Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -3 -1 -2 -3 -3 -3 7 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.28 2 G -1 -3 -1 -2 -3 -3 -3 7 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.28 3 M -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 4 1 -3 3 -1 -3 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 15 0 0 0 0 0 0 46 0.63 0.28 4 E -2 -1 -1 1 -5 2 6 0 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 5 88 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.00 0.30 5 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0.83 0.30 6 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.30 7 D -2 -2 2 5 -4 0 4 2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 8 37 0 0 37 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.74 0.30 8 L -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 3 -3 0 -1 -3 -3 -1 -3 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 28 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0.64 0.30 9 V -2 3 -2 -2 -3 0 -1 -3 -2 1 -2 4 -1 -3 -3 -2 -1 -4 -3 2 0 21 0 0 0 0 0 0 0 8 0 50 0 0 0 0 0 0 0 21 0.51 0.30 10 T -1 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -2 -3 -2 1 6 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 94 0 0 0 0.90 0.30 11 G -1 -3 -1 -2 -3 -3 -3 7 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.30 12 P -2 -3 -3 -2 -3 -2 0 -3 -3 -1 -1 -2 -2 -3 7 -2 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 5 0 0 0 59 0 0 0 0 29 1.15 0.30 13 D -3 -3 1 7 -5 -1 1 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.30 14 S 3 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 0 -4 -3 -2 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0.69 0.30 15 V -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -3 4 0 -3 0 2 -3 -2 3 -3 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 12 0 0 24 0 0 14 0.50 0.30 16 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 1 6 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0.96 0.30 17 E -1 -1 -1 0 -3 3 5 -3 -1 -3 -3 0 -2 -4 -2 0 3 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 17 57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0.72 0.30 18 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0.76 0.30 19 E -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.30 20 A 4 -3 -3 -3 7 -2 -3 -2 -3 -2 1 -3 -1 -3 -3 -1 -1 -3 -3 -1 50 0 0 0 35 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.72 0.30 21 F -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -1 -2 -1 -4 -1 7 -5 -3 -3 1 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 39 0 1.29 0.38 22 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.38 23 N -2 -1 7 0 -4 1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 1 -5 -3 -4 0 0 77 0 0 6 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 1.03 0.38 24 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.46 0.38 25 R -2 6 -1 -1 -5 2 3 -3 -1 -4 -3 1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 65 0 0 0 6 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.38 26 M -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 0 1 -2 8 -1 1 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 6 0 0 0 0 5 1.07 0.38 27 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.38 28 Q -2 -1 3 4 -4 5 0 -2 -1 -4 -2 0 -2 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 0 0 20 28 0 41 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 3 0 0 0 0.70 0.38 29 P -1 -2 3 1 -3 -2 -1 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 6 1 -1 -5 -4 -3 3 0 17 7 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 50 16 0 0 0 0 1.06 0.38 30 P -2 -2 2 4 -3 -1 -1 -2 -2 0 -2 -1 -2 -3 4 -1 1 -3 -3 -1 1 1 14 32 0 1 1 1 0 6 1 1 0 1 24 1 9 0 1 5 0.56 0.32 31 T -1 -1 1 2 -3 0 3 -2 -1 -2 -3 1 -2 -3 1 0 3 -3 -2 -2 1 1 9 9 0 1 31 1 0 1 2 8 0 1 6 1 24 0 1 1 0.39 0.31 32 P 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 2 -2 -2 -1 -1 -2 4 2 -1 -2 -1 -1 4 2 2 3 1 2 3 12 7 2 4 3 1 2 24 20 3 1 2 3 0.34 0.20 33 E -1 -1 0 2 -2 2 3 1 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 0 -1 -2 -1 -2 4 2 2 15 1 8 30 10 1 2 4 3 1 2 2 3 3 1 2 3 0.27 0.20 34 S 0 0 0 1 -1 0 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -1 0 2 1 -1 -1 -1 5 3 3 8 1 3 4 4 1 3 5 18 1 2 3 19 10 1 2 4 0.12 0.16 35 L 0 -1 -1 -1 -1 0 -1 1 -1 0 2 -1 0 0 0 0 0 -1 -1 0 6 4 3 4 1 3 5 12 2 4 27 4 2 3 4 5 4 1 2 5 0.05 0.10 36 T 0 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 -1 0 0 -1 0 0 3 -1 0 