Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -3 4 1 -3 6 -1 -3 -3 -1 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0.64 0.21 2 L -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 2 -4 0 2 -4 -3 -2 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 18 0 0 9 0 0 0 0 0 30 0.69 0.43 3 Y -3 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 3 -3 -2 0 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 9 0 5 0 0 0 0 78 0 1.38 0.49 4 H -2 -1 6 -1 -4 -1 -1 -2 5 0 -4 1 -3 -4 -3 1 -1 -5 -2 -3 0 0 57 0 0 0 0 0 15 8 0 11 0 0 0 9 0 0 0 0 0.83 0.49 5 L -2 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 1 3 1 -1 -3 6 -3 -2 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 33 10 0 0 47 0 0 0 0 0 1.00 0.52 6 F -2 0 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 5 3 2 3 -3 -1 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 14 19 25 0 0 7 0.59 0.63 7 V 2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 3 1 -4 3 -2 -4 -3 -2 -4 -3 4 21 0 0 0 0 0 0 0 0 18 12 0 11 0 0 0 0 0 0 38 0.62 0.63 8 N -2 -3 3 -2 -4 -2 0 3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 6 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 17 0 0 0 6 27 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 1.29 0.63 9 N -1 -3 4 -2 -4 -2 0 1 -1 -4 -4 -2 -3 2 -4 1 1 -2 5 -3 3 0 27 0 0 0 6 12 0 0 0 0 0 7 0 9 10 0 26 0 0.58 0.67 10 Q 1 -1 0 0 -3 4 -1 -2 -2 -2 -3 2 -2 -3 -2 2 0 -3 0 1 13 1 3 6 0 21 1 1 0 1 1 15 0 0 1 16 6 0 3 11 0.31 0.62 11 V 0 -3 -3 -3 -2 -3 -3 0 -3 2 1 -3 1 -2 -3 1 2 -3 -3 3 7 1 1 1 0 0 1 7 0 10 12 1 3 0 1 14 13 0 0 29 0.31 0.62 12 K 0 4 -2 3 -4 0 0 -3 -2 -2 -4 3 -3 -4 2 -1 0 -4 -3 -3 9 23 0 17 0 4 4 1 0 3 1 18 0 0 11 2 6 0 0 1 0.47 0.73 13 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -5 4 5 -4 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 28 66 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.07 0.90 14 Q 0 -1 0 -3 -4 5 -1 -1 1 -4 -4 -2 -3 -5 3 2 0 -5 -4 -1 9 3 5 0 0 33 2 4 3 0 0 0 0 0 13 17 6 0 0 5 0.58 0.92 15 N 0 -3 0 1 0 2 3 4 1 -2 -5 -2 0 -5 -4 0 -3 -5 -4 -4 8 0 5 6 2 9 25 31 4 2 0 0 3 0 0 5 0 0 0 0 0.57 0.93 16 D -1 -2 -1 1 -5 -1 -1 4 -4 -5 -5 -2 -4 -5 5 1 0 -5 -5 -5 3 2 2 8 0 2 3 34 0 0 0 1 0 0 30 9 5 0 0 0 0.87 0.97 17 F -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -4 1 4 -5 3 4 -5 -5 -3 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 48 0 7 21 0 0 0 0 2 17 0.94 1.01 18 K -1 1 -1 -1 -5 2 2 -3 0 -4 -4 4 0 -2 -2 1 2 -5 -2 -3 3 8 2 2 0 10 11 1 3 0 1 27 3 2 2 10 12 0 1 2 0.42 1.03 19 P 1 -4 -4 0 -4 -3 -1 -4 -4 -1 -2 -2 -3 -1 6 -1 1 -5 -4 -1 15 0 0 6 0 0 3 0 0 3 4 2 0 4 47 2 9 0 0 5 0.97 1.03 20 E -2 2 