Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -2 -2 -3 -4 -3 -2 -2 -4 2 -2 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.08 0.10 2 V 4 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 0 2 -2 0 -2 -2 0 -1 -3 -2 1 63 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0.34 0.15 3 E -1 -1 -1 1 -4 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.20 4 G -1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 6 -3 -3 0 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.33 5 Q 1 1 -1 -2 -3 6 0 -3 -1 1 -2 1 -1 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -2 14 7 0 0 0 59 0 0 0 13 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0.61 0.34 6 R -1 3 -2 -2 -4 -1 -2 5 -3 -4 -4 1 -3 -4 3 -2 -2 -4 -4 -4 0 22 0 0 0 0 0 48 0 0 0 11 0 0 19 0 0 0 0 0 0.82 0.39 7 K -2 0 -2 -1 -4 0 3 2 -2 -3 -3 4 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 24 19 0 0 0 45 0 0 0 0 0 0 0 11 0.53 0.39 8 R -2 4 -1 -2 -3 4 0 -3 -1 -3 -3 4 -2 -4 -2 1 -2 -3 -3 -3 1 24 0 1 0 21 1 1 0 1 1 34 0 0 1 13 1 0 0 1 0.66 0.49 9 R -2 6 -2 -2 -4 -1 -1 0 3 -4 -3 1 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 1 68 1 1 0 1 1 7 9 1 1 5 0 1 1 1 1 0 0 1 1.00 0.55 10 N -1 -2 4 1 -3 3 -1 -2 2 -4 -3 -1 -3 -3 -2 4 -1 -4 -3 -3 1 1 22 5 0 20 1 1 5 1 1 1 0 0 1 40 1 0 0 1 0.63 0.58 11 T 3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 0 1 -3 -2 -3 5 -2 2 -4 -3 -2 27 0 0 0 0 0 0 0 0 7 15 0 0 0 35 0 14 0 0 0 0.75 0.67 12 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 6 -4 0 0 -5 -3 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 91 0 0 3 0 2 0 0 0 0 1.18 0.74 13 H -3 -2 4 5 -5 3 1 -3 4 -5 -5 -2 -4 -5 -3 0 -2 -5 -3 -5 0 0 28 33 0 15 6 0 12 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0.91 0.74 14 E -2 1 1 6 -5 -2 2 -3 -3 -4 -1 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 3 7 6 64 0 0 13 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.74 15 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -3 -2 -4 -2 6 -5 -4 -4 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 61 0 1.75 0.76 16 K -2 -1 -2 -3 -4 5 0 -4 -2 0 -2 4 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 36 4 0 0 5 3 26 0 0 0 3 0 0 0 21 0.67 0.79 17 K -3 4 3 -2 -4 -1 1 -3 -2 -3 -2 4 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -3 0 0 28 17 0 0 0 7 0 0 0 4 32 0 0 0 0 2 0 0 9 0.68 0.79 18 S -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 1 -2 -2 -1 1 4 5 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 2 7 35 39 0 0 0 0.70 0.79 19 A 1 4 -2 3 -5 4 2 1 -2 -5 -4 0 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 14 22 0 15 0 19 16 9 