Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 X -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.33 0.00 2 D -4 -3 5 5 -6 -2 4 -3 -2 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 36 36 0 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.32 1.06 3 S 2 -4 -1 3 -4 -3 -1 -2 -2 -3 -3 -3 -4 -5 -3 4 3 -6 -3 -3 18 0 2 15 0 0 4 1 1 1 2 0 0 0 1 37 16 0 1 1 0.69 1.40 4 L -2 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -4 -2 2 4 -5 -1 3 -5 -4 1 -4 -3 3 2 0 1 1 0 1 0 1 1 12 40 0 1 14 0 0 9 0 0 17 0.73 1.47 5 S -2 -3 1 -1 1 1 -3 -3 2 -5 -5 0 -4 -3 -3 6 1 -5 -1 -5 1 0 6 2 2 5 0 1 6 0 1 6 0 1 1 58 7 0 2 0 0.92 1.52 6 F -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -4 -2 -2 -6 -3 9 -7 -5 -5 -2 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 92 0 0 0 0 4 1 2.48 1.58 7 G -2 -2 5 1 -5 -2 -2 -2 -2 0 -2 -2 -1 -5 -4 3 2 -6 -5 0 2 2 32 7 0 1 1 2 0 7 4 2 1 0 0 20 10 0 0 7 0.61 1.62 8 F -5 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 0 2 -2 -6 -3 7 -6 -5 -5 0 6 -3 0 0 0 0 1 0 0 0 2 10 2 0 0 51 0 0 0 1 33 1 1.79 1.62 9 P -2 -3 4 3 -5 0 -2 -3 1 -4 -6 -2 -5 -4 4 2 2 -6 -3 -5 2 1 21 14 0 3 2 1 3 1 0 1 0 0 18 16 14 0 1 0 0.73 1.66 10 T -1 -1 4 0 -5 -1 -1 3 -3 -5 -5 2 -3 -4 -4 2 2 -5 -2 -5 4 3 17 4 0 3 3 22 0 0 0 13 1 1 0 16 11 0 1 0 0.55 1.63 11 F -4 -6 -6 -3 -5 -6 -6 -5 -1 -1 -1 -6 -2 9 -3 -3 -4 -2 2 -4 1 0 0 2 0 0 0 1 1 2 3 0 1 81 1 2 1 0 4 0 2.03 1.66 12 P 1 -1 2 1 -1 -1 -1 0 2 -4 -3 -1 -2 -3 -1 3 2 1 -3 -1 9 4 9 9 1 2 3 6 5 1 3 4 1 1 2 21 11 2 1 4 0.27 1.46 13 S -1 -1 0 -1 -3 2 -1 -1 0 -2 -2 1 -3 -2 4 2 1 -3 -1 -2 3 3 5 4 0 8 3 5 2 3 3 8 0 2 17 19 9 0 2 3 0.31 1.30 14 D 0 -1 5 4 -4 -3 -1 1 -2 -4 -4 -2 -2 -1 0 0 -1 -4 0 -3 7 4 27 20 0 1 3 11 1 1 1 1 1 3 4 6 3 0 4 2 0.54 1.44 15 Q 0 0 2 2 -3 4 1 2 0 -4 -2 0 -4 -4 -1 0 -2 -5 -4 -3 6 5 8 12 1 17 10 15 2 1 4 5 0 1 3 7 2 0 0 2 0.35 1.59 16 K 2 -1 0 1 -5 1 1 -2 -4 -5 -4 2 -4 -5 2 1 2 -5 -3 -3 15 3 4 7 0 5 10 3 0 0 1 11 0 0 12 12 14 0 1 2 0.38 1.60 17 N -1 -3 6 4 -5 -1 0 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 -3 1 -2 -6 -3 -5 5 1 43 23 0 3 5 3 0 0 2 2 0 1 1 8 2 0 1 0 1.01 1.61 18 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -5 