Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 4 2 -4 4 -1 -4 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 14 0 16 0 0 0 0 0 0 38 0.69 0.42 2 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 3 -5 1 -2 -5 -4 -1 -4 -3 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 38 30 0 2 0 0 0 2 0 0 26 0.90 0.88 3 I -1 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -5 8 -1 -3 -6 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 3 0 0 0 83 5 0 0 0 0 2.16 0.96 4 A 3 -4 -3 -4 -4 -3 -4 5 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -4 3 -1 -5 -5 -2 23 0 0 0 0 0 0 44 0 0 1 3 0 0 0 23 2 0 0 3 0.91 1.14 5 T -1 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 1 -1 -1 4 -3 -5 -4 -2 4 -5 -4 1 5 12 0 0 0 1 0 1 4 4 6 28 0 0 0 0 30 0 0 10 0.64 1.27 6 I -3 -3 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 6 2 -5 -2 -1 -3 -5 -3 -5 1 4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 49 15 0 0 1 2 0 0 0 6 25 1.09 1.34 7 Q -3 -2 -3 -2 -6 5 6 -5 -3 -6 -4 -1 -4 -6 -4 -3 -4 -5 -5 -5 2 0 0 0 0 30 65 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 1.40 8 A 7 -4 -4 -5 -1 -4 -2 -2 -5 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -2 -3 -5 -5 -1 92 0 0 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 1.58 1.43 9 E -4 -3 -3 -1 -6 0 7 -5 -3 -4 -3 -2 -2 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -4 0 0 0 1 0 2 86 0 0 1 2 0 1 0 0 3 2 0 0 1 1.67 1.42 10 D 0 -2 3 4 -5 -2 -1 0 1 -5 -5 -3 -2 -5 -4 2 2 -1 -2 -5 7 2 14 27 0 1 3 8 3 0 0 0 1 0 0 18 14 1 1 0 0.64 1.43 11 H 0 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -1 -1 -1 -2 -5 1 6 -2 -4 -4 -2 7 -3 9 0 0 0 1 0 0 5 1 4 2 0 3 31 3 0 0 0 40 0 1.24 1.41 12 S 3 -4 1 4 4 -2 -3 0 2 -3 -3 -4 -4 -3 -4 0 1 -6 -3 -1 28 0 6 23 8 2 0 6 5 1 2 0 0 1 0 6 10 0 0 3 0.56 1.45 13 Q 1 2 2 1 -5 -2 0 -1 -4 -2 -1 -2 -2 -1 -5 1 -1 5 0 -2 13 11 12 9 0 1 5 5 0 2 6 2 1 3 0 11 3 9 3 3 0.30 1.44 14 Q 0 -4 1 -3 0 3 0 -1 0 -2 -1 -2 5 -3 -4 2 2 -5 1 -1 6 0 6 1 2 13 6 5 2 1 5 2 14 1 0 15 13 0 5 5 0.33 1.44 15 S -1 -2 1 3 -5 -1 -1 3 0 -5 -2 -1 -3 -4 -2 3 0 -6 -1 -5 5 2 7 14 0 2 4 20 3 0 4 3 1 0 2 26 5 0 2 0 0.44 1.45 16 G -1 -3 0 1 -5 -2 -4 7 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -1 -4 -6 -6 -6 4 1 3 9 0 2 0 76 0 0 0 2 0 0 0 3 0 0 0 0 1.55 1.44 17 T -1 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -1 -5 3 0 -3 -1 -1 -2 -2 2 -5 0 5 5 0 0 1 0 0 0 5 0 17 6 1 1 2 2 3 16 0 3 40 0.67 1.44 18 Q 1 0 -2 3 -5 4 1 -2 -3 -1 -3 0 -3 -5 -4 1 1 -5 0 -2 10 5 1 18 0 18 7 3 0 3 2 5 0 0 0 12 7 0 3 3 0.38 1.41 19 Q -2 -4 1 -2 -4 -3 -4 -3 0 3 1 -3 -2 -2 -2 -1 4 -5 -4 2 2 0 8 2 0 0 0 1 2 17 14 1 0 1 2 3 29 0 0 16 0.53 1.43 20 E 0 -3 0 2 -5 1 5 -2 -3 0 -2 -1 -4 -4 -4 -1 -3 -5 -5 1 6 1 4 10 0 7 43 3 0 6 3 2 0 1 0 3 0 0 0 11 0.65 1.43 21 T 2 -1 2 2 -4 0 -2 -1 1 -2 -4 0 -2 -5 1 1 2 -5 -4 0 16 2 9 10 0 4 1 5 3 3 0 6 1 0 6 11 14 0 0 8 0.28 1.42 22 T 0 -4 -1 -2 5 -1 0 -3 0 -1 -3 -1 -4 -3 -3 1 5 0 -1 -1 8 0 2 2 12 2 6 1 3 3 1 3 0 1 1 11 36 1 2 3 0.58 1.40 23 T 0 -2 0 0 -4 -1 -2 1 1 -4 -4 -2 -4 -2 -2 4 4 -4 2 -3 6 1 4 5 0 2 2 9 3 0 0 1 0 2 1 28 24 0 9 1 0.52 1.41 24 D 1 -2 -2 6 -5 -3 2 -1 -4 -5 -4 -2 -2 -2 -1 -1 0 -5 1 -2 12 2 1 42 0 0 14 5 0 0 1 2 1 2 3 4 5 0 4 3 0.71 1.41 25 T 1 -3 2 -1 0 0 0 -1 0 -2 -2 -2 -1 -4 0 2 3 -4 -3 0 13 1 10 3 2 3 5 5 3 2 3 2 2 1 4 16 17 0 0 8 0.26 1.25 26 G -2 -2 2 1 -4 -2 -2 5 0 -2 -2 -3 -3 -3 -1 1 -2 0 -1 -3 2 3 11 7 0 2 2 41 2 2 5 1 0 1 3 11 2 1 2 2 0.58 1.24 27 G -2 -4 1 -3 -5 -4 -2 6 -4 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -1 1 -5 -5 -5 2 0 5 1 0 0 3 71 0 0 1 1 0 0 0 4 11 0 0 0 1.37 1.40 28 G -1 -3 -1 -3 -5 -3 -4 6 -4 -4 -5 -3 -4 -1 -2 -2 -1 -4 0 -3 5 1 3 1 0 1 1 67 0 1 0 1 0 3 2 2 5 0 3 2 1.18 1.40 29 K -1 -1 -3 -1 1 2 -1 -3 -3 -2 0 1 1 3 -3 0 1 -3 4 0 4 4 1 3 3 9 5 2 0 1 8 7 4 11 1 6 9 0 14 7 0.24 1.44 30 N 1 -4 6 1 1 0 -3 0 0 -1 -4 -1 -4 -3 -4 -2 0 -5 -1 1 13 0 35 6 3 4 0 8 2 4 0 3 0 1 0 2 4 0 2 12 0.57 1.44 31 V -2 -5 -3 -1 -4 -5 -4 -3 -5 4 1 -3 1 -1 -5 -3 0 -5 -4 5 3 0 1 3 0 0 1 3 0 24 14 1 3 2 0 1 5 0 0 38 0.74 1.45 32 G -1 -2 2 -3 0 -4 -4 6 -4 -6 -4 -3 -5 -6 -5 -1 0 -5 -5 -4 4 2 9 1 2 0 0 69 0 0 1 1 0 0 0 3 7 0 0 1 1.33 1.44 33 Y -3 -4 0 -3 -3 -2 -2 0 -2 -3 -3 -3 -1 4 -5 -1 -4 8 6 -4 2 1 5 1 1 1 2 8 1 1 1 1 1 15 0 5 0 23 30 0 1.25 1.44 34 I -2 -5 0 -2 -3 -4 -4 -4 -5 5 0 -4 0 -1 -5 -1 3 -1 -4 2 3 0 5 2 0 0 1 1 0 38 7 0 1 3 0 4 20 1 0 12 0.68 1.43 35 D 1 -2 3 4 -5 1 2 0 -1 -5 -5 -2 -2 -5 -4 1 1 -5 -1 -5 13 2 14 22 0 6 12 8 1 0 0 1 1 0 0 8 9 0 2 0 0.52 1.44 36 A 2 -1 4 1 -4 -2 0 -1 -2 -4 -4 -1 -4 -3 1 1 1 -5 -3 -2 21 3 22 7 0 1 5 5 1 1 1 2 0 1 7 10 10 0 1 2 0.43 1.43 37 G -1 -4 2 -1 -2 -4 -2 6 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -1 -4 -5 -5 -6 4 1 11 4 1 0 2 71 0 0 0 2 0 0 0 3 0 0 0 0 1.43 1.44 38 D -1 -3 -1 6 -5 -2 3 -1 -3 -5 -5 -2 -5 -3 -4 1 -3 -5 -2 -5 5 1 2 52 0 0 21 4 0 0 0 1 0 1 0 9 0 0 2 0 1.13 1.41 39 W -1 -3 -4 -6 -5 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -1 -4 1 -5 -2 -4 11 4 -3 5 1 1 0 0 1 2 2 0 0 2 4 0 5 0 3 1 57 15 2 2.18 1.42 40 L 1 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -5 3 3 -4 2 0 -4 -3 1 0 -2 3 11 0 1 1 0 0 1 2 0 15 27 0 5 3 0 1 8 1 1 20 0.49 1.38 41 S 2 0 -1 1 -4 2 4 -4 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 0 0 -5 -4 -1 20 5 2 9 0 9 24 1 0 0 2 9 1 0 0 6 6 0 0 4 0.44 1.37 42 Y -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -2 -1 -4 -3 4 -5 -3 -4 3 8 0 2 0 0 2 0 0 0 1 0 2 4 0 0 17 0 2 0 3 57 8 1.50 1.38 43 A 0 -2 3 1 -3 -2 1 0 0 -1 -4 1 -3 -4 -2 2 3 -4 -1 -2 6 1 15 7 0 1 8 6 2 3 1 10 0 1 2 15 16 0 2 2 0.31 1.24 44 G 0 -1 4 1 -2 -1 -1 1 -2 0 -1 -1 -2 -2 0 0 0 -2 -2 -1 8 4 18 8 1 3 4 11 1 6 7 4 1 2 5 6 6 1 1 5 0.16 0.83 45 T 0 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 0 0 -1 -1 1 3 1 3 6 4 3 4 1 2 4 6 1 8 7 4 3 4 3 4 7 3 4 21 0.12 0.70 46 P 1 -1 1 4 -2 1 0 -1 -1 -2 -1 0 -2 -2 0 1 0 -2 -1 -1 13 3 6 20 1 5 6 4 1 2 6 6 1 1 5 9 5 1 2 4 0.20 0.91 47 V -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 1 -5 -2 4 -5 -4 -3 -4 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 19 14 0 0 18 0 0 0 0 0 45 1.03 1.43 48 N -2 -2 5 3 -4 -1 1 0 -1 -3 -4 -1 -3 -2 -3 1 1 -1 -1 -2 3 2 29 17 0 2 8 6 1 2 1 3 0 2 1 8 8 1 2 3 0.52 1.26 49 I 1 -2 -1 -3 -3 -2 -2 -2 -3 2 -1 -3 -2 2 -3 -2 -2 -3 -2 5 10 2 4 2 0 2 2 3 0 9 4 1 0 9 1 3 1 0 1 45 0.58 1.21 50 P 1 -1 -2 0 -3 0 0 1 -3 -4 -3 0 -3 -3 5 0 0 -4 -3 -2 13 3 1 5 0 4 5 11 0 1 2 6 0 1 31 6 6 0 1 2 0.56 1.24 51 S 2 -1 0 -2 -4 1 1 2 -1 -3 -5 0 -4 -3 -1 2 2 -5 -3 -2 17 2 5 1 0 8 9 14 2 1 0 6 0 1 2 17 11 0 1 3 0.33 1.43 52 S 4 -1 1 1 -4 -2 -2 0 -1 -4 -4 -2 -4 -5 -1 2 2 -5 -4 -3 33 3 7 9 0 1 2 6 1 0 1 2 0 0 3 15 15 0 0 