Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 X -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.33 0.00 2 S 2 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 3 -5 -4 -3 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 16 0 0 0 0.96 0.74 3 Q 0 -2 1 -2 -4 3 2 0 -3 -4 -3 3 -3 -5 2 1 2 -5 -4 -4 7 0 6 0 0 13 13 6 0 0 1 18 0 0 9 12 15 0 0 0 0.44 0.91 4 T 2 -1 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -1 1 -2 3 -4 3 -1 2 -5 -4 3 19 3 0 0 0 0 0 0 0 1 11 2 8 0 15 4 12 0 0 24 0.48 1.00 5 I 1 -4 -1 -4 -4 0 -1 -5 -4 4 -1 -1 -2 0 -4 -3 1 -5 -2 4 15 0 4 0 0 5 5 0 0 23 3 5 0 4 0 0 8 0 1 28 0.46 1.08 6 T -3 0 -3 -3 -5 0 -1 -4 -3 -3 -4 7 -4 -4 -4 -1 0 -6 -4 -1 0 2 0 0 0 2 2 0 0 1 1 78 0 1 0 2 6 0 0 4 1.31 1.21 7 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -3 -6 -5 4 3 -5 2 -1 -5 -4 -1 -5 -2 4 2 0 0 0 0 0 2 0 0 26 28 0 4 2 0 0 4 0 1 32 0.87 1.23 8 G -3 -4 -2 -1 -5 -1 3 6 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -3 -2 -3 -5 -5 -6 0 0 1 2 0 3 20 72 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1.47 1.27 9 P 3 -4 -4 -4 -2 -1 -1 -4 -5 -5 -1 -2 -4 -6 7 -2 -2 -6 -5 -4 27 0 0 0 1 2 3 0 0 0 6 2 0 0 56 1 2 0 0 0 1.46 1.28 10 W -4 -2 -5 -6 -5 0 -3 -5 -4 0 -2 1 -1 1 -6 -4 -4 11 2 0 0 2 0 0 0 5 1 0 0 6 4 12 1 5 0 1 0 52 6 6 1.82 1.31 11 G -3 -5 -1 -4 -5 -5 -5 7 -5 -7 -7 -4 -6 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 2 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.21 1.32 12 G -2 -4 -1 -4 -5 -3 -4 7 -4 -3 -5 -2 -2 -5 -5 1 -3 -5 -3 -5 1 0 3 0 0 1 0 77 0 2 1 3 1 0 0 9 1 0 1 0 1.49 1.35 13 P -1 -2 5 3 -5 -1 1 -3 1 -3 -4 1 -1 -5 0 1 0 -2 -3 -2 3 1 30 13 0 2 9 1 3 2 1 8 2 0 5 10 5 1 1 3 0.54 1.37 14 G -1 -1 -1 -2 -5 -3 -1 6 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -5 0 -2 -5 -1 -3 3 4 3 2 0 1 3 66 1 1 1 3 0 0 0 6 1 0 3 2 1.12 1.34 15 G -1 -5 -3 -2 -5 -5 -5 7 -5 -7 -7 -4 -6 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 2 0 0 2 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.08 1.35 16 N 0 0 3 2 -5 -1 -1 -2 -1 -1 -3 3 -1 -5 -4 2 1 -6 -3 0 9 4 13 13 0 2 4 2 1 3 1 17 