0 6 4 4 4 2 3 5 6 2 4 7 4 2 3 4 6 26 1 3 5 0.10 0.08 37 E 0 0 0 2 -1 0 2 0 0 -1 -1 0 -1 -1 0 0 0 -1 -1 -1 6 4 4 11 2 3 20 6 2 4 7 4 2 3 4 6 5 1 3 5 0.09 0.08 38 G 0 0 0 0 -1 0 0 3 -1 -1 -1 0 -1 -1 0 0 0 -1 -1 -1 6 4 4 4 2 3 5 28 2 4 7 4 2 3 4 6 5 1 3 5 0.13 0.08 39 G 0 0 0 0 -1 0 0 2 -1 -1 -1 1 -1 -1 0 0 0 -1 -1 -1 6 4 3 4 1 3 5 21 2 4 7 13 2 3 4 5 4 1 2 5 0.08 0.09 40 Q -1 0 2 2 -2 4 2 -1 4 -2 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -1 -2 3 2 12 10 1 24 11 3 11 2 4 2 1 2 2 3 2 1 1 3 0.29 0.22 41 Y -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 2 -2 0 2 -2 -2 -2 5 5 -1 2 2 1 2 1 1 2 2 1 2 28 2 1 8 2 2 2 8 30 2 0.46 0.27 42 Y -2 4 -2 -3 -3 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 -2 1 -3 -2 -2 4 7 -2 1 29 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 5 51 1 0.80 0.32 43 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.38 44 W -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -1 -2 0 -4 -1 6 -5 -3 -3 6 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 44 0 0 0 15 35 0 1.19 0.38 45 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 6 0 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0.97 0.38 46 R -2 2 1 2 -4 3 2 -3 -2 -3 0 1 -2 -3 -3 -1 1 -4 -3 -3 0 14 5 14 0 19 12 0 0 0 14 9 0 0 0 0 12 0 0 0 0.36 0.44 47 G 1 1 2 -2 -3 -1 0 2 1 -2 -3 1 -2 -4 -3 2 -1 -4 -3 1 9 9 14 0 0 0 5 14 4 0 0 9 0 0 0 20 0 0 0 15 0.26 0.44 48 I -2 -3 -4 -4 -3 1 -3 -5 -4 5 2 -3 0 -1 -4 -3 -2 -4 -2 2 0 0 0 0 0 10 0 0 0 58 23 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0.69 0.44 49 N 0 1 3 -2 -3 -1 -2 -2 3 -3 -3 0 -2 -4 -3 1 4 -4 -2 -2 5 10 19 0 0 0 0 0 8 0 0 6 0 0 0 12 40 0 0 0 0.52 0.44 50 L 2 -3 -3 -4 1 -3 -3 1 2 1 1 -3 -1 -2 -3 -2 0 -4 -2 3 23 0 0 0 3 0 0 10 8 4 15 0 0 0 0 0 5 0 0 31 0.30 0.41 51 A 4 -2 1 0 -2 1 3 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 2 -1 -4 -3 -2 42 0 6 3 0 7 23 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0.50 0.41 52 T 1 -2 2 2 -3 -1 -1 -2 1 -3 -3 0 -2 -4 -2 2 4 -4 -3 -1 11 0 12 13 0 0 0 0 4 0 0 4 0 0 0 16 36 0 0 3 0.44 0.41 53 S 1 -2 1 2 -3 0 1 1 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 4 2 -4 -3 -3 10 0 5 12 0 4 7 8 0 0 0 0 0 0 0 41 12 0 0 0 0.45 0.41 54 D -2 1 -2 3 -3 -2 -2 -1 -2 -2 1 0 -1 5 -3 -2 -2 -2 1 -2 1 10 0 22 0 0 1 6 0 0 16 6 0 31 0 1 0 0 4 1 0.37 0.38 55 T 0 -2 2 -1 -3 -1 1 -3 -1 -3 -3 -2 -2 -1 -3 1 4 -2 4 -2 5 0 11 2 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 8 39 0 20 0 0.46 0.41 56 E 0 -2 2 3 -3 2 1 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 2 3 -1 4 -3 -3 6 0 9 23 0 11 7 0 0 0 0 0 0 0 9 28 0 7 0 0 0.51 0.41 57 D -2 -2 2 6 -4 -1 2 -2 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -4 -4 -4 1 0 9 75 0 0 10 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.13 0.38 58 S 2 -2 1 1 -2 -1 0 -2 -2 0 -2 -2 0 -3 -2 3 1 -4 -3 0 16 0 8 10 0 0 6 0 0 7 0 0 4 0 0 35 5 0 0 9 0.31 0.41 59 P -2 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -2 1 -2 -2 -3 7 -2 -2 -4 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 76 0 0 0 0 6 1.66 0.41 60 G -2 2 2 3 -4 0 0 -1 4 0 -1 0 -2 -3 2 -2 -2 -4 -2 -2 0 11 9 21 0 3 5 4 12 10 8 6 0 0 9 0 0 0 0 0 0.30 0.41 61 N 0 3 4 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -1 3 -2 -4 -3 2 -1 -4 -3 -3 6 15 23 0 0 0 0 0 0 4 5 30 0 0 0 17 0 0 0 0 0.44 0.41 62 N 1 -1 3 1 -3 -1 -1 0 -2 0 -3 3 -2 -4 -3 -1 1 -4 -3 -2 15 0 21 9 0 0 0 5 0 8 0 30 0 0 0 0 12 0 0 0 0.35 0.41 63 T -2 -1 -2 -1 -3 4 4 -3 -2 -2 -2 -1 5 -3 -3 -1 3 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 23 31 0 0 0 0 0 23 0 0 0 23 0 0 0 0.59 0.41 64 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 3 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 80 0 8 0 0 0 0 0 0 7 0.84 0.41 65 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.49 0.41 66 T -2 1 -3 -3 9 1 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -1 2 -3 1 -2 0 10 0 0 57 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 6 0 1.10 0.41 67 W -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -3 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 7 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 85 0 1.65 0.41 68 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 6 0 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 1.01 0.41 69 M -2 -3 -3 -4 7 -3 -3 -4 -3 0 1 -3 5 -2 -3 -2 3 -3 -3 1 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 10 0 24 0 0 0 22 0 0 14 0.71 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