Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 1 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0.65 0.22 2 K -1 2 -1 -1 -4 1 1 -2 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0.83 0.22 3 C -1 -4 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -3 1 -1 -3 -3 -2 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 1.40 0.22 4 N -3 -1 7 0 -4 -1 -1 -2 3 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 87 0 0 0 0 0 8 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.33 5 K -1 1 -1 -2 -3 2 -1 -2 -2 -3 -3 4 -2 -4 -2 3 3 -4 -3 -3 0 6 0 0 0 11 0 0 0 0 0 34 0 0 0 26 22 0 0 0 0.51 0.35 6 L -2 -3 -4 -4 -3 0 -3 -4 -3 1 4 -3 0 -2 5 -3 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 8 54 0 0 0 28 0 0 0 0 2 0.68 0.35 7 V -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -1 -4 3 3 -3 0 -1 -4 -1 -2 4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 7 0 19 31 0 0 0 0 7 0 8 0 28 0.44 0.35 8 P -2 0 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 1 8 -1 -2 -4 -3 -3 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 80 5 0 0 0 0 1.76 0.35 9 L -2 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -3 1 3 -3 0 4 5 -3 -2 -2 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 36 0 0 24 29 0 0 0 0 0 0.71 0.35 10 F 1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -3 3 1 -3 0 4 -3 -2 2 -2 0 2 15 0 0 0 0 0 0 0 0 20 11 0 0 26 0 0 15 0 0 13 0.38 0.35 11 Y -1 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 3 -3 -3 -2 -2 0 -3 3 0 6 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 30 7 12 43 0 0.79 0.35 12 K -2 1 0 -1 -4 2 1 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 3 0 0 5 8 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.35 13 T -1 -2 -1 1 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -3 1 0 6 -4 -3 -1 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 85 0 0 0 0.85 0.35 14 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 15 P -1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 2.37 0.36 16 A 2 -2 -1 3 -3 0 4 -3 -2 1 -3 0 -2 -4 -1 -1 -2 -4 -3 -2 20 0 0 20 0 0 43 0 0 12 0 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0.52 0.36 17 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.55 0.36 18 K -2 1 1 -1 -4 4 0 -3 2 -4 -4 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -2 -4 0 0 8 0 0 30 0 0 6 0 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0 0.77 0.36 19 N -3 -2 7 2 -4 -1 -1 -2 0 -4 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 90 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.36 20 L -3 -1 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 2 5 -1 1 1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 8 79 4 0 6 0 0 0 0 0 0 0.69 0.36 21 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 22 Y -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 0 0 -1 -3 -1 5 -4 -3 -3 1 7 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 27 0 0 0 0 65 0 1.20 0.36 23 K -2 1 0 -2 -4 1 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.36 24 M -1 2 -3 -4 -3 -1 -3 -1 -2 0 0 0 8 -2 -3 -2 -1 -3 -2 -1 5 12 0 0 0 0 0 5 0 4 0 6 67 0 0 0 2 0 0 0 0.67 0.36 25 F -2 -3 2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 0 4 -3 -1 3 6 3 -2 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 25 0 2 33 12 13 0 0.61 0.36 26 M -2 0 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 1 2 -2 6 2 0 -3 -2 -2 1 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 8 20 0 43 8 6 0 0 0 6 4 0.53 0.36 27 V 0 1 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -3 1 -1 4 3 -3 -3 -2 -1 -4 -3 3 8 5 0 0 0 0 2 0 0 6 3 38 10 0 0 0 0 0 0 28 0.35 0.36 28 A 2 -1 -2 -2 -3 -1 0 0 -2 -2 -1 2 -2 2 -3 2 -1 -2 1 -1 17 0 0 0 0 0 4 6 0 0 6 21 0 13 0 25 0 0 6 2 0.24 0.36 29 T 1 -2 0 0 -3 -2 -2 -3 -3 1 0 -1 0 -1 4 -1 3 -4 -3 -1 13 0 5 4 0 0 0 0 0 11 12 4 3 2 20 1 22 0 0 2 0.30 0.36 30 P -2 0 -2 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -3 -1 1 -2 -4 7 0 0 -4 -3 -3 