Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 4 -1 -4 -3 -2 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0.84 0.54 2 T 4 -3 -2 -3 -3 0 0 -2 -3 0 -3 -2 -3 -4 1 3 1 -4 -4 -2 45 0 0 0 0 5 7 0 0 7 0 0 0 0 5 22 8 0 0 0 0.54 0.68 3 G 3 -4 0 -3 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -4 23 0 3 0 0 0 0 70 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.88 4 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 0 6 -5 -1 4 -6 -5 -4 -4 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 73 0 0 20 0 0 0 0 2 0 1.38 1.35 5 H 0 2 0 -3 -5 0 -1 -4 7 -5 -5 2 -2 -3 -3 3 -2 -5 2 -5 7 9 4 0 0 4 2 0 27 0 0 14 1 1 1 23 1 0 6 0 0.79 1.38 6 V -1 -5 -5 -5 -1 -5 -5 -5 -5 3 -1 -5 -2 -4 -5 -3 3 -5 -2 6 6 0 0 0 1 0 0 0 0 15 2 0 0 0 0 1 18 0 2 55 1.05 1.39 7 K 0 -3 1 1 1 2 0 -3 -3 -2 -4 3 -4 -4 -4 4 -1 -6 -3 -2 7 0 7 8 3 11 6 0 0 3 1 16 0 1 0 31 2 0 1 3 0.51 1.41 8 N -2 -4 3 0 -5 -4 -2 6 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -2 -4 -6 -6 -6 1 0 15 5 0 0 2 74 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.59 1.40 9 G -2 1 5 0 -5 -2 -2 2 -3 -3 -5 -1 -4 -5 -3 1 3 -6 -5 -2 3 7 29 5 0 1 1 18 0 2 0 3 0 0 1 8 20 0 0 3 0.67 1.42 10 R -2 3 0 -1 -5 4 -1 -3 0 -5 -3 4 -4 -2 -4 -3 2 0 -3 -4 2 14 3 4 0 19 2 2 2 0 2 30 0 2 0 0 15 1 1 1 0.68 1.42 11 L -4 -5 -6 -6 -4 -3 -6 -7 -6 5 4 -5 -1 1 -6 -5 -4 1 -3 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 38 42 0 1 6 0 0 0 2 0 11 1.13 1.46 12 Y -1 -2 -5 -6 3 -3 -3 -6 -2 0 2 -3 0 -3 -5 -3 -1 -4 3 5 4 2 0 0 6 1 1 0 1 3 16 1 2 0 0 1 3 0 9 48 0.79 1.46 13 E -2 -4 2 6 -6 0 1 0 -4 -5 -3 -3 -5 -6 -4 -2 0 -6 -5 -4 3 0 10 54 0 5 8 8 0 0 3 1 0 0 0 2 5 0 0 1 1.08 1.46 14 A 1 -2 -1 1 -5 2 2 2 -4 -3 -5 2 -1 -5 1 2 -2 -5 -3 -4 14 2 2 8 0 10 14 13 0 2 0 11 2 0 6 16 1 0 1 0 0.39 1.46 15 N -2 -1 6 2 -5 0 -1 -3 1 -5 -5 0 -4 -2 -4 1 1 -5 1 -5 3 3 38 13 0 4 3 1 4 0 0 5 0 2 0 10 10 0 5 0 0.76 1.47 16 G -2 -3 0 0 -5 -3 -3 7 -5 -7 -6 -2 -5 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -6 1 1 5 6 0 1 1 81 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 1.71 1.48 17 Q -1 1 4 -1 -5 4 2 -4 -2 -5 -4 3 -3 -3 -3 -1 1 -6 -5 -3 4 5 22 3 0 18 11 0 1 0 1 21 0 1 1 3 7 0 0 2 0.65 1.50 18 E 1 0 -1 -1 -5 0 2 -4 -4 -2 -3 0 -4 -5 6 -2 0 -6 -5 0 10 5 2 2 0 4 13 0 0 2 2 6 0 0 38 1 6 0 0 7 0.78 1.46 19 F -1 -2 -5 -5 -4 -5 -3 -5 -5 2 1 -2 -2 4 -5 -4 -3 -4 0 5 4 3 0 0 0 0 1 0 0 11 9 3 0 20 0 0 0 0 2 44 0.87 1.47 20 I -1 -1 -3 -4 -4 5 -3 -4 -4 2 1 0 1 -2 -3 -2 -1 4 0 2 4 3 1 0 0 27 0 1 0 11 12 6 4 1 1 3 3 5 3 16 0.50 