Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 7 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 0 -3 -5 -5 -3 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.72 1.39 2 V 4 -3 -4 -1 -4 1 0 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -4 2 0 1 -6 -3 1 32 1 0 3 0 7 5 5 0 2 3 2 1 1 9 7 9 0 1 12 0.39 1.49 3 E 2 -3 -3 1 -5 3 4 -1 0 -5 -4 -2 -4 -4 -1 1 1 -6 -5 -1 17 0 0 7 0 13 30 4 2 0 1 2 0 1 3 8 8 0 0 4 0.56 1.51 4 P 3 -2 -3 -2 -5 1 0 -2 -3 -2 -1 -2 -4 -4 5 -2 0 -6 -5 -3 25 2 1 2 0 7 5 3 1 2 8 2 0 0 32 1 7 0 0 2 0.70 1.53 5 K 3 -2 -3 -1 -5 4 2 -1 -2 -5 -4 -1 -4 -5 -1 1 2 -6 -5 -2 27 1 0 3 0 18 13 3 1 0 1 3 0 0 3 9 14 0 0 2 0.54 1.62 6 E 1 -4 -1 1 -5 0 2 -2 -4 -3 3 -3 1 -2 1 -1 0 -5 -5 -3 12 0 3 7 0 4 16 3 0 0 31 0 4 1 7 5 6 0 0 1 0.38 1.62 7 D 0 -4 0 5 -5 1 2 0 -4 -4 -2 -2 -2 -6 3 0 0 -6 -4 -4 7 0 3 31 0 8 11 6 0 1 4 2 1 0 14 5 7 0 0 0 0.61 1.64 8 T 2 -3 -1 -2 -4 -1 0 -4 -4 -3 -3 -2 -3 -5 1 0 6 -6 -5 -2 15 0 2 2 0 3 7 0 0 1 2 2 0 0 8 6 49 0 0 2 0.85 1.67 9 I -1 -3 -5 -4 -4 -1 -2 -2 -5 4 2 -4 3 -4 -3 -2 1 -5 -3 3 5 1 0 1 0 3 2 3 0 26 18 0 6 0 2 2 11 0 0 19 0.56 1.67 10 T -1 -1 0 1 -4 -1 0 -3 -3 -1 -3 -2 -3 -5 1 2 4 -6 -5 0 5 3 5 8 0 2 6 1 1 4 1 2 0 0 6 16 32 0 0 7 0.49 1.67 11 V 1 -5 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -4 1 1 -4 -2 -4 -1 -1 0 -4 -4 5 12 0 0 1 0 2 3 1 0 7 12 0 0 0 3 4 5 0 0 49 0.76 1.69 12 T -2 -2 1 0 -5 2 0 -2 -2 1 -2 -1 -2 -4 1 1 3 -3 -4 0 3 2 6 4 0 9 7 3 1 7 4 3 1 0 8 11 22 0 0 8 0.29 1.70 13 A 4 -3 -3 -1 -4 -1 -1 3 -5 -4 -2 -3 -3 -5 0 1 0 -6 -4 -1 35 1 1 4 0 2 3 22 0 0 4 1 0 0 4 11 5 0 0 5 0.55 1.71 14 A 3 -2 -1 1 -4 2 0 -1 -3 0 -1 -1 -3 -3 0 1 0 -5 -4 0 28 2 3 7 0 8 5 5 1 5 6 3 1 1 5 11 5 0 0 6 0.26 1.65 15 P 3 -1 0 0 -4 0 -2 0 -2 -3 -3 -2 -1 -5 4 1 2 -5 -4 -1 21 3 5 5 0 4 3 8 1 1 2 1 1 0 18 9 12 0 0 4 0.40 1.61 16 A 3 -2 -1 0 -4 0 -1 0 -4 0 0 -3 -3 -3 -1 1 1 -3 -3 1 27 2 3 5 0 4 3 7 0 6 10 1 0 1 3 9 9 0 1 9 0.24 1.60 