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 9 12 0 0 60 8 6 0 0 0 1.18 0.36 31 K -2 1 -1 -2 -3 0 -1 0 2 -2 -2 4 4 -3 -2 0 2 -4 -2 -2 0 6 0 0 0 0 0 6 7 0 0 46 16 0 0 4 16 0 0 0 0.45 0.36 32 V -2 -3 0 -4 -2 -3 -4 -4 -2 3 1 -3 0 2 -4 -3 -1 -2 3 3 0 0 6 0 0 0 0 0 0 21 13 0 0 10 0 0 3 0 14 33 0.44 0.36 33 P -2 -2 1 2 -4 -2 -1 -3 -3 -4 -4 0 -3 -5 7 0 0 -5 -4 -3 0 0 6 14 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 63 6 5 0 0 0 1.34 0.36 34 V -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 3 0 -4 0 2 -4 -3 -1 -3 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 12 0 0 0 0 5 72 0.69 0.36 35 K -2 2 0 -2 -4 0 -1 -3 -2 1 -2 5 -2 0 -2 -1 0 -4 -2 -2 0 6 3 0 0 0 0 0 0 13 0 66 0 6 0 0 6 0 0 0 0.58 0.36 36 R -3 7 -1 -3 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.36 0.36 37 G 0 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 4 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.46 0.36 38 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 39 I 3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -3 4 -1 -3 -1 -2 -3 -1 1 -4 -3 0 43 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0.49 0.36 40 D 3 -3 0 6 -3 -1 1 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -3 32 0 2 59 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.83 0.36 41 V 1 -3 -1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 1 -1 -2 -1 -3 -3 -1 4 -4 -3 4 14 0 2 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 37 0 0 39 0.47 0.36 42 C -1 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -1 -2 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2.06 0.36 43 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.44 0.36 44 K -2 2 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 4 0 0 0 0 0.97 0.36 45 S 2 0 3 0 -2 -1 0 -1 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 4 0 -4 -3 -3 17 6 20 2 0 0 4 0 0 0 0 2 0 0 0 47 2 0 0 0 0.51 0.36 46 S 0 0 1 -1 -2 -1 2 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 5 0 -4 -3 -3 0 4 6 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 73 0 0 0 0 0.69 0.36 47 L 3 0 -3 -3 -2 -2 -3 -2 2 -1 3 -2 -1 -1 0 -1 -2 -3 1 -1 39 6 0 0 0 0 0 0 6 0 36 0 0 2 4 2 0 0 6 0 0.32 0.36 48 L -3 1 0 0 -3 -2 -3 -4 -3 0 5 -2 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 -1 0 12 6 8 0 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.56 0.36 49 V -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 -4 -4 2 1 -3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 6 0 0 6 0 0 3 10 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0.61 0.36 50 K -2 0 -1 -2 -4 1 1 -3 -2 -2 -3 5 -2 -3 -2 -1 -2 -3 1 1 0 0 2 0 0 4 10 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0 0 6 15 0.57 0.36 51 Y -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -1 1 -1 -3 -1 1 -4 -3 -2 0 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 48 46 0.81 0.36 52 V -2 0 0 0 -2 -2 0 -4 -3 1 0 -2 2 -2 -3 -2 -1 -4 -2 5 0 6 6 6 0 0 7 0 0 0 4 0 8 0 0 0 0 0 0 63 0.43 0.36 53 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 54 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 55 N 1 -1 5 3 -3 -1 -1 0 -1 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 -1 -5 -3 -3 11 0 43 18 0 0 0 6 0 0 0 15 0 0 0 8 0 0 0 0 0.60 0.36 56 T -1 1 -1 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -2 0 -2 -3 -2 0 6 -4 -3 -1 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 86 0 0 0 0.86 0.36 57 D -3 -3 3 7 -5 -1 0 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 14 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.36 58 R -2 4 1 -2 -4 0 0 -3 -2 -3 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 27 6 0 0 0 0 0 0 2 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.36 59 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 60 N -3 -1 8 0 -4 -1 -1 -1 0 -4 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.37 0.36 K Lambda Standard Ungapped 0.1420 0.3291 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1676 0.3147 PSI Gapped 0.0513 0.2670