Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -4 -3 -2 5 -6 0 6 -4 -3 -6 -6 0 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 35 0 3 60 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 1.08 2 R -3 4 0 -3 -2 3 0 -1 5 -5 -5 3 -4 -5 -3 2 -1 -5 -4 -5 0 20 5 0 1 16 4 4 14 0 0 18 0 0 1 16 2 0 0 0 0.71 1.23 3 L -1 -1 -4 2 2 -4 -4 -5 2 -1 3 0 0 0 0 -3 -2 -5 0 1 5 3 0 12 4 0 0 0 6 3 35 7 2 4 4 1 2 0 3 11 0.39 1.30 4 C 0 -5 -5 -5 10 -5 -5 -3 -2 -3 -2 -5 -4 -4 1 -1 1 6 -2 -2 7 0 0 0 56 0 0 2 1 1 3 0 0 0 6 3 8 10 1 3 1.69 1.35 5 H -2 2 3 -2 2 -1 1 2 4 -5 -5 -2 -4 -4 -2 2 -1 -5 1 -4 2 11 13 2 5 2 8 16 12 0 0 1 0 0 2 17 3 0 5 1 0.49 1.40 6 P -3 -2 -3 -3 6 -1 -2 0 3 -3 -2 -1 -4 -4 5 1 1 -5 -2 -1 1 2 1 1 15 2 3 7 9 1 3 3 0 0 27 10 9 0 1 5 0.68 1.43 7 C -3 -6 -6 -6 11 -6 -7 -4 -6 -3 -4 -6 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -4 -4 0 0 0 0 97 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3.38 1.53 8 P -2 -4 -4 1 -1 0 -1 -4 -2 -5 -3 -3 -5 -5 8 -1 -2 -6 -3 -5 2 1 0 7 2 4 4 0 1 0 3 0 0 0 68 3 3 0 1 0 1.72 1.55 9 W -2 0 1 2 -5 2 2 -2 0 -3 -2 2 -2 -2 1 1 0 3 -2 -2 2 5 7 11 0 7 15 3 2 1 4 11 1 1 8 9 5 4 1 3 0.26 1.55 10 E -2 -2 2 4 -2 -1 0 4 1 -6 -4 -1 -1 0 -4 -1 -3 -6 -2 -5 3 1 12 21 1 3 5 33 4 0 1 4 1 5 0 3 1 0 1 0 0.65 1.55 11 W -5 -6 -7 -7 -5 -4 -6 -6 -5 -5 -3 -6 -4 -1 -7 -4 -4 13 -1 -6 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 2 0 1 0 94 0 0 4.03 1.54 12 T -2 0 -1 -2 -5 -1 -2 -4 1 3 1 2 1 0 -4 1 2 -2 -3 1 2 5 3 2 0 2 3 1 3 16 12 12 3 4 1 10 14 0 1 8 0.25 1.54 13 F -1 -1 -1 -3 1 0 0 1 2 -4 -2 0 -2 1 2 2 -1 4 2 -3 6 3 2 1 3 3 8 10 5 0 4 6 1 6 11 13 4 6 6 1 0.25 1.53 14 F -4 -3 0 -3 -2 -4 -5 -5 5 -3 -3 -3 -3 7 -6 -2 -4 -1 6 -2 1 1 5 2 1 0 0 0 15 1 1 1 0 41 0 3 0 1 24 3 1.32 1.53 15 Q -2 1 2 0 -3 4 1 3 0 -6 -5 0 -3 -4 -4 0 -1 -2 -5 -5 2 8 10 5 0 21 9 25 2 0 0 4 0 1 0 8 3 1 0 1 0.58 1.53 16 G -2 -1 2 2 0 -1 0 4 1 -4 -5 -2 -5 -4 -3 2 -1 -6 -4 -4 1 4 10 11 2 2 7 34 3 1 1 2 0 1 1 15 3 0 0 1 0.59 1.53 17 N -2 1 4 -3 -4 -2 -3 -4 5 -5 -4 3 -3 0 -4 3 -3 -2 2 -5 2 7 19 0 0 1 0 0 15 0 1 20 0 3 0 22 0 1 7 0 0.77 1.53 18 C -3 -6 -6 -6 11 -6 -5 -5 -6 -4 -3 -6 -4 -2 -6 -3 -4 -5 -4 -4 0 0 0 0 94 0 1 0 0 0 1 0 0 2 0 1 0 0 1 0 3.24 1.53 19 Y -5 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 -1 -4 -2 -5 -4 4 -6 -5 -5 -1 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 12 0 0 0 0 86 0 2.51 1.54 20 F -3 3 -1 -5 -6 1 -4 -2 3 -3 0 2 -3 4 -5 -3 -4 3 5 -4 1 14 2 0 0 5 0 3 6 1 10 12 0 18 0 1 0 4 22 0 0.73 