17 P 2 0 -1 1 -4 0 1 -1 -1 0 -3 -1 -3 -4 3 0 2 -5 -2 0 16 4 3 7 0 5 8 4 1 5 2 3 0 0 16 6 11 0 1 7 0.28 1.59 18 Q 0 0 0 3 -4 3 2 0 1 -1 -3 -1 -1 -4 -1 0 1 -5 -3 -2 8 4 5 14 0 13 11 7 3 3 3 3 1 0 3 7 9 0 1 3 0.25 1.59 19 E 1 -2 0 2 -5 1 4 -1 -4 -2 -3 -2 -1 -3 -1 0 1 -5 -4 0 13 2 5 10 0 5 26 6 0 3 3 1 1 1 3 5 8 0 0 7 0.34 1.63 20 S 0 0 1 1 -4 0 -1 1 -1 -3 -1 -2 -2 -4 0 2 3 -4 -4 -1 7 5 6 7 0 4 3 9 1 1 5 1 1 1 4 18 20 0 0 5 0.29 1.63 21 A 3 -2 -2 0 -4 -2 0 -1 -3 -1 -2 -3 -2 -4 1 0 0 -5 -2 2 29 2 2 5 0 1 8 5 1 4 3 1 1 1 7 7 7 0 2 15 0.32 1.59 22 W -1 -1 -1 2 -4 2 1 0 -2 -2 0 -1 -2 -3 -1 0 3 2 -1 0 5 2 2 10 0 8 10 8 1 2 8 3 1 1 3 7 18 3 3 7 0.19 1.57 23 G 1 -1 0 0 -4 -1 1 4 -2 -3 0 -2 -2 -4 -1 0 0 -4 -3 -2 12 3 4 6 0 3 10 27 1 1 11 2 1 0 3 7 6 0 1 3 0.30 1.52 24 P 0 -1 -2 1 -4 0 1 0 0 -3 -2 -1 -3 -3 5 -2 -1 -3 2 -1 7 4 2 9 0 5 10 6 2 1 3 3 0 1 26 2 4 0 8 4 0.44 1.53 25 A 3 -2 -3 -1 -4 0 1 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -4 -1 1 3 -5 -2 1 21 2 1 4 0 4 10 5 1 2 4 3 2 0 3 10 16 0 1 11 0.26 1.59 26 A 1 -1 0 2 -4 1 0 3 -2 -1 -3 -1 -3 -3 0 0 -1 -5 0 0 11 3 5 11 0 5 6 20 1 4 2 4 0 1 5 5 3 0 3 8 0.21 1.61 27 T -1 -2 -2 1 -4 -2 -2 5 -4 -3 -4 -3 -2 -4 -1 2 1 -5 -1 -2 3 2 1 7 0 1 2 40 0 2 2 1 1 0 4 19 11 0 3 2 0.65 1.65 28 I -4 -2 -3 -3 -5 2 -4 -5 -1 0 -2 -3 -2 2 -3 -3 -1 -2 8 1 1 2 1 1 0 9 1 1 1 5 4 1 1 7 1 2 3 0 50 9 1.16 1.67 29 A 0 3 0 -3 -4 1 -3 -3 -4 -1 0 2 -2 -4 -3 -1 2 -5 -2 3 8 14 4 1 0 6 1 2 0 2 7 11 0 0 1 4 12 0 1 25 0.37 1.67 30 A 4 -2 -2 -1 -4 -2 -2 0 -3 -3 -4 -3 -2 -4 1 1 1 -5 -4 1 41 3 1 4 0 1 2 7 0 1 1 1 1 0 6 9 10 0 0 12 0.54 1.66 31 R -2 3 0 1 -5 0 0 1 0 -4 -3 2 -2 -4 1 0 2 -5 -2 -3 2 15 3 8 0 4 7 10 2 1 2 12 1 1 7 8 14 0 1 1 0.32 1.67 32 Q 0 3 0 0 -5 1 1 1 -1 -3 -4 0 -2 -4 0 1 1 -3 -4 -1 7 15 5 5 0 7 8 11 1 1 1 6 1 1 5 10 10 0 0 5 0.24 1.68 33 S 3 -3 -1 -3 -4 -1 -2 0 -4 0 -3 -3 1 -5 -2 4 2 -5 -3 1 23 1 3 1 0 2 2 6 0 5 2 1 3 0 1 27 14 0 1 8 0.49 1.70 34 