Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -3 5 5 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 38 0 0 0 1.19 0.94 2 E -3 -3 3 4 -5 3 4 -1 -3 -5 -5 1 -4 -6 -2 -1 0 -6 -5 -5 1 0 17 22 0 15 24 3 0 0 0 7 0 0 2 2 6 0 0 0 0.78 1.20 3 T 1 -4 -1 2 -4 -3 1 -2 -2 -2 -2 -2 -4 -3 -4 4 3 -5 -4 -3 10 0 2 11 0 0 11 2 1 2 3 1 0 1 0 36 19 0 0 1 0.59 1.31 4 T -2 -5 -2 -3 -4 -3 -5 -2 -5 2 3 -5 -1 2 -5 -4 3 -5 -2 2 2 0 2 1 0 1 0 3 0 10 32 0 1 10 0 0 21 0 1 15 0.61 1.46 5 S -1 -3 1 -1 0 0 -1 -2 2 -5 -5 -1 -4 -3 -2 6 1 -6 -2 -5 2 0 5 3 2 4 4 2 6 0 1 4 0 1 1 58 7 0 1 0 0.87 1.50 6 F -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -4 -2 -2 -6 -3 9 -7 -5 -5 -2 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 93 0 0 0 0 3 0 2.47 1.54 7 S -2 -3 5 1 -5 -2 -3 -2 -2 0 -2 -2 -2 -5 -4 3 2 -6 -5 0 3 1 33 7 0 1 1 3 1 7 4 2 1 0 0 20 10 0 0 7 0.63 1.58 8 I -4 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 0 1 -2 -6 -3 7 -6 -5 -5 0 6 -2 1 0 0 0 1 0 0 0 2 9 2 0 0 53 0 0 0 1 30 2 1.73 1.58 9 T -2 -3 4 2 -5 0 -2 -3 1 -4 -4 -2 -5 -4 3 2 2 -6 -2 -5 2 1 22 12 0 3 2 1 3 1 1 2 0 1 16 16 14 0 1 0 0.66 1.58 10 K -1 0 4 -1 -5 -1 -2 3 -2 -5 -5 2 -3 -4 -4 2 1 -5 -1 -5 4 4 19 3 0 2 2 23 1 0 0 13 1 0 0 18 7 0 2 0 0.57 1.56 11 F -4 -4 -5 -2 -5 -6 -6 -6 0 -1 -1 -6 -2 8 -6 -4 -3 -2 1 -3 1 1 0 3 0 0 0 0 3 3 3 0 1 79 0 1 1 0 3 1 1.92 1.60 12 G 0 0 1 2 -4 -1 -1 1 3 -4 -2 -1 -2 -3 -3 3 1 0 -3 -1 7 4 8 11 0 3 3 10 6 1 3 4 1 1 1 23 7 2 1 5 0.29 1.45 13 P -1 -1 0 0 -3 2 -1 -1 -1 -2 -3 0 -3 1 4 2 0 -3 -1 -2 5 2 5 5 0 8 4 5 2 3 3 7 0 6 17 15 6 0 2 3 0.25 1.26 14 D 0 -3 5 4 -4 -3 -1 1 -1 -4 -4 -2 -1 -4 -1 1 -1 -4 -1 -3 8 1 27 21 0 1 4 9 1 1 2 2 1 1 3 10 3 0 2 2 0.56 1.38 15 Q 0 -1 2 1 -3 3 2 1 -1 -4 -3 0 -4 -5 -1 1 0 -5 -4 -2 6 4 11 8 0 16 12 13 2 1 3 5 0 0 3 8 7 0 0 3 0.33 1.54 16 P 2 -1 0 -1 -4 1 1 -2 -4 -5 -4 2 -4 -5 3 2 3 -5 -3 -3 14 3 4 3 0 6 9 2 0 0 1 11 0 0 13 14 17 0 1 1 0.43 1.54 17 N -1 -3 6 4 -5 0 -1 0 -2 -5 -4 -2 -5 -3 -3 0 -2 -6 -4 -5 5 1 41 24 0 3 4 8 0 0 2 2 0 1 1 6 2 0 1 0 0.96 1.55 18 L -3 -5 -6 -4 -4 -5 -4 -6 -6 4 5 -5 0 0 -6 -5 -2 1 -2 