1 0 0 13 9 0 1 6 0.33 1.35 17 G 2 1 -4 -3 -4 -1 1 -2 -4 1 -2 -2 -1 1 3 2 0 -5 0 -1 16 9 0 1 0 3 10 2 0 7 3 1 2 6 14 14 5 0 3 5 0.27 1.35 18 W -5 -1 -5 -4 -2 1 -5 -5 1 -4 -2 -3 -2 4 -6 -5 -2 11 2 -2 0 4 0 1 1 6 0 0 3 0 3 1 1 16 0 0 2 55 5 2 2.12 1.36 19 D -3 -4 0 7 -6 -3 1 -3 -2 -6 -4 -3 -5 -6 -4 2 -2 -7 -3 -4 1 0 2 68 0 0 7 1 1 0 2 0 0 0 0 14 2 0 1 1 1.44 1.36 20 D -4 -4 -2 6 -5 -1 1 -5 -2 2 -2 -4 0 1 -2 -2 -2 -5 -1 -4 0 0 0 55 0 3 7 0 1 15 3 0 3 6 1 2 2 0 2 0 1.03 1.37 21 G -2 -1 -1 -2 -5 -3 -3 6 -5 -2 -5 -2 -4 -5 -5 -2 1 -6 -5 2 1 5 2 2 0 1 2 58 0 2 0 2 0 0 0 1 9 0 0 16 1.00 1.38 22 S 3 -4 -2 -2 -4 -1 -4 -1 -2 -1 -4 -4 -4 -1 4 1 0 -6 -4 2 27 1 2 2 0 3 0 5 1 4 0 0 0 3 22 11 5 0 0 15 0.55 1.39 23 Y -3 -1 1 -5 -5 -2 -4 -5 5 1 -3 -4 -4 4 5 -3 -2 -3 4 -2 2 3 7 0 0 1 0 0 13 8 1 0 0 19 25 1 2 0 16 3 0.88 1.39 24 T -4 0 2 4 0 2 2 -1 3 -5 -3 0 -4 -3 -3 -2 2 0 0 -3 0 5 10 21 2 8 11 5 7 0 2 5 0 1 1 2 14 2 3 2 0.42 1.40 25 G 0 4 1 -1 -2 -3 -2 5 0 -6 -6 1 -1 -6 -2 -1 -3 -6 -5 -5 6 23 6 3 1 0 1 42 2 0 0 7 2 0 2 3 1 0 0 0 0.82 1.39 26 I -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 -1 -1 -5 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 34 0 0 1 0 0 0 0 0 34 1.06 1.33 27 R -3 5 1 -3 -5 -2 2 -4 -3 0 -2 3 -2 -5 -4 -1 1 -5 -4 -1 1 32 7 0 0 0 15 0 0 6 3 16 1 0 0 5 9 0 0 5 0.62 1.37 28 Q -2 1 -1 -3 -1 2 1 0 -3 -5 -5 4 -4 -5 -3 3 -2 -5 -4 -4 2 8 2 0 1 10 9 6 0 0 1 30 0 0 0 28 1 0 0 0 0.67 1.31 29 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 2 0 -5 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 6 0 5 3 0 0 0 0 0 25 1.30 1.40 30 E -2 1 2 -4 0 -2 -1 -4 0 0 -1 -1 -3 0 -4 -1 4 1 4 0 3 9 9 0 2 2 3 0 2 7 4 4 0 4 0 4 25 2 13 6 0.38 1.40 31 L -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 2 -5 -2 0 -5 -5 -2 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 14 0 0 3 0 0 2 0 0 40 1.14 1.40 32 S -2 3 0 -4 -1 -3 -1 3 2 -5 -5 -1 -4 -1 -4 2 0 2 4 -2 3 17 3 0 2 0 3 20 5 0 0 4 0 3 0 14 6 3 13 4 0.45 1.40 33 Y -1 -1 -3 -2 -2 2 -3 -1 5 -3 -4 -3 -4 1 -4 3 0 -1 5 -2 5 4 0 2 1 10 0 5 14 2 1 0 0 5 0 24 5 1 19 2 0.59 1.38 34 K 0 -4 3 1 -1 -3 -2 5 -4 -4 -5 -1 -4 -5 -4 1 -1 -5 -5 -3 7 0 13 7 1 0 2 50 0 1 1 3 0 0 0 9 3 0 0 1 0.88 1.34 35 E 0 -1 1 3 -5 0 2 0 0 -3 -4 0 -4 -4 -4 1 1 2 1 -1 10 3 5 20 0 3 14 6 2 1 1 5 0 0 0 9 7 3 5 5 0.31 1.37 36 A 2 -2 -1 -4 3 -4 -3 3 -4 0 -2 -4 -3 0 -5 0 1 -4 2 1 15 3 3 0 7 0 2 23 0 6 3 0 0 4 0 6 9 0 8 12 0.37 1.45 37 I -4 -5 -2 -3 -4 -5 -5 -2 -6 6 0 -5 -2 -3 -3 -5 -3 -5 -4 4 0 0 2 1 0 0 0 4 0 54 8 0 0 0 2 0 0 0 0 28 1.18 1.46 38 G 0 0 1 5 -5 -1 -1 0 -1 0 -5 -1 -2 -1 -4 0 0 -5 -2 0 8 5 6 36 0 2 2 6 2 5 0 4 1 3 0 7 5 0 2 7 0.50 1.50 39 S 2 -4 -2 -2 3 -2 -4 2 -2 -2 -4 -4 -1 2 -2 4 -2 -5 1 -4 19 0 1 1 7 2 0 16 1 2 1 0 1 8 2 32 2 0 5 0 0.58 1.52 40 F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 2 3 -6 -5 -4 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 22 0 4 11 0 0 0 0 0 22 1.10 1.52 41 S 2 2 -1 -1 -5 4 0 -4 -3 -5 -4 3 -4 -5 -4 2 0 -5 -1 -2 14 9 2 2 0 21 6 0 0 0 1 18 0 0 0 15 6 0 2 2 0.53 1.49 42 V -3 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -5 1 -2 -3 -3 8 -6 -3 -4 -3 -1 3 2 0 0 0 1 0 0 0 0 6 2 2 0 65 0 2 0 0 0 19 1.54 1.51 43 I -3 0 -2 2 -1 0 2 -3 -1 -1 -2 0 -4 -1 -2 2 2 -5 -2 1 0 5 1 11 1 3 14 2 2 4 4 5 0 3 2 16 15 0 1 11 0.25 1.51 44 Y -5 -5 -5 -2 -1 -4 -5 -6 0 -4 -3 -5 -4 3 -6 -3 -2 -1 9 -4 0 0 0 3 2 0 0 0 1 0 2 0 0 11 0 1 2 0 78 0 2.11 1.51 45 D -2 -1 0 5 -1 -2 2 -1 -4 0 -3 -2 -1 -1 -4 -1 1 -5 0 1 2 4 4 28 1 1 11 4 0 5 2 2 2 3 0 5 11 0 4 10 0.39 1.55 46 L -1 -1 2 2 -4 1 0 -1 1 -3 0 4 -2 -3 -4 -1 -2 -4 1 -2 4 2 8 12 0 5 4 6 4 1 10 26 1 1 0 5 2 0 4 3 0.32 1.53 47 N 0 0 4 4 -4 -1 -3 3 -3 -3 -5 -1 -4 -4 -4 -1 -1 -5 0 -2 9 6 21 22 0 2 1 18 0 1 1 3 0 0 1 4 3 0 4 4 0.57 1.52 48 G -1 -4 -1 0 -4 -4 -2 6 -4 -3 -3 -1 -4 -5 -2 0 -1 2 -4 -1 5 0 2 4 0 0 2 53 0 1 3 4 0 0 2 7 4 3 0 4 0.83 1.55 49 D -2 -1 0 1 -5 4 1 -1 -1 -1 -3 3 -1 -5 -4 1 2 -5 -4 -3 2 3 4 8 0 22 9 5 1 3 2 16 1 0 0 8 11 0 0 1 0.45 1.58 50 P -2 0 -2 -1 -5 1 -1 -1 2 0 0 2 -1 -1 2 0 1 -5 -4 2 3 5 1 4 0 6 4 5 5 5 8 12 1 3 10 6 8 0 0 15 0.17 1.63 51 F -1 -2 -1 -1 -5 -2 0 -5 4 1 -1 -1 1 1 -5 -3 -1 3 2 3 6 3 3 4 0 2 7 0 9 7 5 4 4 6 0 2 3 4 7 24 0.36 1.64 52 S 0 -3 0 0 -4 -2 0 -5 1 0 -1 -2 -3 -1 -3 1 3 2 0 2 8 1 5 5 0 1 7 0 3 5 6 3 0 2 1 11 17 3 4 16 0.24 1.65 53 G 0 1 -3 -1 -4 -3 -3 4 2 0 -3 -3 -3 0 -1 1 1 -4 -4 -1 8 8 0 4 0 0 1 32 4 6 3 1 0 5 4 9 9 0 0 4 0.41 1.43 54 P -1 -2 0 1 -4 0 1 3 1 -2 -3 1 1 -4 2 0 -1 -4 0 -1 5 2 4 8 0 4 10 19 3 2 3 8 4 0 10 6 3 0 4 4 0.23 1.41 55 K -1 3 -1 1 -1 -1 0 1 2 -1 -2 2 -1 -2 1 -2 -2 2 0 0 4 14 3 7 1 2 7 11 6 4 3 11 1 2 6 2 2 3 4 7 0.18 1.54 56 H -2 0 -1 -4 -5 -3 -4 2 9 -5 -5 -4 -4 0 -5 -2 -4 6 2 -1 3 4 2 0 0 0 0 15 46 0 0 0 0 3 0 3 0 11 6 5 1.37 1.52 57 T -2 -1 1 -4 -5 -4 -4 6 0 -5 -3 -2 -4 -2 -5 -1 0 3 -1 -1 2 3 6 0 0 0 0 55 3 0 2 3 0 2 0 3 7 4 2 6 0.91 1.52 58 S 0 -2 2 -1 -5 -2 -1 4 -1 -5 -5 2 -4 -5 0 2 -1 -5 -5 -1 6 1 9 2 0 1 3 34 1 0 0 13 0 0 6 13 3 0 0 4 0.57 1.60 59 K 0 2 1 -2 -5 1 -2 2 -2 -5 -4 2 1 0 2 2 -2 -5 -2 -2 6 12 5 1 0 7 2 17 1 0 1 13 3 4 8 14 2 0 2 3 0.32 1.56 60 L -2 -2 -1 1 -2 0 -2 3 -4 -1 -2 0 -4 -1 1 0 3 -5 0 -2 2 2 3 7 1 4 2 25 0 4 4 5 0 3 8 5 19 0 4 3 0.34 1.59 61 P -2 -2 1 -1 -1 -1 1 4 -1 -3 0 -2 -4 -4 0 -1 -1 5 -1 -4 2 2 8 3 1 3 9 33 1 1 11 2 0 0 6 4 4 7 2 0 0.48 1.56 62 Y -2 -4 1 -1 -4 -2 -1 3 0 0 1 -2 -2 1 -1 0 -1 -1 -1 0 3 1 6 3 0 1 5 26 3 5 14 3 1 5 4 6 4 1 2 8 0.23 1.48 63 K -3 1 2 0 -5 1 2 3 -3 -3 -2 2 0 -2 -3 0 1 -5 -4 -2 1 8 9 4 0 6 13 19 0 1 3 13 2 2 1 6 8 0 0 3 0.31 1.53 64 N -2 -2 1 0 -4 -2 0 0 2 -2 -2 -1 -3 2 3 -1 3 -4 1 -1 2 2 7 5 0 2 6 6 6 3 4 4 0 8 14 3 17 0 4 5 0.27 1.54 65 V -1 -3 -1 2 -4 1 2 0 3 0 -1 -1 0 -2 1 -1 0 -5 -4 -1 6 0 2 10 0 6 16 8 8 5 7 4 2 2 7 4 7 0 0 5 0.20 1.45 66 K -2 -1 -3 1 -4 -1 3 1 -4 0 -2 1 2 -4 -2 -1 2 0 -4 0 3 2 0 9 0 2 22 10 0 5 3 7 5 0 2 3 16 2 0 8 0.32 1.46 67 I -1 -4 -4 0 -4 -1 0 -5 -4 3 -1 -2 2 5 -4 -1 1 -4 0 1 4 0 0 6 0 3 6 0 0 17 4 3 6 23 0 5 9 0 3 10 0.43 1.37 68 E -2 -1 -1 2 -4 0 3 -4 0 2 -2 0 2 0 1 0 0 -4 -3 1 3 3 3 10 0 3 19 1 2 11 3 4 5 4 6 6 5 0 0 12 0.23 1.32 69 L -1 0 0 0 -4 -4 -4 -4 -4 3 3 -4 2 2 -4 -3 1 -4 -3 0 5 6 5 6 0 0 1 1 0 14 31 0 5 8 0 1 9 0 0 6 0.42 1.33 70 K -2 -3 2 5 -4 1 1 2 -3 -2 0 -2 -3 -4 -3 -2 0 -4 -4 -2 2 1 9 31 0 7 7 15 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