A 3 2 0 -1 -4 1 -1 -1 -3 -4 -3 -2 -1 -2 -3 3 2 -2 -3 -2 23 10 5 3 0 7 3 4 0 1 2 2 2 2 1 22 10 0 1 2 0.39 1.74 35 T 1 -4 -2 -3 -4 -1 -4 0 -5 1 -1 -4 -1 -2 -4 3 4 -5 -1 1 11 0 1 1 0 2 0 7 0 7 6 0 1 1 0 19 31 0 2 9 0.53 1.76 36 G 4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 5 -5 -2 -4 -3 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -1 39 0 0 1 0 0 0 42 0 2 1 1 0 0 0 6 2 0 0 4 1.05 1.73 37 T 0 -4 -3 -4 -4 -3 -3 0 -4 -2 -1 -2 3 -2 -1 2 5 -5 -2 -1 6 0 1 1 0 1 1 7 0 1 7 2 7 1 4 14 42 0 1 3 0.69 1.71 38 K -4 5 -4 -4 -6 -2 -3 0 -3 -5 1 5 -4 -2 -4 -4 -4 -1 -4 -5 0 30 0 0 0 1 0 6 0 0 15 43 0 2 0 0 0 1 0 0 1.09 1.75 39 T -3 -4 -4 -2 -5 -3 -5 3 -3 -1 2 -4 2 1 -5 -1 4 -5 -1 -1 1 1 0 2 0 1 0 21 1 3 20 0 6 5 0 5 28 0 2 4 0.58 1.76 40 D -1 -2 3 4 -6 0 1 1 -3 -5 -6 -2 -5 -6 2 0 1 -6 -6 -2 6 1 15 27 0 3 8 10 0 0 0 2 0 0 11 5 8 0 0 3 0.61 1.77 41 T 1 1 -4 -4 -5 1 -2 -4 -2 0 2 0 1 -3 -4 -3 4 -5 -4 0 11 7 0 1 0 7 2 1 1 4 23 5 3 1 0 0 26 0 0 6 0.46 1.78 42 P 0 -1 -1 2 -5 -3 -1 -4 -4 -5 -4 -1 -4 -6 6 3 2 -6 -6 -5 8 3 2 11 0 0 4 0 0 0 1 4 0 0 35 19 12 0 0 0 0.89 1.78 43 I -1 -4 -2 -4 -5 -2 -5 -5 -5 3 4 -5 -1 0 2 -3 -2 -1 -3 2 6 1 3 1 0 2 0 1 0 17 39 0 1 3 10 1 2 1 1 11 0.64 1.78 44 Q -2 4 -3 -4 -5 -1 -1 -6 0 1 3 1 4 -2 -5 -2 -3 -5 -4 0 3 25 1 1 0 3 3 0 2 8 24 8 12 1 0 2 1 0 0 6 0.58 1.78 45 K -4 -2 0 6 -7 1 5 -5 -3 -6 -5 -1 -5 -5 -5 -3 -4 -6 -4 -6 1 1 4 41 0 4 44 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 1 0 1.42 1.78 46 V -1 -5 -1 -5 -4 -3 -4 -5 -5 3 -2 -4 -2 -5 -5 -2 6 -6 -5 2 4 0 3 0 0 1 0 0 0 17 3 0 0 0 0 2 57 0 0 13 1.17 1.79 47 P -2 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -6 -3 -6 -7 9 -2 -3 -7 -6 -6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 93 2 1 0 0 0 2.81 1.79 48 Q 1 1 -3 -4 -6 7 -2 -3 -3 -4 -4 0 -1 3 -5 -3 -4 -5 0 -4 10 6 0 0 0 56 0 2 0 1 1 4 1 14 0 1 0 0 3 0 1.24 1.79 49 S 1 -4 1 -4 -4 -2 -4 -3 -4 -5 -5 -4 -4 -6 -4 6 3 -6 -5 -3 10 0 5 