1.54 21 M -2 -4 -6 -6 -5 -5 -6 -6 1 2 0 -5 -1 7 -2 -4 -2 -3 3 2 3 1 0 0 0 0 0 0 4 13 7 0 1 44 2 0 2 0 10 12 1.07 1.54 22 S -2 -3 -1 -4 -4 0 -4 -1 -1 -2 -3 -4 -2 5 -3 5 -2 -4 1 -1 1 1 2 0 0 4 0 5 2 2 2 0 1 25 1 45 1 0 5 4 0.82 1.53 23 N -1 1 2 0 -5 1 2 -1 1 -4 -4 2 -2 -3 0 2 2 -4 -3 -2 3 6 11 5 0 5 12 5 3 1 1 13 1 1 4 14 11 0 1 2 0.30 1.54 24 S -3 -1 -1 3 -3 1 4 0 1 -2 -3 0 -4 -2 -3 1 1 -6 -1 -2 1 4 3 14 1 5 31 7 3 2 2 5 0 2 1 9 8 0 2 4 0.44 1.54 25 Q -2 2 1 -2 -5 2 2 -2 -2 -4 -2 3 0 -5 1 2 0 1 -3 -3 3 12 6 1 0 8 13 2 1 0 5 16 2 0 7 14 7 2 0 1 0.36 1.55 26 R -2 2 1 -3 -5 -1 0 -3 -1 -3 0 4 4 -1 -5 -1 -2 -5 -3 0 3 11 6 1 0 2 5 2 1 1 9 32 11 2 0 5 2 0 1 7 0.49 1.55 27 N -2 -3 4 1 -5 -2 -2 -3 -2 -2 -5 -2 -3 -3 0 3 4 -6 -5 -3 2 1 21 7 0 1 2 0 1 3 0 2 1 1 4 23 31 0 0 1 0.75 1.54 28 W -6 -6 -7 -7 -5 -4 -6 -6 -5 -5 -5 -6 -4 1 -7 -6 -5 13 0 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 94 1 0 4.05 1.55 29 H 1 -1 2 2 -5 0 3 -3 1 -2 -2 -1 -3 -1 -2 0 1 -5 0 -1 13 3 11 9 0 5 17 1 4 3 5 3 0 2 2 6 8 0 4 4 0.23 1.55 30 D 0 -2 -1 5 -6 0 4 -2 -1 -4 -4 0 -5 -2 -4 0 0 -6 -5 -2 8 1 3 31 0 3 26 2 1 0 2 6 0 2 0 8 5 0 0 3 0.68 1.55 31 S 5 -4 -3 -4 0 -4 -4 -1 -3 -5 -5 -4 -4 -5 -4 4 -2 -6 -5 -3 55 0 0 0 2 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 1 1.22 1.55 32 I -3 4 -2 -1 -6 3 4 -4 -1 -3 0 1 -2 -2 -5 -1 -3 -5 -3 -2 2 20 1 3 0 13 30 1 1 1 10 8 1 2 0 4 0 0 1 3 0.63 1.55 33 T 1 2 0 1 -5 2 1 -3 0 -2 -1 3 -1 -2 -4 0 0 -5 0 -2 12 10 4 9 0 8 8 2 2 2 7 16 1 2 1 7 6 0 4 2 0.22 1.55 34 A 1 -1 2 1 -5 -1 -2 -4 3 -4 -3 -1 -2 5 -5 1 -1 0 4 -4 13 4 10 8 0 2 2 0 6 1 1 3 1 21 0 12 3 1 12 0 0.51 1.55 35 C -3 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -4 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3.51 1.55 36 K -1 3 0 -2 -5 4 -1 -3 1 -1 0 1 1 -4 -5 0 1 -3 -3 -1 4 15 4 2 0 18 4 2 3 4 10 9 3 1 0 8 9 0 0 4 0.31 1.55 37 E 0 1 0 2 -5 1 2 0 0 -4 -1 1 -1 -5 -4 2 -1 -6 -4 -2 8 9 4 12 0 6 12 7 2 1 6 7 2 0 0 18 4 0 0 2 0.28 1.55 38 V -3 1 -1 -2 -4 3 1 -5 3 -2 2 2 4 0 -5 -3 -3 -5 0 -2 1 6 3 2 0 16 8 0 7 2 18 13 11 4 0 1 1 0 4 3 0.44 1.55 39 G -3 -3 3 0 -6 -1 0 5 0 -6 -6 -1 -5 -3 -5 0 -3 -5 1 -6 1 0 17 5 0 2 6 50 2 0 0 3 0 1 0 6 1 0 6 0 0.98 1.55 40 A 5 -4 -4 -3 1 -4 -4 3 -5 -5 -5 -4 -4 -6 -4 3 0 -6 -5 -4 46 0 0 1 3 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 24 4 0 0 0 1.03 1.58 41 Q -3 -1 2 2 -5 1 -2 -3 8 -5 -5 -3 -5 -4 -5 1 1 -6 -1 -3 1 3 9 13 0 6 2 1 37 0 1 1 0 0 0 13 11 0 1 2 1.03 1.60 42 L -5 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 