4 -3 15 7 3 7 1 8 12 3 3 1 1 11 0 1 0 16 9 0 0 1 0.35 1.62 57 L 1 1 -2 -3 -3 0 0 -5 1 1 2 1 4 1 -5 -2 0 -5 -1 -1 10 9 2 1 1 3 6 0 4 8 18 9 9 6 0 3 7 0 2 3 0.25 1.62 58 F -1 -3 -2 -5 -1 -3 -4 -3 3 -1 -2 0 -3 4 -5 0 2 -3 6 -1 4 1 1 0 2 1 0 2 7 4 3 6 0 16 0 7 13 0 29 5 0.72 1.61 59 G -3 -1 2 -1 -5 0 -2 6 -1 -2 -5 1 -3 -5 -3 -1 -3 -5 -5 -3 1 3 9 4 0 4 2 56 1 2 1 8 1 0 1 4 1 0 0 2 0.96 1.60 60 R -2 3 -2 -1 1 1 1 -3 0 0 -4 4 -2 -2 -4 -2 -1 -5 -2 0 2 17 2 3 3 6 11 2 2 5 1 29 1 2 0 2 4 0 1 7 0.50 1.63 61 D -3 -4 1 5 -5 -2 1 -1 -2 -4 -4 -2 -2 -3 0 1 1 -6 -3 -3 2 0 7 38 0 1 10 4 1 1 2 1 1 1 5 12 10 0 1 2 0.70 1.65 62 L -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -3 -5 4 5 -5 1 -1 0 -5 -3 -5 -4 0 2 0 0 0 1 0 0 2 0 20 58 0 3 2 4 0 1 0 0 4 1.03 1.65 63 V 2 -2 -2 0 -3 -1 3 -2 -2 2 1 -2 -1 -3 -2 -1 -1 -5 -1 0 15 2 2 6 0 2 20 2 1 14 12 2 1 1 2 4 4 0 2 6 0.24 1.65 64 N -1 0 0 3 -5 1 3 -1 0 -5 -4 3 -4 -6 -3 1 0 -6 -5 -4 5 5 4 17 0 6 17 5 2 0 2 19 0 0 1 10 6 0 0 1 0.49 1.65 65 D 2 -1 -2 4 -1 -1 1 -3 4 -3 -2 -2 -2 0 -4 1 -1 -2 -1 -1 16 4 1 24 2 3 10 1 9 1 4 1 1 4 1 9 4 1 2 4 0.41 1.65 66 M -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 3 0 -5 -5 -4 -5 -4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 33 44 0 7 3 0 0 0 0 0 8 1.10 1.59 67 K -1 2 1 0 -1 0 1 -1 -1 -3 -3 5 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -3 4 11 6 5 2 4 7 5 1 2 3 40 0 0 0 6 2 0 0 2 0.62 1.56 68 S -1 1 -1 0 -5 -3 1 0 0 -4 -2 3 0 -2 -4 3 -1 -5 -1 -2 5 6 3 5 0 0 11 7 2 0 4 18 2 2 0 26 4 0 2 3 0.36 1.58 69 E 1 0 -1 1 0 -1 5 -4 1 -1 -2 0 -1 -5 -4 -1 -3 0 -1 -2 11 4 2 7 3 1 40 0 4 5 4 6 1 0 0 4 1 2 2 3 0.56 1.57 70 L -2 -2 -4 -5 1 -1 -2 -2 -4 1 4 -2 2 1 -3 -2 2 -4 -2 -1 3 2 0 0 3 3 3 3 0 6 45 3 5 6 1 2 12 0 1 3 0.54 1.55 71 T -1 -1 0 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