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 65 15 0 0 2 1.25 1.79 50 I -3 -5 -6 -6 -4 -3 -5 -6 -6 5 -1 -5 1 -3 -6 -4 0 -6 -2 6 1 0 0 0 0 1 1 0 0 31 3 0 3 0 0 1 5 0 1 52 1.27 1.79 51 S -1 -2 3 -1 -5 2 -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -6 -4 4 4 -6 -4 -3 5 1 12 3 0 10 2 0 0 1 1 0 1 0 0 34 27 0 0 2 0.82 1.79 52 V -2 -5 -4 -6 -4 -3 -5 -4 -4 2 -2 -5 -3 -4 -5 1 0 -6 -4 6 3 0 1 0 0 1 0 1 0 11 1 0 0 0 0 11 7 0 0 64 1.16 1.78 53 V -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -5 5 1 -5 1 -1 -6 -5 -2 -5 3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 34 9 0 4 2 0 0 1 0 10 38 1.12 1.80 54 T -3 -4 1 1 -5 -4 -3 -2 -4 -5 -5 -3 -5 -6 4 1 6 -6 -5 -4 0 0 5 9 0 0 1 3 0 0 0 1 0 0 18 11 51 0 0 0 1.13 1.80 55 A 1 5 0 0 -6 2 2 -2 0 -4 -5 1 -4 -6 -3 1 -2 -6 -4 -5 13 29 3 4 0 11 12 3 2 1 1 8 0 0 1 10 1 0 0 0 0.62 1.80 56 E 0 -1 -2 2 -6 5 4 -4 -4 -6 -5 2 -5 -3 -4 -1 -1 -6 -4 -4 9 3 1 12 0 31 23 1 0 0 0 10 0 1 0 4 3 0 0 0 0.85 1.80 57 E -2 2 -3 -2 -5 4 1 -6 -1 -1 2 -2 1 -2 -5 -3 0 -5 -2 3 3 10 1 3 0 18 8 0 1 2 21 1 4 2 0 1 5 0 1 18 0.46 1.80 58 M -4 -6 -5 -7 -5 -5 -6 -7 -6 6 3 -6 6 -1 -6 -5 -3 -5 -3 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 45 24 0 23 2 0 0 1 0 1 3 1.38 1.80 59 A -1 2 -1 4 -6 3 4 -5 -3 -5 -3 2 -4 -6 -5 -2 -2 -6 -5 -3 5 10 2 22 0 13 28 0 0 0 3 11 0 0 0 2 2 0 0 1 0.78 1.80 60 L 0 -2 2 6 -6 1 2 -4 -4 -5 -4 -2 -1 -6 -5 -1 -2 -7 -6 -5 7 1 9 54 0 6 11 1 0 0 1 2 2 0 0 4 2 0 0 0 1.16 1.80 61 H -3 4 -3 -4 -6 7 -1 -5 -2 -2 -2 0 -2 1 -5 -2 0 -5 -1 -4 1 23 1 0 0 48 1 0 1 2 4 4 1 5 0 2 5 0 2 1 1.14 1.80 62 Q 1 0 4 -1 -6 5 -3 4 -1 -5 -3 -1 -4 -6 -5 -2 -4 -6 -5 -4 9 5 19 3 0 24 0 30 1 0 3 2 0 0 0 2 0 0 0 1 0.85 1.80 63 P 5 -4 -3 -2 -4 -3 -5 -4 -5 0 1 -4 0 -2 0 0 -1 -6 -4 2 45 0 1 2 0 1 0 0 0 6 16 0 2 1 4 5 3 0 0 14 0.66 1.80 64 K -2 3 2 -1 -5 3 -1 -3 0 -2 -2 0 -3 -2 -3 -1 4 -5 -3 -1 3 18 9 3 0 13 3 1 2 3 5 6 0 2 1 4 23 0 1 5 0.44 1.80 65 S -3 1 3 