Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 0 -3 -1 -2 -3 -3 -3 6 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.38 0.22 2 S 2 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 0 -4 -3 -2 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0.80 0.34 3 H 0 -2 -2 -2 -4 -1 1 0 7 -4 -3 -2 -3 -1 -3 -2 -3 -1 5 -3 11 0 0 0 0 0 11 7 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0.88 0.45 4 M -2 -2 1 -3 -3 3 -2 2 -2 -2 2 -2 5 -2 -4 0 -2 -3 -3 -2 0 0 7 0 0 21 0 17 0 0 22 0 26 0 0 6 0 0 0 0 0.49 0.57 5 A 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 2 -3 -3 -3 -3 -3 1 -3 2 3 3 3 -3 26 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 6 0 19 20 4 11 0 0.50 0.67 6 S 0 -3 1 -3 -3 -1 -3 2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 2 5 -5 -4 0 6 0 6 0 0 3 0 19 0 0 0 2 0 0 0 12 46 0 0 6 0.66 0.78 7 P 0 -3 -3 0 -4 0 -1 -2 -4 -3 -3 -1 -3 -5 6 -2 3 -5 -4 0 7 0 0 5 0 4 3 3 0 0 2 3 0 0 43 0 23 0 0 7 0.93 0.85 8 T -1 -4 3 -3 0 -3 -1 1 -3 1 0 -3 -2 -4 2 -2 3 -5 -4 1 3 0 18 0 2 0 4 11 0 10 9 0 0 0 11 0 22 0 0 10 0.37 0.85 9 P 0 -3 2 0 -4 -2 1 -2 -3 -5 -5 -1 -4 -5 6 -2 0 -6 -5 -4 10 0 13 6 0 0 10 1 0 0 0 3 0 0 51 0 7 0 0 0 1.17 0.89 10 A 2 -1 1 2 -4 1 1 -4 -3 1 -4 -3 -3 -4 4 0 0 1 -4 -1 16 3 7 11 0 6 9 0 0 11 0 0 0 0 21 5 4 2 0 4 0.42 0.92 11 P -3 -1 0 2 0 3 0 1 -3 -5 -3 -2 -4 -5 6 -1 -3 -5 -5 -3 0 4 3 12 2 16 4 10 0 0 2 0 0 0 42 3 0 0 0 2 0.94 0.93 12 S 0 -3 2 -1 -3 -3 -1 1 -3 1 -3 -2 -3 -3 1 3 2 -4 1 -1 5 0 9 2 0 0 4 12 0 12 0 1 0 0 7 26 11 0 5 5 0.32 0.90 13 Q -1 -2 0 -2 -4 4 2 4 -3 -4 -4 -2 0 -5 1 0 -3 -4 -4 -2 4 2 4 0 0 21 14 33 0 0 0 0 3 0 7 8 0 0 0 3 0.60 0.90 14 S -2 -3 -2 -3 0 -3 -2 0 -3 0 -1 -2 -1 -1 3 3 3 -4 -1 0 0 0 1 0 2 0 2 6 0 7 6 2 2 2 15 22 23 0 2 7 0.38 0.89 15 P 0 -3 1 -1 0 -2 -1 -3 -3 1 -2 -2 -2 -3 6 -2 -1 -3 -3 -2 7 1 8 2 2 1 3 1 0 9 5 1 0 1 51 1 3 0 1 1 1.00 0.76 16 I -1 -1 0 0 -2 -1 -2 -1 -2 2 -1 -2 -1 0 0 -1 2 -2 0 2 5 4 4 7 1 3 2 6 1 16 5 2 1 5 4 4 14 0 3 15 0.14 0.69 17 R 2 2 -2 -2 -2 0 1 0 -2 -2 -2 0 -2 -3 3 0 1 -3 -2 0 18 11 1 1 1 3 8 8 1 1 4 5 1 1 15 5 7 0 1 8 0.24 0.70 18 R -1 5 -1 -2 -3 1 -1 -1 -2 -2 -1 0 -2 -3 -1 1 0 -3 -3 -1 3 37 2 1 0 6 3 5 0 3 8 4 0 1 4 11 6 0 1 5 0.42 0.79 19 D -2 -1 4 5 -1 -2 0 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -3 0 1 0 -4 -3 -1 1 2 20 31 2 1 4 1 0 3 4 1 0 1 5 12 7 0 1 5 0.53 0.89 20 A 