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0.61 0.82 20 K -1 -3 1 -2 -4 -2 -1 6 -3 -5 -5 1 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 4 0 7 0 0 0 5 67 0 0 1 12 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.76 21 T 3 1 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 0 -2 -2 1 -2 0 4 -4 -3 1 27 10 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 7 1 4 30 0 0 10 0.42 0.76 22 T -2 2 -2 -2 -4 -1 4 -3 -2 -3 -3 1 0 -2 -3 2 1 5 -2 -1 1 10 0 0 0 0 30 0 0 0 1 7 3 2 0 20 11 10 0 4 0.54 0.76 23 L -3 -4 -4 -5 3 -4 -4 -2 -4 1 5 -4 0 -2 -4 -4 -3 -3 -3 0 1 0 0 0 7 0 0 4 0 5 75 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0.92 0.76 24 I -1 0 -3 -4 -3 1 -3 -4 -3 3 2 -3 -1 2 -3 -3 1 -3 -2 3 4 6 0 1 0 9 1 1 0 15 23 1 0 10 1 1 8 0 0 20 0.35 0.73 25 K 0 2 0 -2 5 -1 -2 -2 4 -3 -3 2 -2 -3 0 -1 2 -3 -2 -2 10 13 5 1 14 1 1 2 13 1 2 14 0 1 5 1 14 0 1 1 0.42 0.65 26 I 2 -1 -2 -2 -2 -2 0 -2 -2 1 1 -2 2 -2 2 -1 1 -2 -2 0 23 4 1 2 1 1 6 2 1 8 16 2 5 1 12 2 8 0 1 6 0.21 0.62 27 D -2 -2 3 3 -3 -2 -1 -2 -2 -2 0 -2 3 -2 4 0 -2 -3 -2 -2 2 1 18 15 1 1 2 2 1 1 12 2 9 1 22 6 2 0 1 2 0.46 0.61 28 P -2 -1 2 0 3 -1 -1 -1 4 -3 -3 2 -2 -3 4 0 -2 -3 -2 -3 2 1 10 5 8 1 4 3 10 1 2 16 1 1 23 7 1 0 1 2 0.49 0.65 29 A 2 -3 -1 -2 -3 -2 -1 2 -2 -1 -2 -2 -3 -3 2 3 -1 -3 1 -3 14 1 3 1 0 1 4 16 0 3 5 1 0 1 9 30 3 0 7 1 0.36 0.76 30 L -1 -3 0 -3 -3 -1 -1 -4 0 1 3 -3 -1 1 0 0 -2 0 -2 2 4 1 6 1 0 4 3 1 3 7 31 1 0 6 4 9 1 2 0 17 0.27 0.78 31 K -2 0 1 -2 -3 0 0 2 2 -3 0 2 -3 -3 0 2 1 -4 0 -2 1 3 6 0 0 3 5 18 6 0 9 12 0 0 4 16 11 0 4 2 0.24 0.80 32 I -2 2 -3 -3 -4 -2 0 -4 -3 2 -1 3 1 -4 4 -1 -1 -4 -3 1 0 14 0 0 0 0 6 0 0 12 3 21 4 0 18 4 3 0 0 11 0.45 0.83 33 K -3 1 -2 -2 -4 -1 3 -3 -3 -4 -1 5 -3 -4 -3 -1 0 3 -3 -4 0 6 0 0 0 0 20 2 0 0 7 49 0 0 0 4 7 5 0 0 0.74 0.85 34 T -1 -2 -1 -2 -4 5 1 -3 -2 -1 -2 1 2 -1 -3 1 2 -4 -3 -1 3 0 2 0 0 31 7 0 0 3 3 10 6 3 0 12 17 0 0 3 0.48 0.83 35 K -3 1 -3 -3 -4 -2 2 -2 -3 -2 3 3 -2 -1 -1 -3 -3 2 3 -2 0 6 0 0 0 0 13 3 0 0 33 25 0 2 3 0 0 3 10 1 0.45 0.85 36 K 1 0 2 1 -4 -2 -2 0 -3 -2 -3 3 -1 -4 -1 1 0 -5 -4 -1 15 3 12 10 0 0 0 7 0 2 2 22 2 0 3 12 7 0 0 4 0.31 0.85 37 V 2 -3 -3 -4 -3 1 -3 2 0 -1 -1 -1 -1 -1 -4 -1 0 -4 -3 4 17 0 0 0 0 8 0 17 3 0 4 3 1 2 0 3 5 0 0 36 0.41 0.85 38 N 1 2 4 -2 3 -2 -3 2 -3 -3 -1 -2 0 -4 -4 1 -2 -4 -4 -1 11 13 25 0 7 0 0 16 0 0 7 0 3 0 0 11 0 0 0 5 0.43 0.83 39 T 0 -3 1 1 -3 -2 0 -2 -3 -4 -1 0 1 -4 -3 4 2 -5 -4 -3 7 0 7 9 0 0 4 2 0 0 6 7 4 0 0 41 15 0 0 0 0.50 0.85 40 A 3 0 -3 -4 -3 0 1 -4 -4 2 0 1 2 -3 -4 -2 0 -5 -4 2 27 4 0 0 0 3 8 0 0 11 8 9 5 0 0 0 7 0 0 18 0.33 0.85 41 D -3 1 -2 1 -5 2 5 0 -2 -4 -3 0 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -4 