1 -3 -6 -6 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 96 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.79 1.60 43 V 3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -6 0 2 -5 -1 -2 -2 -2 0 -6 -4 5 22 0 0 0 0 0 0 0 0 4 22 0 1 1 2 2 7 0 0 40 0.81 1.60 44 V -1 -1 -3 -4 -4 0 -1 -3 -1 1 -2 1 -2 -3 -4 5 0 -6 -2 2 4 2 0 0 0 4 3 1 1 9 3 10 1 1 0 41 5 0 1 13 0.54 1.60 45 I -4 -6 -6 -6 -4 -4 -4 -5 -6 7 0 -6 0 2 -4 -5 -3 -5 -3 3 0 0 0 0 0 1 1 1 0 66 4 0 1 8 1 0 1 0 0 16 1.39 1.60 46 K -3 -1 3 3 -2 3 1 -3 7 -4 -2 -1 -2 -3 -5 -1 0 -6 -2 -3 2 2 12 16 1 11 7 2 24 0 3 3 1 1 0 4 7 0 1 2 0.69 1.59 47 S -3 -3 4 1 -2 -3 -3 -2 -4 -5 -6 -2 -5 -6 -4 5 3 -6 -5 -5 0 1 20 7 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 54 15 0 0 0 1.13 1.60 48 A 0 1 -2 0 -5 3 3 -3 -1 -3 0 2 -2 -3 1 0 -1 0 -4 -2 7 8 1 4 0 14 18 1 2 2 9 13 1 1 6 7 4 1 0 2 0.31 1.58 49 E 1 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -2 -5 -4 0 -3 -3 -3 -2 -3 -6 -5 -2 14 2 2 8 0 4 54 2 1 0 2 4 1 1 1 2 1 0 0 3 0.92 1.57 50 E -4 -3 -3 2 -6 0 7 -5 -3 -6 -5 -1 -5 -6 -3 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 9 0 1 83 0 0 0 1 2 0 0 1 0 1 0 0 1 1.76 1.57 51 Q -2 -2 3 -2 -5 6 -2 -2 2 0 1 -2 4 -2 -5 -2 -4 -3 -1 -1 4 2 12 1 0 34 1 2 4 4 13 1 10 2 0 2 0 0 2 4 0.64 1.58 52 N 0 0 3 4 -5 0 3 -2 -3 -4 -5 0 -5 -4 -4 1 -1 -1 -4 -4 9 5 14 26 0 4 16 3 0 1 1 6 0 1 0 9 4 1 0 1 0.58 1.58 53 F -3 -5 -6 -6 -5 -6 -4 -4 0 -2 -1 -6 -3 8 -6 -5 -3 2 2 -2 2 0 0 0 0 0 1 1 3 1 5 0 0 75 0 0 2 2 6 2 1.84 1.58 54 L -2 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -6 -6 4 4 -5 2 -1 -6 -5 -3 -5 -2 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 21 44 0 4 2 0 0 0 0 1 23 1.03 1.67 55 Q -1 0 1 -2 -4 3 -1 -3 -1 -1 -1 1 2 -2 -3 -1 2 0 1 1 5 4 8 2 0 14 4 1 1 4 7 10 5 2 1 4 11 2 4 10 0.21 1.54 56 L -1 2 1 1 -4 2 0 -1 1 -3 -1 2 -3 -2 -3 2 -1 -1 0 -3 4 12 7 7 0 10 4 5 3 1 7 11 0 2 1 17 3 1 3 1 0.27 1.54 57 Q -2 -1 -1 -3 -4 2 -2 -3 3 2 2 0 2 1 -4 -2 0 1 2 -1 3 3 3 1 0 10 3 1 7 11 17 6 5 7 1 3 6 2 8 3 0.26 1.51 58 S 0 -3 0 -4 -2 -2 -3 -4 -1 1 2 1 0 0 -3 1 3 -5 1 -1 7 1 5 0 1 1 1 1 1 8 19 10 2 3 1 13 18 0 4 4 0.29 1.62 59 S -1 1 1 1 -2 -2 -2 2 -2 -1 -2 1 -4 -1 2 2 0 -2 -1 -2 4 6 8 6 1 1 1 14 1 3 5 10 0 2 9 19 5 1 2 2 0.23 1.62 60 R -1 2 0 -1 -4 1 -1 0 1 -1 -2 2 -2 -1 2 1 0 0 0 -3 3 11 5 4 0 7 3 7 3 4 4 12 1 3 10 13 5 1 4 2 0.19 1.53 61 S 0 0 0 -1 -2 -2 1 1 -1 -1 -2 2 -1 -2 -1 3 1 -2 -2 -1 7 5 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