0 -3 -5 -3 -1 6 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -5 0 12 4 0 0 0 4 71 0 0 0 3 0 0 0 4 0 0 0 0 1.30 1.03 21 S -1 3 -3 0 1 3 -1 -2 1 -3 0 2 3 -4 -4 1 1 0 -4 -2 3 17 0 5 3 16 2 2 3 0 10 11 7 0 0 10 8 1 0 2 0.33 1.03 22 V -2 -3 0 -3 1 1 0 -4 -4 1 -1 -1 1 -4 -4 2 4 -5 -4 1 0 0 5 0 3 8 6 0 0 7 5 4 4 0 0 13 33 0 0 12 0.46 1.04 23 A -1 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 1 1 -5 -4 -3 -4 -3 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 43 27 0 2 4 0 0 0 0 0 19 0.96 1.05 24 A -1 1 0 -2 -4 -3 0 -4 1 3 -2 0 -2 -4 -4 -2 4 -5 -4 2 3 8 3 2 0 0 7 0 4 19 1 6 0 0 0 0 31 0 0 15 0.48 1.05 25 I -1 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 1 1 -5 -4 -3 -5 -3 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 57 9 0 2 5 0 0 0 0 0 22 1.09 1.05 26 R -3 3 2 -3 -4 1 -1 -4 3 -1 -3 4 -2 0 -4 0 0 -5 -3 0 0 15 9 0 0 5 3 0 8 3 1 27 1 4 0 8 6 0 0 9 0.45 1.03 27 S 0 -4 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 1 -3 -5 -5 -5 5 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.72 1.05 28 S -1 1 -2 -1 0 -2 0 -2 0 -1 -1 2 -1 1 -3 1 2 -3 1 -1 5 8 1 3 2 1 6 3 2 3 6 12 2 7 1 12 15 0 5 5 0.15 0.92 29 A 0 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -5 3 -2 -2 0 -3 1 -3 3 -5 -4 5 7 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 2 2 0 6 0 20 0 0 44 0.74 1.02 30 F 0 -3 0 -4 -4 -2 -3 -3 2 3 3 -3 -2 0 3 -2 -2 -4 -1 1 7 1 5 0 0 1 1 2 6 18 27 1 0 3 13 2 2 0 1 10 0.38 1.06 31 N -2 -3 5 3 -5 -2 0 -3 0 -3 -3 0 -2 -3 3 1 -1 -5 0 -4 2 0 31 15 0 0 4 0 2 1 3 7 1 1 14 12 3 0 3 0 0.61 1.06 32 S -3 -3 1 3 -5 -1 1 2 2 -4 1 -2 -3 -2 1 2 0 -5 -4 -4 0 0 6 16 0 2 9 14 5 0 14 2 0 2 8 16 7 0 0 0 0.33 1.07 33 K 3 -1 3 -1 2 1 -1 0 -1 -4 -4 0 -4 -5 -2 2 -1 -5 -4 -2 30 2 15 3 4 7 2 6 2 0 0 6 0 0 1 16 2 0 0 2 0.45 1.05 34 G 2 -2 -1 1 0 1 2 2 1 -4 -4 2 -4 -5 0 0 -2 -5 -4 -2 22 1 3 9 2 5 11 15 3 1 0 14 0 0 4 6 1 0 0 2 0.35 1.05 35 G -3 5 1 -2 -5 -1 -2 2 0 -5 -4 2 -4 -5 -1 0 0 -5 -4 -3 0 37 8 1 0 1 2 15 2 0 1 12 0 0 3 7 7 0 0 2 0.63 1.05 36 T -1 3 0 -2 0 -2 -4 -4 -3 -3 -2 -2 -3 7 -2 0 -1 -2 1 -2 5 15 5 2 2 1 0 0 0 0 2 1 0 49 2 6 3 0 3 3 0.81 1.03 37 T 1 -2 -2 -3 0 0 -2 -3 4 0 0 -3 -2 4 -3 0 3 -3 -1 0 13 2 2 0 2 5 2 1 10 6 7 1 0 17 0 5 20 0 1 6 0.35 0.98 38 V 1 -4 1 -4 -1 -1 -2 -4 -4 4 -2 -3 -2 -3 -4 0 1 -5 -1 3 12 0 8 0 1 4 3 0 0 30 1 0 0 0 0 5 10 0 2 24 0.50 1.01 39 F -2 -2 1 0 -3 -2 -1 -2 -2 4 1 0 -1 2 -3 -2 -2 -3 0 2 2 1 9 5 0 1 4 3 1 23 11 8 1 8 1 3 1 0 2 14 0.25 0.78 40 N -2 -2 7 1 -4 -2 0 -3 0 -4 -2 -2 -3 2 -3 0 -2 -4 -3 -4 3 1 61 6 0 0 4 1 2 1 5 1 0 9 1 4 1 0 0 1 1.03 0.92 41 F -2 -1 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -1 4 0 