4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 0 -1 -2 -1 -3 5 -1 -1 -4 -3 -1 37 1 2 1 0 1 2 3 0 5 7 1 2 1 29 4 2 0 1 3 0.68 0.91 21 F -1 -1 0 -3 -3 -3 -3 -1 -2 0 -1 -2 -2 4 1 0 0 -1 6 -1 4 3 4 1 0 1 1 5 0 5 4 2 0 19 7 7 6 0 28 3 0.53 0.90 22 S 0 1 0 0 -4 2 -1 3 -3 -2 -4 0 -3 -5 -4 2 2 -5 -4 -1 7 8 3 4 0 10 3 24 0 2 0 6 0 0 0 14 12 0 0 4 0.38 1.12 23 I -2 4 -2 -4 -5 0 -2 -3 -4 0 1 3 1 -4 -4 -3 2 -5 -4 1 3 24 1 0 0 3 2 2 0 4 14 20 3 0 0 0 14 0 0 8 0.50 1.23 24 I -4 -5 -3 -3 -4 -1 -5 -6 1 6 1 -5 -2 0 -5 -4 -1 -5 -1 4 0 0 1 2 0 3 0 0 3 45 11 0 0 4 0 0 4 0 2 25 0.90 1.28 25 E -1 -1 -1 -2 -6 5 6 -4 -3 -6 -5 0 -4 -6 -2 -3 -3 -5 -4 -5 4 2 3 0 0 31 56 0 0 0 0 5 0 0 1 0 0 0 0 0 1.34 1.30 26 A 6 -4 -4 -5 0 -4 -4 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -2 91 0 0 0 2 0 0 1 0 1 2 0 1 0 0 0 0 0 0 2 1.49 1.31 27 E -2 -3 -2 0 -6 -1 7 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -4 2 0 1 3 0 0 85 1 0 1 2 0 0 0 0 2 1 0 0 1 1.58 1.31 28 E -1 -2 3 4 -5 -2 0 -1 2 -5 -5 -3 -4 -5 -4 3 2 -5 -1 -4 5 2 13 29 0 1 3 4 5 0 0 0 0 0 0 20 15 0 2 0 0.69 1.31 29 Y -2 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -4 0 0 -3 -5 1 6 -3 -3 -4 -1 7 -3 3 0 0 0 1 0 0 1 2 6 0 0 3 35 1 1 0 0 45 0 1.48 1.31 30 N 3 -3 2 5 2 -2 -2 -1 2 -2 -4 -3 -4 -3 -4 1 0 -6 -4 -2 23 1 9 32 4 1 0 3 5 2 1 0 0 1 0 9 6 0 0 3 0.62 1.33 31 S 2 -1 2 2 -1 -2 1 -1 -2 -2 -3 -2 -2 0 -4 1 -1 6 0 -2 18 4 9 11 1 1 8 4 1 2 2 1 1 3 0 12 3 12 3 2 0.37 1.33 32 T -2 -2 0 -1 0 3 -1 0 -1 -2 -1 -2 5 -3 -4 1 2 -4 2 -2 3 1 3 3 2 16 3 7 1 1 5 1 19 1 0 10 15 0 8 1 0.43 1.33 33 N 0 0 2 1 -5 0 -2 2 1 -5 -3 0 -2 -3 -2 3 -1 -5 0 -5 7 5 10 7 0 3 2 17 3 0 2 5 1 1 2 29 3 0 3 0 0.42 1.33 34 S -2 -3 0 -1 -5 -3 -4 7 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -1 -2 -5 -6 -4 2 1 3 4 0 1 0 80 0 0 0 2 0 0 0 4 2 0 0 1 1.57 1.33 35 S -1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -5 3 0 -3 0 -1 0 -1 2 -5 -2 5 4 0 0 3 0 0 1 1 0 14 6 1 2 2 4 4 14 0 1 40 0.58 1.26 36 T -1 -1 -1 2 -4 4 1 1 -3 -3 -2 -1 -2 -4 -4 2 1 -5 -2 -1 5 3 2 13 0 20 9 11 0 1 4 2 1 0 0 14 8 0 1 6 0.36 1.26 37 L -2 -4 -1 -3 -4 -3 -4 -4 -5 4 2 -4 -1 -1 -2 -2 4 0 -4 2 2 0 3 2 0 1 0 1 0 22 18 1 1 2 1 1 26 1 0 17 0.59 1.30 38 Q 0 -1 -1 2 -5 3 5 -3 -1 -1 -4 0 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -2 8 3 2 10 0 15 43 2 1 3 1 4 0 1 0 0 1 0 1 3 0.73 1.23 39 V 1 -2 0 0 -1 -1 -3 -1 -4 0 -3 2 -1 -4 1 0 3 -5 -4 2 12 1 4 7 2 2 0 4 0 5 0 11 1 0 6 6 20 0 0 17 0.30 1.26 40 I 1 -3 -3 0 1 -2 2 -3 -1 0 -3 -2 -3 -3 -3 1 4 -4 0 -1 13 0 0 6 3 0 13 2 2 5 1 2 0 1 0 11 33 0 3 4 0.46 1.20 41 G 0 -1 0 1 -4 0 0 2 0 -4 -4 -2 -4 -4 -1 3 3 -5 -2 -3 8 3 5 7 0 3 5 14 2 0 1 1 0 0 3 20 23 0 1 1 0.42 1.24 42 T 0 -4 -2 6 4 -2 -2 0 -4 -3 -4 -2 -4 -4 -2 0 2 -5 -1 -2 9 0 0 44 9 1 0 6 0 1 1 2 0 0 2 6 12 0 2 3 0.77 1.26 43 P 1 -3 1 0 -4 -1 -2 -1 -3 -2 -3 0 -1 -3 1 2 3 -4 -2 0 12 0 7 5 0 2 2 5 0 2 2 6 2 1 7 18 21 0 1 6 0.31 1.22 44 N -2 -2 3 1 -5 -2 2 4 -1 -5 -3 -3 -4 -4 -2 1 -3 -5 0 -3 1 2 14 7 0 1 17 37 1 0 2 0 0 0 2 8 0 0 3 2 0.65 1.24 45 N 0 -2 1 -1 -4 -3 -2 6 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 -1 -1 0 -5 -3 5 2 7 3 0 0 3 66 0 0 3 0 0 0 0 3 4 1 0 1 1.13 1.24 46 G 0 -4 0 -2 -5 -2 -3 6 -4 -5 -5 -4 -1 -3 -3 -2 -1 -5 -5 -3 6 0 4 1 0 2 1 74 0 0 0 0 2 1 1 1 4 0 0 2 1.37 1.26 47 R -2 0 -2 1 3 2 0 -4 -1 -2 0 0 1 2 -2 0 0 -3 3 0 1 4 1 8 6 12 6 0 1 2 9 7 3 9 1 6 7 0 10 6 0.23 1.25 48 G 1 -3 6 0 -1 0 -3 1 0 0 -2 -2 -4 -2 -4 -2 -1 -5 -2 -1 12 0 45 5 1 3 0 9 2 5 3 1 0 1 0 1 4 0 1 5 0.70 1.28 49 I -2 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -4 -5 4 1 -5 1 -2 -5 -4 -2 -5 -4 5 1 0 0 2 0 0 0 1 0 26 10 0 3 1 0 0 2 0 0 52 1.05 1.29 50 G 0 -1 1 -3 -1 -4 -4 6 -4 -6 -6 -2 -5 -5 -4 -1 0 -5 -5 -5 6 4 7 1 1 0 0 68 0 0 0 2 0 0 0 3 6 0 0 0 1.26 1.29 51 Y -2 -3 0 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -4 -4 -3 -3 2 -2 0 -3 8 6 -4 3 1 5 2 1 2 1 5 1 0 1 2 0 8 2 7 0 25 32 0 1.20 1.24 52 I -2 -4 1 -3 -2 -4 -3 -5 -4 5 0 -4 0 1 -5 -2 2 -4 -3 2 3 0 7 1 1 0 1 0 0 44 6 0 2 7 0 2 12 0 0 12 0.72 1.26 53 E 1 -3 3 4 -5 1 2 -1 0 -5 -5 -2 -2 -5 -4 0 2 -5 -2 -4 11 1 12 26 0 6 15 4 2 0 0 1 1 0 0 7 13 0 1 0 0.58 1.28 54 N 2 -1 4 2 -4 -2 0 -1 -2 -3 -3 -2 -4 -5 1 1 1 -6 -5 -3 22 3 23 10 0 1 5 4 1 1 2 1 0 0 7 10 8 0 0 2 0.46 1.29 55 G -2 -3 1 -1 -1 -4 -3 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -6 1 1 8 4 1 0 2 82 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.67 1.29 56 N -1 -3 0 7 -5 -2 3 -2 -3 -5 -6 -3 -5 -5 -4 0 -3 -6 -4 -5 5 1 2 60 0 0 21 3 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 1 0 1.31 1.27 57 T -3 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -5 -4 -4 -4 -3 -4 1 -5 -3 -3 11 4 -3 2 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 