Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.56 0.37 2 S -1 -2 -1 -2 -3 -1 1 -2 -2 -3 -3 -2 -3 0 -2 5 3 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 6 0 66 19 0 0 0 0.75 0.54 3 H 3 -3 3 -2 -3 -2 1 -2 3 0 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -3 0 40 0 17 0 0 0 8 0 11 5 11 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0.40 0.57 4 M -1 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 0 0 -3 2 -2 6 -3 -3 4 3 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 7 12 0 8 0 50 0 0 6 11 0 1.12 0.68 5 A 4 -3 -1 -3 -3 0 -3 -1 -3 -3 -2 -3 -3 -4 4 -1 1 -5 -4 -1 48 0 3 0 0 5 0 4 0 0 3 0 0 0 25 0 8 0 0 4 0.75 0.75 6 S -2 -3 -2 -1 5 0 2 -2 -3 0 -3 -1 1 -4 -3 4 2 -5 -4 -1 0 0 0 3 15 3 13 2 0 5 0 3 4 0 0 37 12 0 0 3 0.54 0.79 7 D -2 -1 1 4 -5 -3 0 3 -3 -1 -5 -3 -4 -5 2 -1 1 -5 -5 -2 2 3 6 31 0 0 5 22 0 3 0 0 0 0 12 2 11 0 0 4 0.60 0.90 8 L 2 1 1 -4 -4 0 -3 1 -1 -1 0 -2 1 2 0 -2 2 -3 2 -1 16 8 7 0 0 3 0 10 2 2 8 2 3 8 5 1 13 0 8 4 0.17 0.92 9 K 0 5 -2 -3 -4 2 -2 -1 0 -1 -2 0 -3 -4 -2 2 2 -5 -4 -1 7 32 0 0 0 8 1 4 2 4 3 3 0 0 1 17 12 0 0 5 0.46 0.96 10 N 0 -3 5 5 -5 -2 -1 -3 -3 -2 -3 -3 -4 0 -4 1 -2 -5 -4 -1 6 0 34 33 0 1 1 0 0 3 2 0 0 4 0 11 0 0 0 4 0.86 1.08 11 P 3 -4 -4 -2 -4 -1 -3 -1 -4 -3 1 -3 -1 -2 5 -2 -1 -4 0 -2 33 0 0 2 0 2 0 4 0 0 13 0 1 1 32 2 3 0 4 2 0.77 1.10 12 Y -1 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -3 -2 -4 -3 4 3 1 0 -2 6 -1 5 2 0 0 0 0 0 3 0 0 3 0 0 16 14 10 5 0 34 5 0.77 1.08 13 E 1 1 1 1 -4 2 -2 2 -3 -3 -4 0 -4 -5 -2 1 2 -5 -4 -1 10 7 6 8 0 10 1 18 0 2 0 5 0 0 1 11 16 0 0 4 0.35 1.22 14 R -1 5 -3 -4 -5 0 -1 -3 -1 -1 -3 4 0 -5 -4 -2 2 -5 -4 0 4 32 0 0 0 4 3 2 1 3 1 25 2 0 0 1 16 0 0 6 0.72 1.25 15 I -3 -5 -1 -3 -4 -1 -5 -6 -5 5 2 -5 -2 -2 -5 -4 0 -5 -2 4 1 0 3 1 0 3 0 0 0 43 14 0 0 1 0 0 6 0 1 27 0.92 1.32 16 Q -2 -1 -1 -2 -6 5 6 -5 0 -6 -5 0 -4 -6 -1 -3 -3 -5 -4 -5 2 1 2 0 0 27 60 0 2 0 1 3 0 0 2 0 0 0 0 0 1.35 1.34 17 A 6 -4 -4 -4 -1 -4 -4 -1 -4 -2 -3 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -2 -2 89 0 0 0 1 0 0 4 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1.47 1.36 18 E -2 -3 -1 -1 -6 0 7 -3 -3 -5 -3 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -3 3 0 2 1 0 1 80 1 0 0 2 0 0 0 0 4 2 0 0 1 1.48 1.34 19 A 0 -2 3 4 -5 -2 0 0 2 -5 -5 -3 -2 -5 -4 2 3 -1 -5 -5 8 2 12 26 0 1 4 7 4 0 0 0 1 0 0 18 16 1 0 0 0.63 1.38 20 Y -1 -5 -3 -5 -2 -5 -5 -1 -1 0 -2 -5 1 6 -4 -3 -4 0 7 -3 5 0 1 0 1 0 0 6 1 5 1 0 4 34 1 1 0 1 39 0 1.29 1.37 21 D 3 -1 2 4 4 -3 -2 -1 2 -3 -4 -3 -4 -3 -4 1 1 -6 -4 -2 23 3 8 22 9 1 1 5 5 1 1 0 0 1 0 9 9 0 0 2 0.52 1.39 22 A 1 1 1 2 -2 0 1 -1 -4 -2 -3 -2 -2 0 -1 1 -1 6 0 -2 14 7 8 10 1 3 9 5 0 2 2 1 1 4 3 12 3 11 3 2 0.30 1.39 23 M -1 -4 0 -1 0 3 -2 1 -3 -2 -1 -1 5 0 -5 2 1 -4 3 0 4 0 5 3 2 12 2 9 0 1 4 3 15 3 0 14 7 0 10 7 0.33 1.39 24 S 0 0 1 1 -5 -1 0 2 2 -5 -3 -1 -1 -2 -1 4 0 -5 0 -5 7 4 5 8 0 3 6 13 4 0 2 4 1 1 3 30 5 0 3 0 0.37 1.39 25 G -1 -3 0 1 -5 -4 -4 7 -5 -6 -6 -3 -5 -3 -5 -2 -1 -5 -6 -6 2 1 4 10 0 0 0 77 0 0 0 1 0 1 0 1 3 0 0 0 1.57 1.39 26 I -2 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -4 -5 4 0 -3 -1 0 -2 -3 2 -5 0 5 2 0 0 1 0 1 0 1 0 20 8 1 1 3 2 1 12 0 3 43 0.76 1.38 27 Q 0 -1 0 4 -5 4 1 -1 -3 -3 -2 -1 -3 -5 -4 1 -1 -5 -3 -1 7 2 4 21 0 24 9 4 0 2 4 3 0 0 0 9 3 0 1 4 0.49 1.38 28 T -2 -3 0 -4 -4 -3 -4 -3 0 3 1 -3 -1 -3 -2 -1 4 -5 -4 2 2 1 5 0 0 0 0 2 2 18 14 1 1 1 2 3 34 0 0 14 0.58 1.37 29 E -1 -2 -1 1 -1 2 5 -2 -2 0 -3 -1 -4 -3 -4 -2 -2 -5 -1 0 5 1 3 8 1 7 43 3 1 7 2 3 0 1 0 2 2 0 2 8 0.60 1.34 30 G 2 -2 1 2 -4 -1 -2 0 -1 -2 -4 1 -1 -5 2 0 2 -5 -4 0 16 1 8 10 0 3 2 6 2 3 0 9 2 0 9 7 13 0 0 8 0.27 1.31 31 T 1 -2 -1 -3 5 -1 0 -4 0 -1 -3 -2 -3 -3 -4 2 5 -5 -4 -1 9 2 3 0 11 3 6 0 3 3 1 1 0 1 0 13 39 0 0 5 0.65 1.32 32 D 0 -3 2 1 -1 -1 -1 0 0 -4 -5 -2 -4 -3 0 4 3 -5 1 -3 6 0 9 8 1 3 2 6 2 0 0 1 0 1 4 29 21 0 4 1 0.49 1.32 33 D 1 -3 -1 6 -4 -2 2 -1 -3 -4 -4 -1 -2 -4 0 -2 0 -5 0 -2 12 0 2 42 0 0 15 4 0 0 1 3 1 0 4 1 6 0 4 3 0.72 1.27 34 D 1 -3 2 -1 -3 -1 0 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -1 2 4 -3 -2 1 11 1 8 2 0 3 5 4 2 2 4 3 0 1 4 16 24 0 1 8 0.29 1.12 35 G -2 -2 2 1 -4 -2 -1 5 -1 -4 -2 -3 -3 -4 -2 1 -2 0 -1 -4 1 2 11 9 0 2 3 46 1 1 4 1 0 1 2 8 2 1 2 1 0.70 1.17 36 G 0 -2 0 -2 -5 -4 -2 6 -4 -5 -4 -3 -5 -5 -4 0 0 -5 -5 -5 5 2 3 1 0 0 2 70 0 0 1 1 0 0 0 7 6 0 0 0 1.29 1.35 37 G 0 -3 -1 -3 -5 -4 -3 6 -4 -4 -5 -2 0 0 -2 -1 -1 -5 -2 -3 6 1 2 1 0 0 1 64 0 1 0 2 2 4 2 4 5 0 1 2 1.08 1.34 38 D -2 -1 -4 0 3 2 0 -3 -3 -1 0 0 0 2 -3 0 1 -3 4 1 3 3 0 5 6 10 5 2 0 2 8 5 3 9 1 7 8 0 14 8 0.25 1.34 39 N 2 -3 6 0 0 0 -3 0 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -4 -2 0 -5 -1 0 15 0 39 6 2 4 0 5 1 2 3 1 0 2 0 1 6 0 2 9 0.60 1.31 40 I -2 -5 -1 -1 -4 -5 -5 -4 -5 4 1 -5 1 0 -5 -4 -1 -5 -4 5 2 0 4 4 0 0 0 1 0 26 11 0 3 