0 4 -4 -2 -1 -3 -2 0 3 3 0 1 0 0 1 1 0 1 51 6 1 20 1 2 4 0 0 4 0.67 0.92 42 L -2 -1 -1 -4 1 1 -3 0 3 -1 3 -2 0 1 -4 -2 -3 -3 1 2 2 3 2 0 4 6 0 9 9 2 26 1 1 7 0 2 0 0 4 19 0.31 0.97 43 S -2 0 3 -1 3 1 0 1 0 -4 -2 1 -3 -4 -4 2 1 -5 -1 -4 2 5 13 3 6 8 6 9 2 0 5 10 0 0 0 19 10 0 2 0 0.32 1.01 44 A 0 1 -1 1 -1 1 1 1 -3 -4 -4 0 -3 -2 2 3 -2 -4 -2 -4 6 9 1 6 1 5 9 12 0 0 1 5 0 2 11 28 0 0 1 0 0.39 0.95 45 G -2 1 3 -1 -5 -3 0 4 -3 -5 -5 0 -4 -2 -2 2 1 -5 -2 -5 1 9 13 2 0 0 5 38 0 0 0 5 0 2 2 14 8 0 1 0 0.62 1.02 46 E 0 -1 4 3 -5 -1 2 2 -1 -5 -5 0 -4 -5 -1 1 -1 -5 -4 -5 9 3 21 14 0 1 12 19 1 0 0 6 0 0 3 9 2 0 0 0 0.52 1.01 47 N -2 -3 4 7 -5 -2 0 -3 1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -5 3 0 18 61 0 0 4 0 3 0 0 4 0 0 0 4 2 0 0 0 1.22 1.00 48 I -2 -5 -5 -5 -1 -5 -5 -6 -2 6 1 -5 -1 -2 -5 -4 -1 -4 1 4 3 0 0 0 1 0 0 0 1 48 12 0 0 0 0 0 4 0 5 26 0.95 1.05 49 L 5 -4 0 -4 1 -3 -4 -1 -4 -1 -1 -3 -3 -4 2 -2 -1 -5 -2 1 56 0 4 0 3 0 0 3 0 3 7 0 0 0 10 0 2 0 1 9 0.70 1.05 50 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 -1 5 -5 2 5 -5 -5 -4 -3 -1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 3 29 0 0 0 0 0 0 1.30 1.05 51 H -4 -1 -2 -3 -5 0 -2 -4 10 -6 -5 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -1 -6 0 2 0 0 0 3 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.60 1.07 52 I -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -4 4 1 -5 2 6 -6 -5 -4 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 9 0 6 41 0 0 0 0 4 9 1.11 1.07 53 S -1 -3 7 0 -5 0 -2 -2 0 -5 -5 0 -4 -5 -4 3 -2 -5 -2 -5 4 0 58 4 0 5 0 2 1 0 0 4 0 0 0 21 0 0 2 0 1.14 1.07 54 I -3 -5 -5 -4 2 -4 -4 -5 0 2 -2 -4 -3 1 7 -2 -3 -5 -4 1 0 0 0 0 6 0 0 0 2 16 2 0 0 8 55 2 0 0 0 10 1.35 1.07 55 R -4 8 -1 -4 0 -1 -1 -5 0 -5 -5 0 -4 -5 -5 -3 -3 -5 0 -5 0 90 2 0 2 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1.79 1.07 56 P -4 -2 -2 -5 -5 -5 -5 -5 -4 0 2 -3 0 7 2 -4 -4 -2 2 -3 0 2 2 0 0 0 0 0 0 3 16 2 2 59 10 0 0 0 4 0 1.20 1.07 57 G -3 1 3 4 -5 1 1 1 2 -5 -5 1 -4 -5 -1 -1 0 -6 -4 -5 0 9 15 22 0 6 7 13 5 0 0 9 0 0 3 4 6 0 0 0 0.54 1.07 58 E -2 -1 1 3 -6 2 6 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -6 -4 -1 -1 -5 -5 -4 1 2 5 18 0 7 59 0 0 0 0 1 0 0 0 3 3 0 0 1 1.12 1.07 59 N -2 0 5 1 -5 -1 -2 3 3 -5 -5 1 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -5 1 4 32 7 0 3 0 24 6 0 0 10 0 0 0 10 2 0 0 0 0.72 1.03 60 V 2 -2 -3 -1 0 -1 -1 -1 -1 1 -2 1 -3 -3 -4 -1 2 -4 1 3 17 2 0 3 2 2 3 6 1 8 2 9 0 0 0 2 13 0 5 25 0.28 1.05 61 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -5 -5 6 1 -5 -1 0 -5 -4 -2 -4 1 4 0 0 0 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