1 0.50 1.45 53 G 0 -1 -3 -2 -5 -3 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -3 -1 -3 -5 -5 -4 7 3 1 2 0 1 0 79 0 0 0 0 0 0 1 3 1 0 0 1 1.58 1.45 54 S 2 0 2 1 -4 -1 0 -4 1 -2 -4 -1 -2 -3 0 1 3 -2 1 0 16 5 10 7 0 3 5 0 3 3 1 3 1 1 4 10 17 1 5 6 0.26 1.42 55 Y -1 -2 -1 -5 -5 -1 -3 -5 0 -3 -4 0 -2 1 -5 -2 0 -1 8 -2 6 2 2 0 0 2 1 0 1 1 0 5 1 4 0 3 6 0 63 2 1.43 1.43 56 L 0 2 1 2 -5 2 -2 -1 -1 -3 -1 0 -4 -3 -1 1 3 -5 -4 -1 7 10 6 11 0 8 2 4 1 1 5 6 0 1 3 11 19 0 0 5 0.27 1.46 57 I -1 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 3 3 -5 3 5 -6 -4 -4 -4 -3 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 18 26 0 7 21 0 1 0 0 0 20 0.87 1.48 58 E 0 0 1 1 -5 -1 2 -1 0 -1 -5 1 -4 -3 -4 1 3 -6 -3 0 6 5 7 7 0 3 16 4 2 3 0 9 0 1 0 12 18 0 1 7 0.32 1.48 59 Y 3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -3 -4 1 1 -5 -1 3 -5 -3 -2 1 4 3 25 0 0 0 0 0 0 1 0 8 15 0 1 11 0 1 2 2 16 19 0.65 1.49 60 R -1 7 -1 -4 -6 1 -3 -4 1 -4 -3 0 -2 -3 -5 -1 -2 -5 -2 -4 4 69 3 0 0 6 0 1 3 1 2 2 1 1 0 4 2 0 1 1 1.36 1.49 61 V 0 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -6 -4 1 -1 -5 0 1 -5 -2 -1 -3 5 5 8 1 1 0 0 0 0 0 0 6 3 0 2 6 0 3 3 0 24 44 0.93 1.49 62 A 6 -4 -2 -4 -3 -3 -2 0 -4 -4 -5 -2 -4 -5 -4 2 -1 -5 -5 -2 73 0 2 0 0 0 1 5 0 0 0 2 0 0 0 13 2 0 0 1 1.21 1.47 63 S 1 -3 4 -3 0 -1 -3 0 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -2 5 1 -5 -4 -4 12 0 20 0 2 2 0 6 0 0 0 1 0 0 1 45 10 0 0 0 0.86 1.43 64 Q 2 -3 0 0 -4 -1 0 4 -4 -2 -2 -2 -2 -5 2 -3 -1 -5 -2 -2 19 1 5 4 0 3 7 30 0 3 5 2 1 0 12 0 4 0 1 2 0.47 1.41 65 N -1 0 2 -1 -4 -1 -2 0 -4 -1 -3 -3 0 -3 -2 3 3 -5 0 0 5 4 10 3 0 3 2 8 0 4 2 0 2 1 2 24 18 0 4 8 0.34 1.48 66 G 1 -4 1 0 -4 -2 0 4 -4 -5 -5 -2 -4 -4 0 2 1 -5 -2 -3 14 0 6 6 0 2 7 29 0 0 0 1 0 1 4 18 7 0 2 2 0.51 1.42 67 G 1 -3 2 1 -5 -3 -1 5 -4 -5 -4 0 -1 -3 -3 -1 1 -5 -5 -3 9 1 9 7 0 1 3 43 0 0 1 5 2 1 1 4 10 0 0 1 0.68 1.45 68 G 1 1 1 -2 -5 -2 -1 5 -4 -4 -5 0 -4 -5 -1 1 0 -5 -5 -3 11 8 6 2 0 1 4 39 0 1 0 7 0 0 3 10 6 0 0 1 0.61 1.45 69 S -1 2 2 0 -4 1 -1 -1 -3 0 -2 0 -1 -3 -1 1 2 -5 0 0 5 12 9 4 0 8 4 4 0 5 3 6 1 1 3 12 12 0 3 6 0.18 1.43 70 L -1 0 -4 -2 -4 -1 -1 -2 -1 4 1 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