Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -1 -1 6 0 -2 0 -1 -1 0 -3 -4 -1 -2 -3 -2 3 0 -4 -2 -3 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 0 0 0 0 0.69 0.14 2 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 3 -5 0 1 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 35 0 0 5 0 0 0 0 0 10 1.00 0.81 3 N -1 -1 3 -2 -4 -2 1 2 -2 2 -2 -1 -3 -3 -4 1 -1 -3 3 -1 4 3 16 0 0 0 10 15 0 13 3 3 0 0 0 13 4 0 13 4 0.28 0.84 4 N -4 -3 8 -1 -5 0 0 -3 -2 -5 -6 -2 -4 -5 -4 -2 -1 -6 -4 -5 0 0 88 0 0 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1.76 0.99 5 G -2 -1 -1 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 0 4 3 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.71 0.99 6 T -1 -3 2 3 -4 -3 -1 2 -3 -4 -2 -3 -4 -5 -4 1 4 -5 -4 -3 5 0 10 18 0 0 2 14 0 0 3 0 0 0 0 11 37 0 0 0 0.66 0.99 7 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 9 -1 -4 -2 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 4 0 3 0 0 0 2.01 0.99 8 D -1 -3 0 6 -5 -2 4 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 1 0 -5 -4 -4 4 0 2 51 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 10 5 0 0 0 1.10 0.96 9 E -1 -3 3 4 -4 1 2 -2 -2 0 -4 -2 -3 -4 -3 3 -1 -4 -4 -3 3 1 15 24 0 5 12 3 0 6 1 1 0 0 1 24 3 0 0 1 0.55 0.92 10 P -1 -3 0 -1 -3 -2 -1 6 -3 -4 -4 -1 -3 -4 2 -2 -3 -3 -3 -3 3 1 4 3 0 1 4 60 0 1 2 3 0 1 12 1 1 0 1 1 0.97 0.84 11 I 0 -3 -1 -3 -2 -2 -3 -3 0 2 2 -3 3 -2 -3 0 1 -3 -2 3 7 1 3 1 0 1 1 2 3 12 19 1 8 1 1 7 9 0 1 21 0.30 0.80 12 V -1 -3 -3 -3 2 -1 -2 -3 -3 1 -2 -3 -2 -2 -3 1 2 2 -2 5 4 1 1 1 4 3 3 1 0 7 2 1 0 1 1 11 11 3 1 42 0.48 0.82 13 N -1 1 3 0 -3 0 2 0 -2 -3 -3 -2 -3 -1 1 1 2 -3 -3 -3 4 7 16 3 0 4 13 7 0 1 2 1 0 3 7 12 17 0 1 1 0.30 0.81 14 D -2 -2 2 4 -2 -1 -1 0 -2 0 -2 -1 -2 -2 1 0 0 4 -2 -2 3 2 10 27 1 2 3 8 1 6 4 2 1 2 6 8 5 7 1 3 0.36 0.62 15 Q -1 -2 -2 -2 3 1 1 0 -2 0 2 -2 -1 0 -2 -1 0 1 0 2 5 2 2 2 6 7 8 6 1 4 18 2 1 4 2 3 6 2 3 13 0.11 0.61 16 A 2 -2 -1 0 -2 -1 2 3 -2 -2 -2 0 -2 -2 2 -1 -1 1 -2 -2 20 2 2 4 1 2 15 20 1 2 4 5 1 2 9 3 2 2 1 3 0.28 0.64 17 N 2 -2 3 0 -2 -1 2 0 -2 -2 -1 -2 -2 1 -2 0 -1 -2 1 -2 16 2 19 4 1 1 13 8 1 2 8 2 1 6 2 5 4 0 4 2 0.22 0.72 18 N -2 -2 4 0 -2 0 -2 2 2 -2 -2 0 -2 -2 -2 1 -1 -2 -2 1 3 2 21 5 1 4 2 17 5 2 3 5 1 1 2 10 4 0 1 13 0.29 0.72 19 P 2 -1 -2 -1 -2 -2 1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 0 1 -2 -2 2 18 4 2 4 1 1 9 5 1 2 3 2 1 1 14 7 7 0 1 16 0.23 0.72 20 D -2 -2 -1 5 -3 0 3 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 