Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -3 1 4 -3 7 0 -3 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0.71 0.23 2 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 1 -2 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.43 0.43 3 K -2 -1 6 -1 -4 -1 -2 1 -1 -5 -5 2 -4 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 0 0 63 0 0 0 0 8 0 0 0 17 0 0 0 12 0 0 0 0 1.01 0.59 4 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 0 -1 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 91 0 0 0 0 6 0 1.88 0.80 5 S 2 -3 -2 -3 -3 2 -2 -3 6 0 -4 -2 -3 -3 -3 4 -1 -4 1 -3 15 0 0 0 0 10 0 0 23 8 0 0 0 0 0 37 2 0 5 0 0.68 0.80 6 Q 1 1 0 1 -4 3 2 0 3 -4 -3 2 -3 -4 -3 0 -1 -4 -2 -2 12 8 3 8 0 14 11 7 9 0 1 14 0 0 0 5 3 0 1 2 0.34 0.80 7 T -1 -1 -1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 5 5 -5 -4 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 39 0 0 0 1.05 0.80 8 C 3 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -4 3 -2 -4 -4 -3 27 0 0 0 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 1.38 0.80 9 Y -3 4 2 1 1 0 2 -4 -2 -1 -4 1 -3 -4 -4 0 0 -4 0 -3 0 32 9 7 4 4 16 0 0 6 0 7 0 0 0 5 7 0 4 0 0.51 0.80 10 N -2 -3 5 5 -4 -2 0 -1 -2 -1 -4 -1 -4 -5 -4 1 -2 -6 -4 -1 2 0 29 37 0 0 5 4 0 4 0 4 0 0 0 10 0 0 0 5 0.77 0.80 11 S -1 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -4 5 0 -4 -1 0 -4 -1 2 5 0 2 5 0 0 0 3 0 0 0 0 44 4 0 0 3 0 4 15 8 3 12 0.68 0.80 12 A 1 5 -1 2 0 1 -1 -1 1 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 -2 0 -3 -2 13 36 2 11 2 6 2 4 4 0 0 6 0 0 0 12 0 2 0 2 0.52 0.80 13 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -2 -5 3 4 -4 0 -2 1 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 19 44 0 0 0 6 0 0 0 0 27 0.76 0.80 14 Q 0 -2 -1 4 -4 3 3 -3 -3 -4 -2 1 -3 0 0 -1 0 -5 -3 -4 8 0 2 29 0 13 18 0 0 0 3 8 0 4 4 3 7 0 0 0 0.52 0.80 15 G -2 -1 1 0 -4 0 -3 5 5 -4 -5 -3 -4 -4 -4 0 0 -5 -3 -1 0 4 6 6 0 3 0 45 16 0 0 0 0 0 0 7 7 0 0 6 0.74 0.82 16 S 0 1 3 2 -4 -2 0 -3 5 -4 -4 -2 -4 -4 1 1 2 -5 -3 -4 7 7 15 10 0 0 5 0 19 0 0 0 0 0 7 12 17 0 0 0 0.56 0.82 17 V -3 1 -2 -4 -4 -3 -2 -4 3 3 0 -3 -2 3 -4 0 1 1 2 2 0 7 2 0 0 0 2 0 8 17 9 0 0 12 0 7 11 2 6 16 0.34 0.82 18 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 0 1 -5 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 6 0 0 0 0 0 0 1.32 0.82 19 T 1 2 -3 -3 -3 0 0 -4 3 -2 -1 -2 1 2 -4 1 2 -4 0 1 10 12 0 0 0 4 6 0 7 0 6 0 4 11 0 13 12 0 3 13 0.24 0.82 20 S 6 -3 -3 -3 2 -3 -1 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 0 -5 -4 0 75 0 0 0 5 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 7 6 0 0 6 0.94 0.82 21 T -1 2 0 0 -4 2 4 -4 2 -1 -1 0 0 -4 -3 -1 1 -5 -3 -1 3 13 3 5 0 8 29 0 6 4 6 4 3 0 0 4 8 0 0 6 0.37 0.82 22 C -1 -5 -5 -5 10 -5 -5 -4 -5 -2 1 -5 -2 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -1 5 0 0 0 75 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.99 0.81 23 E -2 4 0 0 3 2 0 -1 -3 -4 -2 3 -3 -5 0 -2 -1 -5 -4 -4 2 25 3 5 8 12 6 4 0 0 4 24 0 0 4 0 4 0 0 0 0.52 0.81 24 R 1 3 4 2 -4 1 -2 -3 2 -4 -4 1 -3 -5 -3 1 0 -5 -3 -2 14 20 21 11 0 5 0 0 5 0 0 7 0 0 0 9 5 0 0 3 0.49 0.81 25 T 0 0 -2 2 -4 -2 2 1 0 0 -1 -1 -3 -4 3 -1 1 -5 -4 -1 8 5 0 15 0 0 13 11 3 7 5 3 0 0 15 4 8 0 0 4 0.27 0.81 26 N -1 -1 4 5 -5 -2 1 -1 1 -5 -5 0 -4 -1 -3 1 -2 -5 -4 -5 3 3 20 43 0 0 5 3 4 0 0 4 0 3 0 12 0 0 0 0 0.80 0.81 27 G -2 -4 -2 0 -4 -1 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 5 0 3 0 83 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.46 0.77 28 G -1 -2 3 2 -4 4 3 1 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 1 -2 -4 0 -4 4 0 16 11 0 19 24 9 0 0 0 3 0 0 0 9 0 0 4 0 0.54 0.77 29 Y -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 0 -2 -1 -1 -4 2 2 -1 -3 -1 9 5 -1 0 0 0 0 0 0 0 9 0 4 3 0 7 7 4 0 3 30 25 4 1.12 0.77 30 N -1 1 1 -3 0 3 0 -4 4 0 1 0 -2 -3 -4 -2 -3 -4 0 2 5 7 9 0 2 14 5 0 10 5 13 7 0 0 0 2 0 0 3 17 0.27 0.81 31 T 0 -1 0 3 1 -2 1 -3 2 -4 -4 0 -4 -2 3 1 2 -5 -4 -4 10 2 4 21 3 0 7 0 5 0 0 4 0 2 16 13 13 0 0 0 0.47 0.81 32 S 3 -1 -2 -3 3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 5 3 -5 -4 -3 24 4 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 18 0 0 0 0.79 0.81 33 S -2 1 -2 2 -4 0 4 -3 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 3 1 -5 -4 -1 0 7 0 9 0 2 32 0 0 0 0 13 0 0 0 22 7 0 0 5 0.55 0.79 34 I -1 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 5 4 -4 1 0 -5 -4 -3 -4 -1 1 4 0 0 0 2 0 0 0 0 43 39 0 3 2 0 0 0 0 2 5 0.86 0.81 35 D -3 1 3 6 -5 -2 0 -3 -3 -4 -5 -2 -4 -2 1 0 -2 -6 -4 -2 0 8 14 57 0 0 2 0 0 0 0 0 0 2 6 7 0 0 0 3 1.02 0.81 36 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 0 -1 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 0.81 37 N -3 -3 6 5 -5 -2 -1 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 0 -6 -4 -5 0 0 53 33 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 5 5 0 0 0 1.22 0.81 38 S -3 1 2 3 -4 0 1 -3 2 -4 -1 2 1 0 -4 1 -1 -4 -1 -4 0 9 11 19 0 4 8 0 6 0 5 16 5 4 0 9 3 0 2 0 0.37 0.81 39 V -3 -1 -4 -5 8 -1 -4 -5 4 1 -2 -4 -2 2 -5 -3 -3 -3 2 2 0 4 0 0 37 3 0 0 12 9 2 0 0 9 0 0 0 0 8 16 0.95 0.81 40 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -4 5 3 -5 0 2 -5 -4 -3 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 34 0 0 7 0 0 0 0 5 3 0.96 0.81 41 E 1 -3 -2 -3 -4 0 0 6 -3 -5 -5 -1 -1 -5 -4 0 -3 -4 -4 -4 14 0 0 0 0 4 8 63 0 0 0 3 2 0 0 6 0 0 0 0 1.02 0.81 42 N -3 -2 7 0 -5 1 0 -3 2 -5 -5 -2 -4 -4 -4 -1 -2 -5 0 -5 0 0 80 3 0 5 4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1.46 0.81 43 V -3 0 2 4 -4 0 2 -1 0 -1 -4 0 -4 -5 -1 2 0 -5 -4 -1 0 5 11 28 0 2 14 3 2 5 0 3 0 0 2 15 4 0 0 4 0.47 0.81 44 D -3 1 3 6 -5 -2 0 -2 2 -5 -5 -2 -4 0 -4 0 -3 -4 1 -5 0 8 17 49 0 0 4 2 5 0 0 0 0 5 0 5 0 0 5 0 0.89 0.81 45 G -2 -4 -2 0 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 0 4 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.83 0.81 46 S -3 1 2 -2 2 2 1 -3 5 -4 -4 1 -3 -2 -4 2 0 5 -2 -2 0 7 9 0 4 10 10 0 18 0 0 8 0 2 0 15 6 8 0 3 0.51 0.81 47 L -4 -4 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 1 3 -5 3 7 -5 -4 -3 -2 