3 5 -5 0 0 -6 -5 -2 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 18 65 0 2 3 0 0 2 1 2 5 1.19 1.63 19 I -1 0 0 -3 -4 -3 -2 -3 -1 4 0 -1 0 -1 -5 0 3 -5 -1 1 5 4 4 1 0 1 3 1 2 28 9 3 2 2 0 7 19 0 2 7 0.42 1.63 20 F -3 -4 -5 -6 0 -4 -4 -6 -5 1 4 -4 0 5 -6 -5 -2 -1 1 -1 2 1 0 0 2 1 1 0 0 6 46 1 2 28 0 0 3 1 3 4 1.01 1.68 21 Q -2 -2 -1 3 -6 6 2 -5 0 -3 -1 -2 -3 0 -5 -1 -3 -5 -1 -3 3 1 2 17 0 42 12 0 2 1 6 1 0 4 0 4 1 0 2 2 0.87 1.70 22 G -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 7 -5 -6 -5 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -6 -6 1 2 1 3 0 1 2 83 0 0 1 1 0 0 1 2 1 0 0 0 1.76 1.70 23 D 0 -4 3 6 -5 -2 -1 -2 -2 -2 -4 -3 0 -4 -3 1 0 -6 -1 -2 7 0 16 41 0 2 2 3 1 2 1 1 3 1 1 10 5 0 2 3 0.79 1.71 24 A 6 -5 -4 -5 0 -4 -4 -1 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -4 0 -2 -6 -5 -1 85 0 0 0 1 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 6 1 0 0 3 1.54 1.72 25 Q 1 0 0 -2 -5 -1 -1 -2 1 0 -2 1 1 -1 -5 2 3 -5 1 -2 9 4 4 1 0 3 4 3 3 5 3 8 3 3 0 18 22 0 5 3 0.32 1.76 26 I -3 -4 -4 -3 -4 -3 -2 -5 -3 4 0 -3 -3 1 0 -2 0 -2 -1 4 1 1 1 1 0 1 3 1 0 24 9 2 0 5 5 3 7 1 2 34 0.64 1.74 27 K 0 0 0 0 -4 -2 -2 -3 0 -3 0 -2 -1 -3 0 3 4 0 -2 -1 7 4 4 5 0 1 2 2 3 1 8 2 2 1 6 24 23 1 2 4 0.37 1.74 28 N -1 -2 3 2 -5 -1 -1 0 -1 -5 -5 1 -5 -4 3 3 0 -6 -5 -3 5 1 15 10 0 2 2 7 1 0 1 7 0 1 14 25 6 0 0 2 0.54 1.75 29 N -2 -3 4 3 -5 -2 -1 4 -2 -5 -6 0 -5 -6 -3 1 1 -6 -5 -5 2 1 17 15 0 1 3 35 1 1 0 6 0 0 1 8 8 0 0 0 0.80 1.72 30 A 1 -2 -2 -3 -5 -2 -2 5 -1 -2 -3 -1 -4 -2 -2 -1 0 -1 0 0 12 3 2 1 0 1 2 44 1 3 2 4 0 2 2 3 7 1 4 7 0.60 1.72 31 V -4 -2 -4 -4 -2 -5 -5 -3 -5 3 5 -4 -2 -2 -4 -2 -2 -5 -4 2 0 2 1 1 1 0 0 2 0 17 56 1 0 1 1 3 2 0 0 13 0.95 1.68 32 Q -2 2 -2 1 -1 4 1 -2 0 -2 1 -1 -2 -3 -4 -1 -1 1 -3 -1 2 12 1 7 1 23 10 3 2 2 15 3 1 1 0 5 4 2 1 4 0.36 1.65 33 L -3 -5 -5 -2 -4 -1 -5 -6 -5 2 6 -5 1 -2 -5 -5 -4 -5 -4 1 2 0 0 3 0 4 0 0 0 8 70 0 3 1 0 0 0 0 0 7 1.16 1.68 34 T -3 -2 -1 -2 -1 -1 -4 -3 -2 -3 1 -3 -1 -4 -4 0 6 -5 -4 -2 0 2 3 2 1 3 0 2 1 1 12 0 1 0 0 6 64 0 0 1 1.10 1.65 35 K -2 1 3 0 1 -1 -2 -1 -2 -2 -1 3 -3 -1 1 -1 2 -4 -1 -3 3 9 16 4 3 2 2 4 1 2 6 18 0 2 7 4 