4 0 0 3 0 0 41 0.82 1.35 41 G 0 -1 2 -3 0 -4 -4 6 -4 -5 -6 -2 -5 -6 -5 -1 1 -5 -5 -4 6 3 9 1 2 0 0 65 0 0 0 2 0 0 0 3 8 0 0 1 1.21 1.37 42 W -2 -3 0 -2 -3 -2 -2 -1 -2 -4 -3 -3 -4 3 -3 -1 -3 8 6 -4 4 1 6 2 1 1 3 5 1 0 1 1 0 11 1 5 1 25 30 0 1.19 1.34 43 I -2 -5 2 -2 -2 -4 -3 -5 -5 5 0 -4 0 0 -5 -2 3 -5 -4 2 3 0 9 3 1 0 1 0 0 39 6 0 2 4 0 3 17 0 0 13 0.70 1.36 44 N 1 -2 3 4 -5 1 2 -1 -1 -5 -5 -2 -2 -5 -4 1 2 -5 -3 -4 15 2 14 24 0 5 12 4 1 0 0 1 1 0 0 8 11 0 1 0 0.56 1.36 45 D 3 -1 4 1 -4 -1 0 -1 -2 -3 -4 -1 -4 -5 2 1 1 -6 -5 -2 24 2 21 7 0 2 5 3 1 1 1 3 0 0 9 9 10 0 0 2 0.46 1.37 46 G -2 -4 1 0 -2 -4 -2 7 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 1 1 8 4 1 0 2 80 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 1.63 1.38 47 D 0 -3 -1 6 -5 -2 3 -1 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 1 -3 -6 -3 -5 9 1 1 52 0 0 21 4 0 0 0 1 0 0 0 9 0 0 1 0 1.15 1.38 48 W 0 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 1 -5 -2 -3 11 4 -3 8 1 1 1 0 1 1 1 0 0 1 2 0 5 0 3 1 57 15 1 2.16 1.36 49 V 1 -5 -5 -5 -4 -4 -4 -3 -5 3 3 -5 3 -1 -5 -3 0 0 -2 3 11 0 0 0 0 0 1 2 0 18 26 0 8 2 0 1 6 1 1 23 0.63 1.38 50 K 2 -1 -2 2 -5 2 4 -4 -3 -4 -3 2 -2 -5 -4 0 1 -5 -5 -1 20 3 1 9 0 7 28 0 0 0 2 10 1 0 0 5 8 0 0 5 0.53 1.38 51 Y -5 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 -2 -3 -1 -5 -3 4 -6 -5 -4 5 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 18 0 0 0 8 61 8 1.83 1.39 52 E 0 -1 2 1 -4 0 0 -1 1 -4 -3 1 -4 -5 0 2 3 -5 -1 -3 6 3 10 8 0 4 5 5 3 0 3 10 0 0 4 16 19 0 2 1 0.32 1.37 53 R -1 -3 3 1 -4 -4 -4 1 -4 3 0 -1 -3 -4 -1 -2 -3 -5 -4 4 5 1 17 7 0 0 0 10 0 15 7 3 0 0 3 2 1 0 0 28 0.47 1.36 54 V -1 -2 4 1 -1 -4 -1 -4 -4 2 -1 -2 -1 -3 -5 0 -1 -1 -2 4 3 2 22 6 1 0 3 1 0 10 4 1 2 1 0 7 4 1 2 30 0.49 1.39 55 H 1 -3 2 3 -4 -4 -2 -2 -3 1 -2 -3 -3 -2 -5 -1 -2 -6 -3 4 11 1 10 21 0 0 2 2 1 6 3 1 0 1 0 4 2 0 1 36 0.57 1.39 56 F 1 -3 -2 -2 -5 -1 -2 -5 -4 -1 0 -2 -3 5 4 -1 -1 -4 -2 -3 11 1 1 2 0 2 3 0 0 3 10 3 0 30 24 5 4 0 0 1 0.70 1.38 57 E 2 -2 -1 -1 -5 1 2 3 -4 -5 -5 1 -4 -5 1 0 1 -5 -3 -3 18 1 2 2 0 5 15 26 0 0 0 7 0 0 6 7 8 0 1 1 0.47 1.36 58 R 4 -2 3 1 -4 -1 -1 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -1 2 2 -5 -2 -4 33 1 13 8 0 3 3 5 1 0 0 2 0 0 3 15 12 0 1 0 0.54 1.38 59 D 0 -2 -1 -2 -5 -3 -3 7 -4 -6 -5 -4 -5 -6 -2 -1 -3 -5 -6 -5 6 2 3 1 0 1 1 79 0 0 1 0 0 0 2 3 1 0 0 0 1.55 1.38 60 A 2 0 2 1 -4 0 -1 -3 -1 -2 -4 -1 -4 -3 1 1 3 -5 -2 0 19 6 9 7 0 4 3 1 2 1 0 3 0 1 6 8 21 0 1 7 0.33 1.39 61 S 0 -1 -1 -5 -5 -2 -2 -4 0 -4 -4 1 -2 1 -5 -1 0 -2 8 -3 7 2 3 0 0 2 2 1 1 0 0 8 1 2 0 4 6 0 59 1 1.29 1.39 62 S 0 2 1 1 -5 1 -1 0 -2 -2 -2 1 -4 -2 -4 1 3 -5 -4 -2 7 13 6 9 0 6 3 7 1 2 5 7 0 1 0 12 18 0 0 3 0.29 1.39 63 I -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 3 -5 2 4 -5 -3 -4 -4 -3 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 22 24 0 6 19 0 1 0 0 0 22 0.85 1.39 64 E 0 0 0 1 -5 -2 3 -2 -1 -2 -4 1 -4 0 -4 2 3 -5 -3 0 8 4 5 6 0 1 17 3 2 3 0 9 0 4 0 13 19 0 1 6 0.32 1.39 65 V 3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -2 -4 1 1 -5 -1 3 -5 -3 -2 0 4 2 28 0 0 0 0 0 0 2 0 7 15 0 1 10 0 1 1 1 17 17 0.65 1.39 66 R -3 7 0 -2 -5 1 -3 -3 0 -4 -4 0 -2 -4 -5 0 -1 -5 -3 -4 1 68 4 2 0 6 0 1 2 1 1 2 1 1 0 6 4 0 1 1 1.29 1.38 67 V 0 -3 -5 -6 -1 -5 -5 -5 -4 1 -1 -5 0 0 -5 -3 -1 -4 4 5 8 1 0 0 1 0 0 0 0 6 4 0 2 4 0 1 3 0 16 54 0.96 1.39 68 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 -4 -4 -2 -4 -5 -4 2 -2 -5 -5 -3 77 0 1 0 0 0 0 5 0 0 0 2 0 0 0 13 1 0 0 0 1.30 1.40 69 S 1 -3 3 -3 -1 -2 -3 0 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -2 5 2 -5 -4 -4 10 0 16 0 1 1 0 5 0 0 0 1 0 0 2 50 12 0 0 0 0.88 1.37 70 D 2 -3 0 -2 -4 0 1 3 -4 -2 -2 -2 -2 -3 2 -1 -1 -5 -2 -3 18 1 5 2 0 4 11 26 0 2 5 2 1 1 11 4 3 0 1 1 0.40 1.35 71 T -1 0 3 -1 -4 -1 -2 2 -3 -1 -3 -3 -1 -4 -3 2 3 -5 0 1 3 5 13 3 0 2 2 13 0 4 2 0 2 0 1 16 17 0 4 12 0.31 1.35 72 P 1 -4 1 0 -4 -1 1 4 -4 -3 -4 -2 -4 -5 0 2 2 -5 -5 -2 14 0 6 6 0 2 8 29 0 1 1 1 0 0 4 13 12 0 0 3 0.47 1.36 73 G 0 -2 2 0 -4 -2 -2 5 -4 -5 -5 -1 -4 -2 -3 1 2 -5 -5 -4 8 1 10 5 0 1 2 41 0 0 0 4 0 2 1 12 12 0 0 1 0.69 1.37 74 G 2 -1 0 -3 -4 -2 -3 5 -4 -5 -4 0 -4 -5 -3 1 0 -5 -5 -4 15 4 3 1 0 1 1 52 0 0 1 5 0 0 1 8 5 0 0 1 0.90 1.38 75 R -1 3 0 -2 -4 1 -1 0 -3 -2 -2 1 0 -4 -4 3 2 -5 0 -1 5 14 5 1 0 6 2 6 0 3 3 9 2 0 0 21 13 0 4 4 0.30 1.37 76 I -1 -2 -4 -3 -3 -4 -4 -5 -4 4 2 -4 0 3 -3 -3 -2 -3 1 3 4 3 0 1 0 0 1 1 0 29 19 1 1 12 2 2 2 0 4 19 0.61 1.28 77 E 0 -1 -2 1 -4 3 4 -1 -2 -3 -2 -1 -3 -4 -3 1 1 -4 -4 -2 9 2 1 7 0 12 34 4 1 2 4 3 0 0 0 10 8 0 0 3 0.50 1.29 78 I -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -5 4 3 -4 0 1 -4 -2 0 -1 -3 4 4 0 0 1 0 0 0 1 0 20 26 0 2 6 0 3 6 1 0 27 0.64 1.32 79 R -2 5 1 -1 -4 -1 0 -4 2 -2 -1 0 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