0 0 6 0 7 0 7 55 7 0 0 3 3 0 0 0 2 2 0 0 7 0.75 0.82 42 Q -3 0 -1 3 -5 2 5 -4 1 -3 -5 1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -3 0 4 2 15 0 9 49 0 3 2 0 10 0 0 0 4 0 0 0 2 0.85 0.85 43 C -2 -5 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 96 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.75 0.85 44 A 6 -3 -3 -3 -3 -2 1 0 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -2 83 0 0 0 0 0 8 7 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.85 45 D 3 1 2 0 -4 1 2 0 -3 -2 -4 2 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 32 9 11 4 0 5 15 7 0 2 0 12 0 0 0 0 0 0 0 3 0.43 0.87 46 R -3 5 -2 0 0 1 -2 -4 -3 0 -2 5 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -2 0 37 0 6 3 4 0 0 0 6 3 39 0 0 0 0 0 0 0 3 0.88 0.89 47 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -2 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.84 0.89 48 T 0 -2 -2 -2 -2 -1 3 -2 -2 2 0 -1 -2 -2 -2 2 1 -3 -2 0 9 1 1 1 1 1 23 2 1 14 8 4 1 1 1 16 7 0 1 8 0.24 0.67 49 R -2 4 0 0 -3 2 3 -2 1 -2 -3 1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 1 1 2 22 4 4 0 8 23 3 4 1 2 7 0 1 1 2 1 0 6 10 0.38 0.71 50 N 0 -1 4 2 4 -2 2 -2 -2 0 -3 -2 1 -3 -3 1 -2 -3 -3 -1 7 4 22 10 12 1 14 1 0 7 2 1 4 1 1 9 1 0 1 3 0.38 0.74 51 K 2 2 -2 -2 -3 -1 1 -2 -2 -3 -3 5 -3 -3 1 -1 0 -3 -3 -3 21 8 1 1 0 1 9 1 0 1 1 39 0 1 6 1 6 0 1 1 0.55 0.76 52 G 0 1 -2 -2 -3 -1 3 4 -2 -3 -3 2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -3 7 7 1 1 0 1 27 32 0 1 2 14 0 1 1 1 1 0 1 1 0.57 0.74 53 L -2 -2 -2 1 -2 -2 -2 -2 -2 0 1 -2 -1 2 4 -1 2 -2 -1 0 3 2 2 8 1 2 2 3 1 4 14 2 1 10 21 3 15 0 1 7 0.31 0.58 54 P -1 -2 1 3 -3 0 1 -2 -2 -2 1 0 -2 -2 3 0 0 -3 -2 -2 4 1 7 15 1 4 9 2 1 1 14 7 1 1 17 7 6 0 1 2 0.27 0.66 55 F 1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -2 1 -3 1 7 -3 -3 -3 4 0 0 14 1 1 1 0 1 1 1 0 1 13 1 4 48 1 1 1 5 0 5 0.84 0.78 56 T -2 -3 0 3 -3 -1 0 -3 4 -1 -3 -2 -3 -4 2 -1 4 -4 -3 -1 1 1 3 16 0 1 6 1 12 4 1 1 0 0 10 3 36 0 0 4 0.59 0.86 57 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 5 0 0 0 89 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.60 0.95 58 K -1 6 -2 -3 -4 1 -2 -4 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 -2 -3 5 -3 -4 5 54 0 0 0 5 1 1 0 0 1 22 0 0 0 1 1 8 0 1 1.13 0.96 59 A 4 -3 0 -3 3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 3 0 -3 -3 -2 44 1 5 1 5 1 1 1 0 1 4 1 0 1 1 27 5 0 0 1 0.64 0.89 60 F -1 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -2 8 0 -3 -3 4 0 -2 5 1 1 1 0 1 5 1 0 1 2 1 0 66 5 1 1 5 1 1 1.22 0.86 61 V 0 -2 1 1 -3 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