14 0 2 1 0.32 1.54 36 T -1 -1 2 3 0 -3 -2 -1 -1 0 -1 -1 -3 -3 -2 1 2 -4 -1 2 3 3 10 14 2 1 2 4 1 5 5 5 0 1 2 9 14 0 2 17 0.25 1.45 37 D 0 -1 2 2 0 -1 0 0 -3 -3 -1 1 -1 -3 0 1 1 1 -2 -2 6 2 9 13 2 2 7 7 1 1 7 10 1 1 4 12 8 2 2 3 0.17 1.39 38 S -1 0 2 0 -3 1 0 0 -1 -1 -2 0 -3 -2 -1 2 -1 -3 2 -1 6 6 11 5 0 6 6 8 1 4 4 5 1 2 4 17 3 0 7 4 0.17 1.35 39 N -2 -1 5 3 -3 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 0 1 1 -3 -1 -2 3 3 25 14 1 1 2 5 1 4 5 3 1 5 4 8 7 0 2 3 0.36 1.28 40 G -1 -1 0 -1 1 0 0 4 0 -1 -1 -2 -1 -2 1 -1 -1 -2 -1 -2 6 4 5 4 3 4 5 32 2 4 6 2 1 1 7 4 4 0 2 2 0.32 1.16 41 N -1 0 4 1 -3 -1 1 -1 0 -1 -1 0 -1 -1 0 -1 0 -3 -1 0 4 4 24 8 1 3 9 4 2 3 6 6 2 2 4 4 5 0 3 7 0.26 1.29 42 P 0 -2 -1 -1 -3 0 -1 2 -3 -2 -3 -1 -3 0 5 0 0 -3 -2 -1 7 2 3 3 0 5 4 15 1 2 2 3 1 4 28 8 6 0 2 6 0.46 1.35 43 V -1 -1 -3 -2 -3 1 -1 -1 -3 0 -1 -2 0 0 -1 1 4 -1 0 1 6 3 1 2 0 6 3 5 0 6 7 2 2 3 3 12 23 1 4 10 0.23 1.42 44 A -1 -2 0 -2 1 0 -1 0 -1 -2 -2 2 0 0 1 1 1 1 -1 2 6 2 4 2 3 4 5 6 2 2 3 11 2 4 6 9 10 2 3 14 0.13 1.52 45 S -1 2 2 1 2 1 -1 -1 3 -3 -3 -1 -2 1 -2 1 -2 3 1 -2 6 10 10 7 4 7 3 5 7 1 2 4 1 5 2 12 1 4 4 3 0.23 1.56 46 T -1 -1 -2 -2 0 2 -2 -2 -4 0 -1 -1 1 -4 -4 4 1 -5 -4 -2 4 4 2 2 2 10 2 3 0 5 6 4 4 0 0 39 10 0 0 3 0.50 1.62 47 V 1 -1 -1 -4 0 -1 -1 -1 0 1 -1 2 4 1 -2 -1 1 -4 0 1 12 2 2 1 2 2 4 5 3 7 4 15 11 5 2 4 8 0 3 10 0.18 1.31 48 G -1 -4 0 -1 2 -3 -1 6 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -2 4 0 5 4 4 0 4 64 0 0 1 4 0 0 0 4 0 0 0 4 1.13 1.35 49 R -2 5 -3 -4 -5 2 -3 -2 6 -1 -2 1 -3 -1 -4 0 -1 2 -3 -4 3 34 0 0 0 10 0 3 18 3 3 6 0 3 0 7 4 3 0 0 0.74 1.36 50 I 5 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -2 -5 -1 -2 -4 1 -3 -4 -1 -2 -5 -4 3 58 0 0 0 1 0 0 2 0 2 2 0 4 1 0 3 2 0 0 23 0.99 1.52 51 L -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -4 -4 0 3 -5 -1 7 -5 0 -1 3 -1 -2 1 1 0 0 1 0 0 1 0 5 30 0 1 42 0 7 3 4 0 2 1.03 1.50 52 F -4 -3 -2 -4 -2 -4 -3 -5 4 -3 -1 -4 -3 4 -5 -3 -4 2 8 -4 1 1 2 1 1 0 2 0 10 1 5 0 0 14 0 2 0 2 58 0 1.59 1.51 53 S 0 -2 1 -2 -4 -2 -3 -1 -1 -3 -2 1 -4 -3 4 3 1 -5 0 -3 7 2 8 2 0 1 1 5 1 2 4 9 0 1 20 25 7 0 3 2 0.47 1.48 54 A 2 1 0 -1 -4 0 0 -2 1 -1 -2 2 -2 -1 -2 0 2 -5 -1 -3 21 6 5 3 0 4 6 3 3 3 3 16 1 3 2 5 15 0 2 1 0.27 1.48 55 Q -2 -1 -4 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -4 -3 -1 -4 -5 8 -2 -2 -5 -5 -4 3 3 0 1 0 3 2 0 1 1 2 3 0 0 74 2 2 0 0 0 1.90 1.48 56 V -4 -5 -5 -5 -4 -1 -5 -5 -5 5 2 -5 1 3 -5 -4 -3 0 -3 3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 37 17 0 2 12 0 0 0 1 0 23 0.95 1.52 57 H -2 4 1 -1 -3 4 -1 -3 5 -4 -3 0 -4 -3 2 -1 0 -5 -3 -2 3 20 5 3 0 19 4 1 13 1 2 6 0 1 11 3 5 0 0 2 0.58 1.51 58 L -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 3 -5 1 5 -5 -4 -3 -3 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 25 32 0 3 28 0 1 2 0 1 4 1.02 1.56 59 W -3 3 -3 -3 -1 -2 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 1 -4 -2 -2 10 0 -3 1 15 1 1 2 2 1 4 2 2 5 11 0 5 1 2 3 38 3 2 1.26 1.52 60 E -2 0 2 5 -5 1 2 -2 -1 -5 -5 1 -4 -4 -1 1 -1 -5 -4 -5 2 5 10 33 0 6 11 3 1 0 1 7 0 1 3 11 3 0 0 1 0.65 1.52 61 K -1 0 1 0 -3 -2 -2 1 -2 -3 -3 1 -3 -3 1 4 -1 -5 -3 -3 5 6 8 6 1 1 1 10 1 1 2 10 1 1 7 35 2 0 1 1 0.46 1.51 62 S 1 -1 1 -1 -4 -1 0 0 -1 -2 -3 2 -3 -4 2 3 3 -4 -2 -2 11 3 6 2 0 2 5 7 1 2 3 11 0 1 9 19 16 0 2 2 0.29 1.45 63 S 1 -2 3 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -2 -1 -2 -4 -2 2 5 -4 -4 -2 11 1 13 2 0 1 4 5 0 2 3 3 1 0 2 13 37 0 0 2 0.59 1.45 64 S -1 0 1 -2 -4 -2 -1 5 -1 -4 -3 -1 -4 -4 -3 2 -1 -4 -4 -1 4 6 5 2 0 2 3 40 1 1 3 4 0 1 1 17 4 0 0 5 0.59 1.40 65 R 0 0 4 0 -4 -1 0 -2 -1 -3 -2 1 -2 -3 -2 2 2 -4 -2 -3 7 5 23 4 0 3 6 3 1 1 3 8 1 1 1 13 14 0 1 1 0.39 1.41 66 V 0 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -3 -4 0 1 -4 1 0 0 -2 -1 -4 -3 5 7 1 3 2 0 2 3 1 0 3 12 1 3 4 5 3 3 0 0 46 0.59 1.45 67 A 4 -1 -2 -1 -2 1 -3 -3 -2 -4 -2 -3 -2 -1 0 2 1 -1 -1 -1 42 4 1 3 1 7 1 1 1 0 3 1 1 3 4 15 7 1 2 4 0.51 1.49 68 N -2 -4 1 0 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -4 -3 -4 2 -2 6 -1 -4 -2 -3 2 0 6 6 0 0 0 5 1 1 1 0 0 9 1 65 1 0 1 1 1.01 1.50 69 F -3 -5 -2 -3 -5 -5 -5 -5 -4 -2 -2 -5 -3 8 -5 -1 -1 2 0 -2 1 0 2 2 0 0 0 0 0 1 2 0 0 75 0 6 3 3 0 2 1.77 1.56 70 Q 0 -2 0 2 -4 -1 0 -4 -2 -2 -4 -1 -4 -1 0 4 2 -5 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