0 0 0 -3 -2 -2 3 2 1 37 1 4 18 2 1 2 3 2 1 1 5 7 6 0 1 2 0.59 0.73 21 E -1 1 2 -1 -2 -1 0 3 1 -1 -2 0 -2 -2 1 0 -1 -2 0 -2 3 8 11 2 1 2 7 27 3 5 4 5 1 2 6 6 2 1 3 3 0.26 0.65 22 W -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -1 -3 -3 -3 11 1 -2 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 2 2 68 4 4 2.32 0.80 23 F -1 -1 3 2 1 0 -1 -2 0 -1 -2 -2 -2 1 -3 1 -1 -2 4 -1 4 4 13 13 3 5 3 2 2 4 4 1 1 5 1 12 4 0 14 4 0.26 0.86 24 I 0 -2 -3 -3 1 -1 -2 -3 -2 0 2 -1 -1 3 0 -1 0 -2 0 1 9 1 1 1 3 3 2 2 1 4 24 4 1 13 5 4 6 0 3 11 0.21 0.82 25 W -3 -3 -2 0 -3 -3 -3 -2 -2 0 0 -3 -2 0 -3 -3 -3 9 4 -1 2 1 2 6 0 1 1 4 0 6 9 1 1 3 1 2 1 36 16 5 1.15 0.86 26 Q -2 -1 -2 -1 2 0 -2 -1 4 -1 0 -2 -2 -1 -1 0 3 6 -2 0 2 3 1 3 5 5 1 6 12 3 9 1 1 3 3 6 19 10 1 7 0.33 0.86 27 A 1 0 0 3 -3 -2 -1 2 -2 -2 0 -2 -2 -3 -2 2 1 -3 -3 -1 11 6 3 16 0 1 4 14 1 1 9 1 1 1 1 16 9 0 1 4 0.23 0.84 28 G 1 -2 1 0 2 1 -1 2 -2 -3 -3 -1 -3 -3 1 2 0 -3 1 -1 10 1 6 5 4 7 3 18 1 1 2 3 1 1 7 14 6 0 5 4 0.22 0.86 29 D -1 -3 5 4 -4 -2 0 0 -2 -3 -2 -1 -3 -4 -1 1 2 -4 -4 -1 5 1 27 21 0 0 4 6 0 1 3 3 0 0 2 10 12 0 0 4 0.53 1.00 30 Y -1 -1 2 0 -3 -2 1 -3 0 -2 0 -1 -2 2 -1 0 0 -3 3 2 4 3 10 4 0 1 10 1 2 1 8 4 0 11 3 6 5 0 10 17 0.20 0.95 31 G 0 -3 0 0 -3 -2 -2 5 -3 -3 -3 -2 -3 0 -3 2 0 -3 -1 -2 7 1 4 4 0 1 1 42 0 1 2 1 0 5 1 18 5 0 2 3 0.60 0.91 32 I 0 -3 -2 -1 -3 -1 -3 3 -3 1 -1 -3 -2 2 -3 2 0 1 -1 0 5 1 1 3 0 3 1 26 0 8 6 1 0 9 1 19 4 2 2 6 0.31 0.91 33 S 2 -2 2 2 -3 0 2 0 -2 -2 -3 -1 -3 -4 -3 2 -1 -4 0 -3 21 1 9 11 0 4 15 6 0 3 2 3 0 0 1 15 3 0 3 1 0.33 0.98 34 G 0 -3 1 -1 -3 -1 -1 5 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -1 -1 -3 -1 2 7 1 8 3 0 2 5 41 0 1 1 4 0 1 1 4 3 0 2 15 0.51 0.95 35 A 2 -3 -2 0 2 0 -2 1 -3 0 -2 -1 -3 -3 1 1 3 -3 -3 -1 21 1 1 5 4 3 1 12 0 5 2 3 0 1 6 9 22 0 1 4 0.31 0.94 36 R 2 -1 3 0 -3 0 0 1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 1 0 1 -4 -3 0 20 3 15 6 0 3 5 11 0 1 3 1 0 1 6 7 9 0 1 7 0.26 0.93 37 V 0 -1 0 -1 -3 -2 -1 1 -3 1 -2 -2 -2 0 4 0 0 -3 1 1 6 3 5 3 0 1 4 11 0 7 4 2 0 4 20 9 7 0 5 9 0.24 0.90 38 S 0 0 1 0 -3 -1 -2 -3 -3 2 -1 0 -2 -3 2 1 2 -3 -3 0 8 6 8 5 0 3 1 1 0 11 6 5 0 1 12 12 13 0 1 7 0.21 0.91 39 D -2 -1 0 1 -3 1 1 -3 0 -2 -3 -1 0 -3 -3 2 1 -3 -1 3 1 4 5 9 0 7 10 1 3 1 2 2 2 1 1 18 9 0 2 22 0.27 0.91 40 Y -2 -3 -3 0 1 0 -1 -3 -3 1 -1 -1 0 4 -3 0 1 -2 2 2 2 1 1 5 3 6 4 1 0 7 5 4 2 22 1 7 10 0 5 13 0.29 0.90 41 G -2 0 1 2 -3 -1 4 -1 -2 0 -3 -1 -3 -1 0 0 1 -3 -3 -1 1 4 8 10 