4 0 2 1 70 14 1 2.76 1.26 58 V 0 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -2 -5 3 3 -4 4 -1 -5 -2 0 0 -4 3 9 0 0 0 0 0 1 3 0 16 32 0 9 2 0 2 6 1 0 18 0.61 1.27 59 T 3 0 -2 1 -4 1 3 -4 -3 -4 -2 2 -2 -5 -4 0 -1 -5 -4 -1 25 4 1 7 0 5 24 0 0 0 3 12 1 0 0 6 4 0 0 6 0.47 1.27 60 Y -4 -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -1 -4 -3 4 -5 -4 -4 2 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 16 0 0 0 2 66 8 1.76 1.27 61 S 0 0 2 1 -4 -1 1 0 2 -4 -3 2 -4 -4 0 2 1 -4 -1 -3 6 4 9 7 0 1 7 7 4 0 3 14 0 0 5 18 10 0 3 1 0.27 1.22 62 N 0 -2 4 2 -4 -3 -3 1 -4 2 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -1 -5 -4 2 7 2 23 12 0 0 0 12 0 14 2 3 0 1 4 2 3 0 0 14 0.42 1.28 63 I -1 -3 3 -1 0 -4 -2 -5 -4 2 -1 -3 0 -1 -5 -1 -3 0 -1 5 3 1 13 4 2 0 3 0 0 12 5 1 2 2 0 4 0 1 2 43 0.60 1.29 64 D 0 -3 3 4 -5 -3 0 -3 -2 0 -3 -1 -4 -2 -4 -1 -1 -6 -3 3 8 1 14 29 0 0 4 1 1 4 1 3 0 2 0 4 4 0 1 23 0.56 1.31 65 F -1 -3 -2 -5 -5 -1 -1 -5 -4 0 1 -1 -2 6 2 -1 -2 -3 -1 -1 6 1 2 0 0 3 4 0 0 5 14 3 0 40 10 5 2 0 0 4 0.68 1.30 66 G 2 -3 -1 -1 -5 -1 2 4 -4 -5 -5 -1 -4 -5 3 0 -1 -5 -2 -3 16 1 2 3 0 3 14 36 0 0 0 2 0 0 13 5 4 0 1 1 0.64 1.28 67 S 3 -1 3 1 -4 0 -2 1 -3 -5 -5 -1 -4 -3 0 2 2 -5 -4 -4 22 3 16 7 0 4 1 9 0 0 0 4 0 1 4 16 14 0 0 0 0.46 1.28 68 G 0 -2 -3 -1 -5 -1 -4 7 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -5 -5 8 2 0 3 0 2 0 77 0 0 2 0 0 0 1 1 2 0 0 0 1.47 1.27 69 A 3 -1 3 0 -4 -1 -1 -4 -4 -3 -4 -1 -4 -4 1 0 2 -5 0 0 30 3 13 4 0 2 3 0 0 1 0 3 0 0 7 7 16 0 4 8 0.44 1.31 70 T 0 -1 0 -4 -5 -1 -2 -3 0 -3 -4 1 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8 -6 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 19 0 0 68 0 0 0 0 0 5 1.58 1.17 142 S 0 -1 -1 -1 -4 -2 1 -1 -4 -4 -4 0 -3 -5 -4 3 5 -5 -4 -1 6 2 2 2 0 0 11 4 0 0 0 5 0 0 0 23 40 0 0 5 0.67 1.14 143 R -2 2 -3 -2 -5 2 1 1 -1 -5 -5 4 -4 -5 3 -1 -1 -5 -4 -3 2 12 0 2 0 10 9 9 1 0 0 34 0 0 14 4 3 0 0 1 0.65 1.06 144 S 2 -3 -1 -3 -3 -2 1 2 0 -2 -4 0 -3 -4 -3 2 3 -5 -4 -1 20 0 2 0 0 0 12 17 3 3 0 5 0 0 0 19 18 0 0 3 0.43 0.90 145 S 3 -3 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -2 5 3 -4 -3 -2 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 20 0 0 0 0.80 0.62 K Lambda Standard Ungapped 0.1266 0.3096 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1737 0.3172 PSI Gapped 0.0532 0.2670