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 19 62 0 1 4 0 0 2 2 1 5 1.13 1.60 19 I 0 0 1 -3 -4 -2 -1 -4 -1 4 0 -2 0 -2 -5 0 3 -5 -1 1 6 6 6 1 0 1 3 1 1 26 8 2 2 2 0 8 17 0 2 7 0.37 1.61 20 F -4 -4 -6 -6 0 -3 -4 -6 -5 1 4 -4 1 6 -6 -5 -2 -1 0 -1 1 1 0 0 2 1 1 0 0 8 44 1 3 29 0 0 3 1 3 3 1.02 1.62 21 Q -2 -2 0 3 -5 6 2 -4 -1 -3 -1 -2 -2 0 -4 -1 -3 -5 0 -3 2 2 4 16 0 39 13 1 1 2 6 1 1 4 0 4 1 0 3 2 0.78 1.59 22 G -2 -3 -2 0 -3 -3 -2 7 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -3 -2 -4 -5 -2 -6 2 2 1 4 0 1 2 83 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 2 0 1.74 1.60 23 D 0 -4 2 6 -5 -1 -1 -2 -2 -2 -3 -3 0 -4 -3 1 0 -6 -3 -2 7 0 10 42 0 3 2 3 1 3 3 1 3 1 1 11 6 0 1 4 0.74 1.60 24 G 6 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -1 -5 -4 -4 -2 -4 -5 -4 0 -1 -6 -5 -1 82 0 0 0 1 0 0 4 0 0 0 2 0 0 0 6 2 0 0 3 1.41 1.60 25 Y 1 0 0 -2 -4 -2 -2 -2 0 -1 -3 0 1 -1 -4 2 4 -5 1 0 11 4 4 2 0 1 2 3 2 4 2 7 4 3 0 16 24 0 5 6 0.33 1.64 26 T -3 -4 -2 -2 -4 -3 -2 -4 -3 3 0 -3 -3 1 0 0 1 -1 -1 4 1 1 1 3 0 1 2 1 1 17 8 1 0 6 6 8 9 1 2 31 0.49 1.63 27 T -1 0 0 0 -5 -1 -2 -3 0 -1 -2 -2 -1 -2 1 3 4 -6 -2 -1 5 5 5 5 0 2 2 1 2 3 4 2 1 1 8 25 23 0 1 5 0.40 1.65 28 K 0 -2 4 1 -5 -2 -1 0 -1 -6 -6 1 -5 -4 3 3 -1 -6 -5 -3 7 2 21 8 0 1 4 7 1 0 0 8 0 1 12 24 2 0 0 2 0.58 1.63 29 E -2 -3 2 1 -5 -2 -2 6 -2 -3 -4 0 -5 -6 -5 -1 -2 -5 -5 -5 1 1 8 7 0 1 2 64 1 2 2 5 0 0 0 3 2 0 0 0 1.20 1.58 30 R 0 0 1 -2 -4 0 -3 0 -1 0 2 0 -3 -1 -3 0 1 0 1 1 8 5 7 2 0 4 1 7 1 4 18 6 0 2 1 6 10 1 5 11 0.13 1.58 31 L -2 -3 -5 -3 1 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 0 -2 -5 -5 -2 -5 -4 2 2 1 0 2 3 0 0 0 0 17 57 0 1 1 0 0 2 0 0 11 0.99 1.55 32 T -2 2 0 0 -2 5 2 -2 1 -3 -2 0 -1 -5 -4 0 1 -5 -4 -1 3 9 5 5 1 27 11 3 3 2 4 6 2 0 0 7 7 0 0 5 0.44 1.58 33 L -3 -2 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -5 1 6 -5 1 -1 -5 -5 -4 1 -4 0 2 2 0 0 0 0 0 2 0 7 77 0 2 2 0 0 0 2 0 4 1.27 1.58 34 T -2 -4 1 -2 -1 -3 -3 -2 0 -3 -3 -2 -4 -5 -2 0 7 -5 -4 -3 1 0 7 2 1 0 0 3 2 1 1 2 0 0 2 6 71 0 0 0 1.28 1.55 35 K -3 1 6 2 0 -1 -1 -1 -3 -3 -4 2 -4 -5 0 0 -1 -5 -1 -5 2 7 36 9 2 2 2 4 