0 1 29 6 0 7 2 3 0 3 5 7 8 0 1 4 0.31 0.90 42 V 0 -1 0 -3 -3 -3 -1 -2 -3 1 0 -3 -2 1 -1 -1 -1 -4 -3 5 6 3 6 1 0 1 4 3 0 6 5 1 0 7 3 5 3 0 0 47 0.48 0.96 43 R 0 -2 2 0 -4 1 1 -3 0 0 1 1 -2 -3 -1 0 2 -4 -3 -2 7 2 12 6 0 6 7 1 3 5 16 11 0 0 3 8 12 0 0 1 0.18 0.99 44 D -3 0 6 5 -5 -2 0 0 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -1 0 -3 -5 -4 -5 0 4 39 34 0 0 5 7 0 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 0 1.04 1.04 45 G -1 -3 3 0 -5 -3 -3 6 -3 -5 -5 2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -5 3 0 16 5 0 0 0 57 0 0 0 14 0 0 0 2 2 0 0 0 1.08 1.06 46 Y 2 2 -2 -3 -4 0 1 1 -3 -3 -3 1 -1 1 -4 0 -2 -4 1 1 22 11 2 0 0 4 9 10 0 0 0 9 2 7 0 6 1 0 4 11 0.27 1.06 47 A 2 -4 -4 -5 1 -4 -4 -2 -4 0 4 -4 1 2 -4 -1 -3 2 2 -2 21 0 0 0 3 0 0 2 0 4 43 0 4 8 0 5 0 2 6 0 0.56 1.05 48 Y 1 2 0 -3 5 0 0 -4 0 -1 -3 2 -3 -3 -4 0 0 -4 2 0 15 11 4 0 14 4 6 0 2 4 0 15 0 0 0 6 4 0 7 7 0.36 1.06 49 I 1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -5 4 0 -4 2 -1 -4 -3 -1 -5 -3 5 13 0 0 0 0 0 0 1 0 26 8 0 6 2 0 0 3 0 0 40 0.79 1.10 50 T 0 -1 1 3 -4 0 -1 -4 0 -2 -4 -3 -1 -5 -4 2 5 -5 -4 -2 8 4 5 17 0 5 2 0 2 2 0 0 1 0 0 13 38 0 0 2 0.63 1.12 51 I -1 -4 -4 -5 -3 -1 -4 -3 -5 4 0 -4 1 -3 -2 -1 -1 -5 -4 5 5 0 0 0 0 4 0 2 0 22 6 0 4 0 2 5 2 0 0 47 0.76 1.12 52 A 1 -3 3 0 -4 0 -1 -1 -3 -2 -1 0 -3 -4 2 0 3 -5 -4 -3 13 0 16 4 0 4 4 4 0 2 7 4 0 0 10 7 24 0 0 0 0.40 1.09 53 D -2 -2 4 1 -4 0 0 3 -3 -4 -4 1 -4 -4 -3 1 1 -4 -4 -3 1 0 22 8 0 4 5 26 0 0 1 10 0 0 0 10 8 0 0 2 0.56 1.05 54 P 2 -4 -2 0 0 -1 -1 1 -4 -2 -4 -1 -3 -5 4 1 0 -5 -4 1 20 0 1 5 2 3 4 12 0 2 0 3 0 0 18 9 7 0 0 13 0.39 1.10 55 G -2 -4 -3 -2 -4 -2 -4 6 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -2 -1 1 -5 -5 -5 0 0 0 2 0 2 0 76 0 0 0 2 0 0 2 4 10 0 0 0 1.42 1.10 56 T 1 -3 3 -1 -3 0 -1 0 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 4 1 -1 -1 13 0 18 3 0 4 3 8 0 0 1 4 0 0 0 12 25 2 2 4 0.43 1.06 57 D -1 -3 6 0 -5 3 2 0 -2 -3 -4 -1 -4 -5 -4 -2 -2 -6 -4 -2 5 0 46 3 0 14 13 8 0 1 1 2 0 0 0 0 2 0 0 4 0.87 1.14 58 T 1 2 1 0 -4 -1 0 -2 1 -3 -3 -1 -4 -5 5 1 1 -6 -4 -2 12 12 7 5 0 1 5 2 3 1 1 3 0 0 26 9 9 0 0 2 0.50 1.14 59 W -4 -2 -4 -5 -4 -4 -2 0 -3 -4 0 -4 -3 1 -5 -2 -2 10 5 -4 0 2 0 0 0 0 2 9 0 0 8 0 0 4 0 2 2 45 22 0 1.72 1.09 60 H -1 1 2 5 -5 -3 -2 0 1 -2 -3 -3 -1 -4 -4 3 -3 -5 0 -2 4 8 8 38 0 0 0 5 3 2 2 0 2 0 0 21 0 0 4 2 0.66 1.12 61 I 2 -2 -4 -5 0 -4 -4 -4 0 4 -1 -4 -2 -3 -2 -2 0 -5 -2 5 18 2 0 0 2 0 0 0 2 21 4 0 0 0 2 2 5 0 1 40 