Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -1 0 -1 0 -4 6 4 -3 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 74 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.16 2 A 5 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 3 0 -4 -3 -2 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0.70 0.35 3 Q -3 -2 0 6 -4 3 0 -3 -2 -2 -1 -2 -2 -4 -3 -2 -2 -5 -4 0 0 0 0 65 0 16 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0.84 0.40 4 I -2 -3 -2 3 -3 -2 -2 1 -3 2 -1 -3 3 0 3 -2 -1 -3 2 -1 0 0 0 23 0 0 0 13 0 15 2 0 14 4 15 0 2 0 8 3 0.34 0.40 5 T -1 -3 2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 0 -2 -2 -2 -3 -3 0 6 -4 -3 1 0 0 13 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 74 0 0 9 0.82 0.47 6 G 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 6 2 -4 -4 -3 -4 -4 0 -1 -3 -4 -4 -4 26 0 0 0 0 0 0 62 8 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 1.01 0.56 7 R 1 2 -3 0 -3 -2 -3 1 -3 -1 -2 -2 0 2 -4 -2 -2 -3 2 3 13 17 0 7 0 0 0 12 0 0 0 0 2 8 0 0 0 0 10 31 0.30 0.56 8 P -1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 1 -4 -4 -1 -4 -5 4 5 3 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 3 0 0 20 54 18 0 0 0 0.94 0.81 9 E -2 -1 -2 5 -4 -2 4 -4 -3 -1 -3 -2 -3 4 -3 0 -3 -4 -2 -1 3 3 0 33 0 0 27 0 0 3 0 0 0 18 0 8 0 0 0 4 0.68 0.83 10 W 1 -4 -4 -5 -4 -4 -4 0 -4 -2 -2 -4 -3 -2 -4 0 3 10 -1 -3 11 0 0 0 0 0 0 7 0 3 3 0 0 0 0 6 23 47 0 0 1.55 0.91 11 I -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 5 3 -4 -1 0 0 -3 0 -3 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 34 33 1 0 3 4 1 8 0 3 8 0.61 0.85 12 W -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 0 -1 -1 -4 1 -1 -4 0 -2 11 3 -1 1 1 0 1 0 0 1 1 2 4 6 1 3 1 1 10 2 52 8 6 1.69 0.93 13 L 1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 0 0 4 -4 -1 4 -4 -3 -2 -3 3 0 13 0 0 0 0 0 1 2 2 3 41 0 0 18 0 1 2 0 11 4 0.64 1.05 14 A 1 -4 -4 -5 -1 -4 -4 0 -4 -2 -2 -4 1 1 -4 -1 -2 10 0 -1 15 0 0 0 2 0 0 7 0 2 3 0 4 5 0 6 3 45 2 5 1.41 1.07 15 L 1 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -5 3 2 -5 1 4 -5 -4 -1 -4 -2 4 12 0 0 0 0 0 0 0 0 17 22 0 3 16 0 0 4 0 0 26 0.70 1.16 16 G 0 -5 1 -4 1 -4 -4 4 -4 1 -3 -4 -2 -2 -5 1 1 -5 -2 3 6 0 6 0 3 0 0 30 0 7 1 0 1 2 0 9 7 0 2 27 0.54 1.17 17 T 1 -4 -4 -5 3 -4 -4 -4 -4 1 -3 -4 -1 4 -4 0 4 -4 1 2 13 0 0 0 6 0 0 0 0 8 0 0 1 20 0 8 27 0 3 13 0.62 1.18 18 A 5 -4 -5 -5 1 -4 -4 -1 -4 1 0 -4 3 2 -4 -1 -3 -4 -1 1 46 0 0 0 3 0 0 3 0 7 7 0 9 10 0 4 0 0 1 10 0.64 1.18 19 L 3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 