0 1 2 14 0 0 5 5 4 0 2 0 0.67 1.69 36 A -1 -1 2 3 -5 -1 -1 1 0 -3 -2 -2 -4 -3 1 0 1 -5 -2 2 5 3 9 15 0 2 4 12 2 1 4 2 0 1 7 7 9 0 2 14 0.23 1.69 37 V -2 -2 0 -1 -4 -2 -1 -2 -2 0 -1 1 -1 -4 -3 2 4 -1 -1 0 3 1 4 3 0 2 3 3 1 4 6 9 2 0 1 18 28 1 3 8 0.38 1.71 38 R -2 -2 3 -1 -2 1 0 0 0 -2 -3 1 0 -2 1 2 1 -5 1 0 3 2 12 3 1 6 5 6 2 2 2 9 3 1 6 16 9 0 6 6 0.21 1.71 39 N -2 2 4 2 1 2 -1 -2 3 -4 -4 -1 -2 0 -3 0 -1 1 0 -4 3 10 19 13 3 8 3 4 7 1 1 3 1 5 1 7 3 2 4 1 0.39 1.68 40 T -1 0 -1 -2 -1 2 -1 0 -4 -1 -1 -1 1 -4 -4 4 1 -5 -2 -1 4 4 2 1 1 9 3 6 0 3 5 4 4 0 0 38 9 0 2 4 0.46 1.68 41 V 1 -2 -2 -4 0 -1 -2 -1 0 1 -1 1 4 0 -2 0 2 -4 0 1 13 2 2 0 2 2 2 5 2 7 4 8 11 5 2 6 12 0 3 11 0.19 1.31 42 G 0 -4 -3 0 2 -4 -4 6 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 -3 -5 -5 -1 6 0 0 5 5 0 0 64 0 0 1 5 0 0 0 7 0 0 0 5 1.16 1.32 43 R -2 5 -3 -4 -5 2 -3 -2 6 -1 -2 -1 -3 -1 -4 0 -1 2 0 -4 3 32 0 0 0 10 0 3 22 4 3 3 0 3 0 8 3 3 3 0 0.77 1.34 44 A 5 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -2 -5 -2 -3 -4 1 -2 -4 -1 -1 -5 -4 4 58 0 0 0 1 0 0 2 0 1 1 0 4 2 0 2 3 0 0 26 1.02 1.54 45 L -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -4 -4 0 3 -5 -1 7 -5 0 -1 4 -1 -2 1 2 0 0 1 0 0 1 0 4 29 0 1 42 0 7 3 5 0 2 1.03 1.51 46 Y -4 -3 -1 -4 -1 -4 -3 -5 4 -3 -2 -4 -3 4 -5 -3 -4 2 8 -4 0 1 3 1 1 0 1 0 10 1 4 0 0 13 0 2 0 2 57 0 1.56 1.51 47 S 0 -1 1 -2 -4 -2 -3 -1 -1 -2 -2 1 -4 -3 4 3 0 -5 0 -3 7 3 6 2 0 1 1 5 2 2 3 11 0 1 21 25 6 0 4 1 0.47 1.51 48 S 2 0 0 -1 -4 0 0 -2 1 -2 -3 2 -3 -1 -2 0 3 -5 -1 -2 19 6 5 3 0 3 7 2 3 3 2 15 0 3 2 6 16 0 2 2 0.27 1.51 49 P -1 -2 -4 -4 -5 -1 -3 -4 -2 -4 -3 -1 -4 -5 8 -2 -1 -6 -5 -3 4 2 0 0 0 3 0 0 1 1 2 3 0 0 75 2 3 0 0 1 1.96 1.51 50 I -4 -5 -5 -5 -4 -3 -5 -6 -5 5 2 -5 0 3 -5 -5 -3 0 -3 4 0 0 0 0 0 1 0 0 0 37 17 0 2 11 0 0 0 1 0 27 1.00 1.51 51 H -1 4 1 0 -4 4 -1 -4 4 -4 -3 0 -4 -3 2 -2 -1 -5 -2 -3 4 19 5 4 0 20 3 1 12 1 3 5 0 1 12 3 4 0 1 2 0.55 1.50 52 I -3 -5 -5 -5 -4 -3 -5 -5 -5 4 4 -5 1 5 -5 -4 -2 -3 -2 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 24 35 0 2 27 0 1 2 0 0 3 0.99 1.50 53 W -3 3 -3 -4 1 -2 -3 -2 -1 -3 -2 2 -3 1 -3 -1 -2 10 1 -3 1 15 1 1 3 1 1 3 2 2 4 13 0 5 1 5 2 36 3 2 1.20 1.42 54 D -3 -1 3 5 -5 0 2 -1 -1 -5 -5 0 -4 -4 -2 2 -2 -5 -4 -5 1 3 12 36 0 4 11 5 1 0 1 5 0 1 2 13 2 0 0 1 0.73 1.46 55 S 0 0 1 -1 -1 -1 -2 0 -2 -3 -3 1 -4 -2 1 4 -1 -4 -2 -3 5 5 6 4 1 2 2 7 1 2 2 10 0 2 8 39 3 0 1 1 0.47 1.43 56 K 1 -1 2 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -2 -3 1 -1 -4 1 2 3 -4 -2 -1 11 3 8 3 0 3 4 5 1 2 2 10 2 1 8 16 17 0 1 4 0.26 1.32 57 T -1 -2 3 -1 -3 -2 -2 0 -3 -2 -4 -1 -2 -4 -1 2 5 -4 -4 -2 4 1 14 4 0 1 2 7 0 2 1 3 1 1 4 16 37 0 0 2 0.61 1.37 58 G 0 -1 1 -1 -4 -2 -3 5 -2 -2 -4 -1 -4 -4 -2 2 0 -4 -4 -3 5 3 7 3 0 1 1 44 1 3 2 3 0 0 1 18 4 0 0 2 0.70 1.39 59 N 0 1 4 -1 -4 -1 0 -2 -1 -1 -3 1 -2 -2 -2 2 1 -4 -4 0 7 6 19 2 0 3 7 3 1 3 2 10 1 2 2 13 10 0 0 6 0.29 1.44 60 V 0 -3 0 -1 -3 -2 -1 -3 -4 0 1 -2 0 -3 -1 0 -2 -4 -4 5 6 1 4 3 0 2 4 2 0 3 16 3 2 0 3 7 2 0 0 41 0.50 1.47 61 A 4 0 -2 -3 -2 1 -3 -2 -2 -3 -1 -3 -3 1 -2 1 1 -1 -1 -1 40 6 1 1 1 6 1 2 1 1 5 1 0 7 2 11 7 1 2 4 0.46 1.49 62 N -1 -4 1 0 -4 -3 -1 -3 -1 -4 -5 -3 -4 0 -2 6 -1 -5 -3 -3 2 0 6 6 0 0 2 1 1 1 0 0 0 5 2 69 1 0 1 1 1.11 1.58 63 F -4 -5 -5 -3 -5 -5 -3 -6 -4 -2 -2 -5 -3 9 -6 -2 -3 1 1 -4 1 0 0 2 0 0 2 0 0 1 2 0 0 82 0 3 2 1 2 0 2.04 1.62 64 V 1 -1 0 3 -4 0 -1 -4 -3 -3 -4 -1 -4 1 -2 4 1 -5 -1 -1 10 3 4 14 0 5 4 0 0 1 1 2 0 7 2 32 8 0 2 4 0.43 1.61 65 T 0 -4 -3 -4 1 -1 -4 -2 -4 -2 -2 -4 -1 -2 -3 1 6 -5 -4 0 7 0 1 0 2 2 0 2 0 2 3 0 2 1 1 7 63 0 0 5 1.08 1.61 66 S 0 0 2 -2 -4 -1 -1 -2 2 -3 -3 -1 -4 -1 -4 4 3 -5 0 -1 5 5 8 1 0 2 4 3 4 1 1 4 0 3 0 33 16 0 4 5 0.46 1.61 67 F -5 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 0 0 -2 -2 -3 8 -6 -3 -5 -2 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 2 3 0 79 0 3 0 0 2 3 1.96 1.64 68 T -1 -2 -1 -3 -1 -3 -2 -4 0 0 -3 -3 -2 0 -4 3 4 -5 -3 2 4 2 3 1 1 1 3 0 2 5 1 1 1 3 0 25 28 0 1 17 0.57 1.65 69 F -3 -5 -2 -6 1 -5 -5 -5 -4 1 -1 -5 1 8 -6 -5 -2 -2 2 -1 2 0 2 0 3 0 0 0 0 8 4 0 3 64 0 0 3 0 4 4 1.51 1.62 70 V 2 0 3 -2 -4 -1 -2 0 -1 0 -1 0 -3 1 -4 0 1 -5 0 1 15 5 16 2 0 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