2 -5 -1 -2 -3 -3 -5 -5 0 -4 -6 -5 4 4 -6 -4 -4 0 9 14 10 0 3 1 1 0 0 1 4 0 0 0 30 26 0 0 1 0.78 1.81 66 V -2 -6 -6 -7 -4 -4 -6 -6 -6 3 4 -6 2 0 -5 -5 -2 -3 -2 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 18 44 0 4 4 0 0 2 0 1 22 0.99 1.81 67 K 1 0 3 3 -5 2 0 1 -3 -3 -4 -1 -3 -5 -4 1 1 -4 -3 -2 12 5 12 14 0 10 6 12 0 1 2 4 1 0 1 11 7 0 1 2 0.34 1.81 68 E -3 -3 -2 6 -7 3 4 -3 -3 -6 -6 -1 -5 -7 -4 -2 -3 -7 -6 -5 2 1 1 49 0 11 28 1 0 0 0 2 0 0 0 3 1 0 0 0 1.37 1.81 69 A 5 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -6 1 0 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -6 -5 4 48 0 0 0 0 0 0 0 0 7 6 0 1 0 0 1 4 0 0 32 1.05 1.81 70 L -1 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -4 -6 1 5 -6 3 1 -6 -5 -2 -5 -1 2 4 0 0 0 0 0 0 1 0 5 60 0 8 4 0 0 2 0 2 13 1.07 1.81 71 S 0 5 1 1 -6 2 1 -2 -4 -4 -3 2 -4 -5 -5 -1 -1 -6 -3 -3 9 31 7 8 0 8 7 3 0 1 3 13 0 0 0 5 3 0 1 2 0.59 1.81 72 Y -1 -1 6 -3 -6 0 -4 -2 1 -5 -3 -2 -1 0 -5 0 0 -1 6 -5 5 3 35 1 0 4 0 3 3 0 3 1 2 3 0 6 6 1 25 0 0.89 1.81 73 T 1 -5 -1 3 -5 -2 -2 -4 -5 0 -2 -4 0 -4 -5 1 4 -6 -5 4 10 0 2 17 0 2 2 0 0 5 2 0 2 0 0 8 24 0 0 26 0.63 1.82 74 P 3 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -2 -5 -5 -5 -4 -5 -6 6 2 0 -6 -6 -3 26 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 46 17 6 0 0 2 1.34 1.82 75 G -2 -5 -2 -4 -5 -4 -5 7 -5 -7 -5 -4 -6 -4 -4 3 -2 -6 -6 -6 2 0 1 0 0 0 0 73 0 0 1 0 0 1 0 20 1 0 0 0 1.67 1.82 76 V -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 5 -1 -5 0 -1 -6 -4 -1 -6 -4 6 2 0 0 0 0 0 0 1 0 29 4 0 1 3 0 1 3 0 0 57 1.34 1.79 77 S -1 2 1 -3 -4 2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 0 -4 2 4 -5 0 0 4 12 6 1 0 8 0 2 0 2 3 0 1 4 0 17 29 0 3 7 0.51 1.73 78 V 2 0 -1 -2 -4 -1 -3 -2 -3 -1 0 -2 1 3 0 0 2 -4 -2 2 15 5 2 3 0 3 2 3 0 3 8 2 3 12 5 5 11 0 1 16 0.22 1.63 79 G -1 -1 2 0 -4 3 1 3 -3 -2 -3 -2 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