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 28 0 8 55 0 0 0 0 0 0 1.20 0.81 48 K -2 1 -3 -3 -3 4 0 -2 -3 2 -2 1 -2 -3 -3 0 0 -4 -3 3 0 9 0 0 0 20 6 2 0 11 0 8 0 0 0 9 4 0 0 28 0.40 0.78 49 W -1 1 -5 -5 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -3 0 0 -4 -2 11 2 -4 6 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 3 67 6 0 2.26 0.81 50 Q -2 2 -2 2 -5 1 1 5 -3 -5 -5 1 -4 0 -4 -1 -3 -4 -4 -5 0 13 0 11 0 7 9 45 0 0 0 8 0 4 0 3 0 0 0 0 0.72 0.82 51 P -2 -3 3 1 -4 -2 1 4 -3 -4 -4 0 -1 -4 1 0 1 -4 -4 -1 0 0 15 7 0 0 9 33 0 0 0 4 2 0 8 6 8 0 0 5 0.49 0.79 52 S -1 2 -2 -2 -4 3 2 3 -3 -4 -4 1 -3 -4 1 1 -1 -4 -4 -2 3 12 0 0 0 15 13 21 0 0 0 7 0 0 7 14 2 0 0 3 0.43 0.79 53 N -3 -2 7 1 -4 -2 -2 1 2 -4 -4 0 -4 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 1 0 56 7 0 0 1 12 4 0 1 7 0 0 0 8 1 0 0 1 0.98 0.82 54 F -3 -3 0 -4 -3 -3 -4 -4 -2 1 0 -3 -2 7 -4 -3 -3 -1 3 0 1 1 7 1 0 1 1 1 0 8 6 1 0 56 1 1 1 0 9 5 1.02 0.80 55 I -1 -3 -2 -2 -3 0 -2 2 3 -1 -3 -2 -3 1 -3 3 3 2 -2 -3 4 1 1 1 0 5 1 16 7 4 1 1 0 8 1 27 19 3 0 1 0.40 0.80 56 E 2 2 0 0 -3 2 3 0 4 -4 -3 0 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -3 18 10 5 3 0 9 19 6 11 1 1 4 0 1 1 10 1 0 0 1 0.39 0.80 57 T -1 -2 -1 -2 -3 -2 0 -2 1 -3 -3 -2 -3 -3 -2 5 4 -3 1 -3 1 1 1 1 0 1 7 1 4 1 1 1 0 1 1 50 25 0 4 1 0.72 0.80 58 C 3 -3 -3 -4 8 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 1 -4 -3 1 0 -4 -3 -2 32 0 0 0 40 0 1 1 0 0 1 1 5 0 0 9 7 0 0 1 1.10 0.84 59 R -1 4 1 -1 -4 1 1 -3 4 -4 -4 1 -3 -3 -3 0 1 -3 2 -3 3 23 6 3 0 4 9 1 11 0 1 10 0 0 0 7 10 0 9 1 0.46 0.84 60 N -3 -3 6 4 -4 -2 0 1 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -3 0 0 -4 0 -4 1 0 40 21 0 0 6 10 0 0 1 1 0 0 0 7 7 0 4 1 0.78 0.84 61 T -2 -4 -4 -4 6 -3 -4 -4 -4 3 0 -4 1 0 0 -1 0 -3 1 3 3 0 0 0 19 0 1 1 0 20 5 1 3 3 5 4 4 0 5 25 0.59 0.84 62 Q -1 3 1 -2 -4 3 1 1 4 0 -3 0 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -3 4 16 6 0 0 17 9 9 11 8 1 3 0 0 0 5 9 0 0 1 0.37 0.84 63 L -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -2 -4 2 4 -4 -1 4 -4 -4 -3 -3 -1 1 1 0 0 0 0 0 1 4 0 11 47 0 0 23 0 1 1 0 0 9 0.74 0.85 64 A 2 0 0 1 -4 2 4 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -1 -3 0 0 -4 -3 -3 21 5 4 7 0 8 37 1 0 0 1 0 0 3 0 6 4 0 0 1 0.54 0.85 65 G -2 0 1 0 -4 0 -2 5 1 -2 -1 -3 -3 2 -3 0 -3 -3 -3 -4 1 5 5 5 0 4 2 48 4 2 5 0 0 10 0 7 1 0 0 1 0.63 0.85 66 S 0 0 -2 2 -4 0 2 3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 3 2 -2 -4 -4 -1 5 4 0 10 0 4 14 23 0 0 1 0 0 0 14 16 1 0 0 6 0.44 0.85 67 S -2 2 1 -2 -4 -2 -2 2 -3 -3 -4 2 -3 -4 5 0 0 -4 -3 -2 1 12 7 1 0 1 1 18 0 1 1 13 0 0 27 7 5 0 0 4 0.58 0.82 68 E -3 1 -3 0 -3 -2 1 -4 -3 3 0 -1 2 -2 -4 -3 -2 5 1 3 1 7 0 6 0 0 11 1 0 21 8 4 5 0 0 1 1 7 5 22 0.41 0.85 69 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 3 -1 5 -4 2 1 -4 -4 -3 -3 1 0 1 0 0 0 0 0 1 1 8 0 67 0 4 5 0 1 1 0 5 4 0.86 0.85 70 A 1 4 -2 -2 -4 2 1 0 1 -4 -3 -1 -3 -3 1 -2 2 -4 1 -2 11 27 0 2 0 9 8 9 4 0 1 0 0 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