3 -5 1 3 -4 0 -3 -4 -2 -1 -5 -4 1 25 0 0 0 0 0 0 20 0 8 31 0 2 0 0 1 2 0 0 8 0.57 1.16 20 M 0 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -1 -1 2 -4 8 3 -5 -1 -3 -4 -3 -1 7 0 1 0 0 0 0 0 2 2 17 0 51 13 0 4 0 0 0 2 1.19 1.19 21 G 2 -5 -5 -5 -1 -4 -5 2 -5 0 3 -4 1 2 -5 -3 0 -4 -3 0 15 0 0 0 1 0 0 17 0 3 35 0 4 10 0 1 7 0 0 6 0.52 1.19 22 L 3 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -1 -5 1 3 -4 0 0 -5 -3 -2 -5 -2 3 31 0 0 0 1 0 0 5 0 7 31 0 2 4 0 0 2 0 1 18 0.60 1.19 23 G 2 -4 0 -3 2 -3 -3 3 -4 -1 -2 -3 -3 1 -4 3 0 -4 -4 -1 20 0 3 0 5 0 0 22 0 4 3 0 0 6 0 27 4 0 0 5 0.50 1.13 24 T 1 -4 -3 -4 -3 -2 -4 -1 -4 2 -1 -3 1 0 -4 2 4 -4 -3 1 10 0 0 0 0 1 0 5 0 14 4 0 4 5 0 13 32 0 0 10 0.50 1.15 25 L 1 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -4 1 2 3 -5 2 0 -3 -4 -2 -4 -1 4 12 0 0 0 0 0 0 1 3 12 29 0 5 4 1 0 2 0 2 30 0.63 1.17 26 Y -1 -5 -5 -5 -4 -5 -5 0 -1 1 0 -5 -2 6 -3 -4 -1 0 4 3 6 0 0 0 0 0 0 7 2 8 8 0 0 31 2 0 3 1 12 20 0.70 1.16 27 F 0 -5 -5 -6 0 -5 -5 -5 -2 -2 0 -5 0 8 -5 -4 -3 -2 2 -2 10 0 0 0 2 0 0 0 1 1 7 0 2 69 0 0 1 0 3 2 1.45 1.16 28 L 0 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -3 -4 2 3 -5 1 4 -2 -3 -2 5 1 2 10 0 0 0 0 0 0 2 0 11 26 0 2 18 2 1 1 8 5 13 0.58 1.17 29 V 2 -4 -4 -5 0 -4 -4 -2 -4 1 2 -4 2 2 -1 -1 -2 1 3 3 16 0 0 0 2 0 0 2 0 8 16 0 5 7 3 3 2 2 11 21 0.40 1.15 30 K 1 0 -4 -3 -4 0 3 -4 -4 -2 2 -1 3 1 -2 0 -1 3 -2 -2 10 6 0 1 0 4 18 0 0 1 22 4 7 6 1 8 3 4 1 2 0.30 1.17 31 G 0 3 -2 -4 -1 -3 -3 3 -3 -2 -3 0 2 -2 -4 3 2 -5 0 -2 6 19 1 0 1 0 0 19 0 2 2 4 7 1 0 20 13 0 3 2 0.43 1.18 32 M 0 3 1 1 -5 0 -2 -1 -3 -1 -1 -1 1 1 -3 0 -2 6 -2 -4 10 17 6 9 0 5 2 4 0 5 7 2 3 7 1 6 2 12 1 0 0.35 1.18 33 G -1 4 3 0 -2 0 -1 2 -3 -4 -3 1 -4 -3 -2 1 0 -5 -4 -2 4 24 13 5 1 4 3 15 0 0 3 7 0 1 1 9 5 0 0 2 0.39 1.13 34 V 0 -2 -2 -4 -3 -1 -1 -3 -4 1 1 -2 -1 1 -3 0 -2 -4 -3 4 9 1 2 0 0 3 4 2 0 6 15 2 1 6 1 8 2 0 0 37 0.39 1.12 35 S 1 2 0 -2 -4 0 0 -1 0 -3 -2 0 -3 -4 2 2 1 -4 -4 -1 12 12 3 2 0 4 5 5 2 1 3 6 0 0 11 17 11 0 0 5 0.26 1.08 36 D -1 0 -1 4 1 -2 -1 0 -1 -3 0 2 -3 -3 1 0 0 -4 -2 -2 5 5 2 26 4 1 3 7 1 1 9 11 0 1 8 6 7 0 1 3 0.30 0.97 37 P 2 -1 0 -2 -4 -1 0 2 -3 -2 -4 -1 -2 -4 4 1 -1 -5 -4 -2 15 3 5 1 0 3 7 14 0 3 1 4 1 0 23 12 4 0 0 2 0.45 1.08 38 D -3 4 -2 0 -4 1 2 -1 -3 -2 -2 4 -1 -4 -2 -1 -3 -4 -4 0 1 22 1 4 0 4 12 6 0 2 4 29 2 0 1 4 1 0 0 7 0.50 1.06 39 A 1 2 -1 -3 -3 0 -2 -2 2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -1 8 3 -1 12 14 3 2 0 3 2 3 5 2 3 4 1 1 3 1 3 24 10 4 0.68 0.98 40 K -3 6 -1 -1 -5 3 0 -3 -3 -5 -3 4 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 1 46 2 2 0 11 4 1 0 0 2 25 0 0 0 2 2 0 0 0 1.01 1.09 41 K -2 2 -1 -2 -4 -2 0 -3 -3 0 1 1 -2 -3 -2 -1 3 -4 1 1 1 10 2 2 0 1 7 2 0 5 17 7 0 0 2 4 24 0 5 9 0.28 1.10 42 F 0 -2 -3 -4 1 -3 -2 -4 -1 2 -3 -4 -1 5 -4 3 -1 0 4 -1 9 2 0 0 2 0 2 0 1 12 0 0 1 27 0 23 2 1 12 2 0.61 1.11 43 Y -2 -4 -4 -2 -4 -3 -4 -5 6 -1 2 -4 2 2 -2 -4 -3 2 6 0 3 0 0 2 0 0 0 0 20 2 23 0 5 6 2 0 1 2 25 7 0.80 1.14 44 A 0 -2 -3 -4 -4 0 -4 -1 -3 1 1 -4 0 -1 -1 0 3 -3 4 2 8 2 1 0 0 4 0 5 0 8 12 0 2 2 3 5 17 0 18 14 0.34 1.14 45 I 1 -5 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 3 2 -4 0 -1 -2 -2 0 -4 -1 4 14 0 0 0 3 0 0 0 0 18 19 0 2 2 2 3 4 0 2 28 0.54 1.14 46 T 2 -4 0 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -1 0 -3 -3 0 0 3 4 2 -4 -1 17 0 4 0 0 0 0 0 0 3 11 0 0 4 5 19 29 2 0 5 0.49 1.17 47 T 3 -4 -4 -4 -4 -4 -4 2 -5 2 0 -4 0 -2 -1 0 1 -5 -4 -1 31 0 0 0 0 0 0 18 0 15 9 0 3 2 3 5 10 0 0 3 0.47 1.17 48 L -1 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -2 -5 3 5 -5 3 2 -5 -4 -2 -4 -3 0 6 0 0 0 0 0 0 3 0 15 51 0 9 9 0 1 2 0 0 5 0.80 1.16 49 V 0 -5 -3 -5 -4 -5 -5 -5 -2 6 -1 -5 0 0 -3 -2 -2 -5 -4 4 8 0 1 0 0 0 0 0 1 44 2 0 1 3 1 2 2 0 0 35 0.95 1.17 50 P -1 -4 -2 -4 4 -3 -4 -4 -4 -3 0 -1 0 -5 4 0 5 -5 -4 -1 5 0 1 0 8 0 0 0 0 0 9 3 2 0 21 5 41 0 0 3 0.81 1.17 51 A 2 -5 -4 -4 -4 -4 -5 3 -5 0 1 -4 0 3 -5 -2 1 -4 -1 1 15 0 0 0 0 0 0 25 0 6 17 0 3 13 0 2 8 0 2 9 0.45 1.17 52 I -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 -1 -5 -2 3 -5 -1 -2 0 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 2 0 0 12 0 4 2 2 0 35 1.05 1.17 53 A 5 -4 -1 -4 -3 -3 -2 -1 -4 -4 -3 -3 1 -1 -1 2 -2 -5 -4 -3 62 0 2 0 0 0 3 3 0 0 2 0 4 3 3 17 0 0 0 0 0.88 1.15 54 F 4 -4 -4 -4 2 -4 -2 1 -4 0 -3 -4 -3 4 -4 1 0 2 -2 -3 36 0 0 0 5 0 2 12 0 6 1 0 0 20 0 10 6 2 0 0 0.60 1.15 55 T 0 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 4 2 -5 -1 2 -5 0 -1 4 2 2 8 0 0 0 0 0 0 0 0 21 20 0 1 10 0 8 3 6 8 16 0.56 1.17 56 M 4 -3 -1 -4 -4 -3 -2 -2 6 -3 -4 -3 2 -2 -4 3 0 -5 -3 -2 32 0 2 0 0 0 2 2 23 1 0 0 5 2 0 23 6 0 0 1 0.78 1.17 57 Y -4 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -3 1 -4 -2 -4 1 1 -6 -4 -2 1 9 -4 0 0 0 0 1 0 0 2 2 0 2 0 4 1 0 0 2 1 85 0 2.07 1.17 58 L -1 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 -2 3 -5 3 6 -5 -4 0 0 2 1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 8 39 0 0 5 1 7 8 0.93 1.16 59 S 3 0 -3 -2 -4 -3 -4 0 0 -4 -2 -3 -3 -1 -4 1 2 -3 5 -1 23 6 0 2 0 0 0 8 2 0 4 0 0 1 0 12 13 0 24 4 0.52 1.16 60 M -2 -4 -5 -5 -4 -1 -1 -5 -4 1 2 -4 9 -2 -5 -4 -3 -4 1 -2 3 0 0 0 0 2 4 0 0 6 12 0 66 0 0 0 0 0 5 0 1.45 1.13 61 L 5 3 -4 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -2 -1 -2 -3 2 -4 -2 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124 V 2 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -5 3 3 -5 3 2 -2 -3 0 -1 -3 1 19 0 0 0 1 0 0 2 0 18 23 0 8 9 3 0 6 1 0 10 0.52 1.29 125 G 3 -5 -1 -4 -4 -4 -3 6 -5 -3 -5 -4 -5 -3 -4 0 -2 -5 -5 -4 28 0 2 0 0 0 1 61 0 1 0 0 0 1 0 4 2 0 0 0 1.26 1.30 126 A 3 -3 -3 -1 -5 -1 5 -1 -4 -5 -5 -3 -4 -2 -4 -1 1 1 -4 -3 28 0 0 2 0 1 47 4 0 0 0 0 0 2 0 4 8 2 0 2 0.87 1.30 127 L 3 -4 -4 -5 1 -3 -4 -4 -3 0 3 -4 2 0 -4 0 0 -4 -1 2 22 0 0 0 3 1 0 1 1 4 30 0 5 4 0 7 6 0 2 13 0.46 1.26 128 T 0 -4 -2 -4 -4 -2 -4 4 -2 -1 -3 -4 0 -5 -4 2 2 -5 -4 1 8 0 2 0 0 2 0 34 1 3 2 0 2 0 0 19 15 0 0 11 0.61 1.26 129 K 1 -2 -2 -2 -3 0 1 0 2 1 -1 1 0 -1 0 1 1 -4 0 0 12 1 1 2 0 5 9 6 5 7 7 7 2 3 4 9 9 0 4 5 0.09 1.12 130 V -1 -1 0 -1 -3 -2 -2 2 0 -1 -2 -3 4 -1 -2 2 1 0 -2 1 4 3 5 4 0 2 2 18 2 4 3 1 11 2 2 14 10 1 1 9 0.23 1.12 131 Y 0 -3 0 1 -4 -2 -2 2 0 -2 -3 -1 -1 -2 2 1 0 1 4 -1 8 1 4 10 0 1 2 15 2 2 3 4 2 2 11 9 6 2 13 5 0.25 1.19 132 S 1 -4 -2 -1 -3 -2 -3 0 -4 1 0 -2 2 -3 0 1 3 2 -3 1 14 0 2 3 0 1 1 8 0 7 9 2 5 0 4 9 18 3 1 11 0.24 1.18 133 Y 0 -2 3 -1 -4 0 -1 -1 -3 -3 -1 -3 2 0 -2 -1 1 0 4 2 8 2 14 4 0 4 3 4 0 0 6 0 6 3 2 5 9 1 15 15 0.26 1.23 134 R 1 4 -3 -3 -4 -1 -1 -2 1 -3 -2 4 -2 -4 1 0 -1 -4 -2 -2 13 24 0 1 0 1 3 2 3 1 3 24 1 0 6 8 3 0 1 3 0.49 1.17 135 F -1 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -1 -3 0 -1 -3 3 1 -4 -2 0 10 3 0 6 1 2 1 0 1 2 5 0 7 5 2 8 4 1 2 6 35 8 5 1.07 1.17 136 V 1 -5 -4 -5 -4 -3 -5 2 -5 3 2 -4 0 1 -1 -3 0 -5 -4 3 12 0 0 0 0 1 0 14 0 18 17 0 2 5 3 1 5 0 0 21 0.44 1.26 137 W 1 -5 -5 -6 2 -5 -5 2 -4 -4 -1 -5 -2 4 -6 -4 -2 10 3 -4 13 0 0 0 4 0 0 15 0 0 5 0 1 15 0 0 2 34 11 0 1.37 1.30 138 W -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 1 -3 -3 -2 -5 -1 7 -6 -4 -4 7 4 -4 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 2 0 1 54 0 0 0 15 12 0 1.57 1.26 139 A 2 -5 -4 -5 -4 -4 -4 1 -5 3 1 -4 0 -1 -4 -3 2 0 -4 3 16 0 0 0 0 0 0 10 0 17 16 0 2 3 0 0 16 1 0 18 0.48 1.27 140 I -2 -4 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 1 3 -3 -5 -3 -4 -3 3 2 1 0 0 2 0 0 0 0 49 10 0 3 11 1 0 0 0 0 20 1.02 1.28 141 S 2 -4 -3 -4 -4 -3 -4 5 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 4 -2 -5 -5 -3 13 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 0 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