0.68 1.12 62 Q 0 -1 1 -1 -4 6 0 0 0 -1 -2 -1 -3 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -2 8 2 5 3 0 51 4 7 2 5 3 2 0 0 0 2 0 0 0 3 0.79 1.09 63 F 1 -4 -5 -5 0 -4 -4 -5 -4 3 3 -4 3 3 -4 -3 -2 -3 1 2 12 0 0 0 2 0 0 0 0 17 26 0 8 13 0 0 2 0 4 14 0.56 1.09 64 N -1 0 0 -3 -4 -1 -2 1 6 -1 -1 -2 -3 -3 -4 0 1 -4 3 1 4 4 4 0 0 2 1 12 22 4 5 2 0 0 0 9 10 0 10 10 0.43 1.09 65 Q 0 2 0 1 -5 6 0 -4 0 -5 -4 0 -3 -5 1 -1 -3 -4 -4 -4 8 11 3 7 0 51 2 0 2 0 0 2 0 0 6 4 0 0 0 0 0.94 1.09 66 W 1 -1 1 0 0 -3 0 4 -1 -2 -2 -1 0 -4 -2 -1 0 1 0 -4 10 3 7 5 2 0 6 37 2 2 3 3 2 0 2 4 6 2 4 0 0.42 1.14 67 I -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 2 -5 0 4 -5 -4 0 -4 1 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 29 18 0 1 16 0 0 6 0 4 23 0.80 1.14 68 G 1 -3 1 -3 -1 0 0 1 -4 -4 -4 1 -4 -2 4 1 2 -5 -4 -1 13 0 8 0 1 4 5 10 0 0 0 8 0 2 20 9 15 0 0 5 0.43 1.14 69 L -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 2 -1 -5 -3 -1 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 55 0 4 2 0 2 4 0 0 19 0.95 1.14 70 Y -3 2 -1 -1 -5 3 4 -3 0 1 -2 0 -3 -4 -4 -2 1 -5 0 1 0 10 2 2 0 13 25 2 2 7 2 6 0 0 0 2 9 0 4 13 0.41 1.14 71 R 2 2 -1 -3 -5 3 2 -2 -3 -5 -5 3 -4 -5 4 0 -3 -5 -4 -2 16 11 3 0 0 14 11 2 0 0 0 17 0 0 18 5 0 0 0 2 0.60 1.14 72 G -2 -4 2 0 -5 -4 -4 7 -4 -6 -4 -2 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -6 0 0 11 4 0 0 0 81 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.63 1.14 73 K -1 0 0 -1 -5 1 2 -2 4 -3 -4 3 -3 -4 -4 -2 0 -4 2 1 5 3 3 2 0 5 14 2 11 0 0 24 0 0 0 2 5 0 9 14 0.45 1.14 74 T -1 1 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -4 0 -4 2 -3 -5 -4 1 6 -5 -4 0 3 7 0 0 0 2 0 0 0 5 0 14 0 0 0 8 55 0 0 6 0.87 1.14 75 Y -2 -4 -5 -6 -5 -4 -4 -5 -1 -3 -1 -4 0 1 -5 -4 -4 0 9 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 2 0 0 0 0 0 88 0 2.13 1.14 76 T -2 3 -3 0 -4 1 0 -4 1 -4 -2 2 -3 -5 -4 -2 4 -5 -4 0 1 18 0 6 0 5 5 0 4 0 4 15 0 0 0 0 35 0 0 6 0.62 1.14 77 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -4 2 4 -5 -1 4 -5 -5 -4 3 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 39 0 0 15 0 0 0 4 11 18 0.88 1.14 78 S -1 2 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -3 -5 -5 1 -4 -5 -3 5 3 -5 -4 -4 2 13 0 0 0 0 4 0 0 0 0 10 0 0 0 54 18 0 0 0 0.92 1.14 79 F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 2 0 -5 -2 8 -6 -5 -4 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 5 0 0 72 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