1.49 21 I -1 -5 -6 -4 -4 -4 -5 -3 -5 1 5 -5 4 3 -4 -5 -4 2 -3 -2 4 0 0 1 0 1 0 2 0 6 61 0 10 10 1 0 0 3 0 1 1.04 1.53 22 R -2 6 -1 -4 -5 -2 -2 -3 1 -1 -4 2 -3 -1 -5 -2 0 -5 -2 -3 4 54 2 0 0 0 2 2 3 4 1 13 1 3 0 3 6 0 2 1 1.00 1.53 23 G -2 -5 -3 -4 -2 -5 -5 7 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 -2 -5 -6 -6 -6 1 0 0 0 1 0 0 94 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.13 1.57 24 V 0 -5 -1 -5 -2 -4 -5 -5 -5 3 -1 -5 5 -2 -2 -2 0 -5 -4 5 9 0 4 0 1 0 0 0 0 18 4 0 15 1 2 3 5 0 0 38 0.83 1.57 25 S -1 -3 7 -2 -5 -3 -3 -1 -3 -5 -6 -3 -5 -5 -3 4 -2 -6 -2 -5 5 0 54 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 1 32 1 0 2 0 1.37 1.56 26 H -3 0 -2 -4 -4 -2 -1 -4 7 2 3 -4 -2 1 -4 -3 1 1 -1 0 1 5 1 0 0 1 3 1 24 10 25 0 0 7 1 2 9 2 1 5 0.63 1.53 27 P 0 -2 -2 -2 -4 0 -1 4 4 -5 -5 -3 -2 -2 2 0 -3 6 -1 -4 8 2 1 2 0 4 3 32 11 0 1 0 1 1 11 8 1 10 1 1 0.71 1.50 28 H -2 -2 1 -2 -5 -3 -2 4 5 -2 0 -3 -4 0 -1 0 -1 0 -2 -3 2 2 5 2 0 0 2 37 13 3 11 1 0 4 3 6 5 2 1 1 0.57 1.53 29 N 2 -3 2 -3 -3 3 -1 0 0 -1 0 -1 -3 -1 -4 1 2 -2 -3 -1 15 0 8 0 1 15 2 6 2 3 10 3 0 3 0 9 13 1 1 5 0.26 1.51 30 W -3 -4 -4 -1 -5 -2 1 -3 -3 -5 -3 -5 -3 0 -6 0 -2 11 0 -4 1 1 1 4 0 2 11 2 1 0 3 0 0 4 0 7 3 58 2 1 2.09 1.61 31 Y -2 -3 0 -4 -5 -1 -2 -1 -3 -1 -2 -3 0 6 -5 -1 -2 1 6 -3 3 2 4 1 0 3 3 6 0 4 3 1 2 32 0 5 2 1 26 1 0.87 1.58 32 P 0 0 0 -2 -3 -3 -2 2 -3 -4 -5 0 -2 -4 5 0 2 -5 -1 -2 8 6 4 2 1 1 2 16 1 0 0 6 1 1 27 5 15 0 3 2 0.57 1.56 33 Q -2 -2 1 3 -3 4 3 -2 -1 -5 -5 -2 0 -3 -1 -1 -2 5 1 -3 3 1 8 16 0 20 19 3 1 0 0 1 3 1 3 4 2 7 4 2 0.58 1.55 34 H -2 1 4 3 -3 0 1 0 -1 -3 -3 -1 0 -4 -1 -1 -1 2 1 -2 3 6 20 17 1 4 10 7 1 2 2 4 2 0 4 4 4 3 6 3 0.37 1.51 35 T 1 -1 0 2 -5 -1 -1 0 -3 0 -4 2 -4 -4 -2 1 3 -6 -2 -2 9 3 4 13 0 2 4 7 0 7 1 14 0 0 1 8 21 0 1 3 0.34 1.58 36 Q 1 -3 0 4 -5 1 3 -2 1 -3 -4 0 -4 -5 -4 1 0 -5 -2 0 11 0 5 21 0 7 16 3 3 1 1 4 0 0 0 12 6 0 1 7 0.41 1.52 37 A 3 -4 -3 1 -4 -2 -3 -1 -1 -2 -1 -1 3 0 0 2 2 -4 1 -2 22 0 0 7 0 2 1 5 1 2 7 3 8 3 5 14 11 0 5 3 0.27 1.51 38 F -2 -5 -3 -6 -1 -5 -6 -6 -5 5 1 -5 1 5 -6 -3 -2 -2 -1 1 3 0 1 0 1 0 0 0 0 38 12 0 2 26 0 2 2 0 1 9 0.97 1.61 39 A 2 -1 1 3 -5 2 0 -3 -3 -3 -2 3 -2 -4 -1 -1 0 -6 -4 -3 18 3 7 19 0 8 5 2 0 1 3 20 1 0 3 3 4 0 1 1 0.44 1.59 40 D 2 -1 -2 2 -3 1 0 -1 -3 -2 -1 0 0 -2 -2 -1 1 3 2 -1 19 4 1 14 1 7 5 5 0 2 5 5 2 2 1 3 10 4 7 3 0.22 1.60 41 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -3 5 4 -5 4 1 -6 -5 -3 -4 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 1 28 35 0 10 6 0 0 1 0 4 13 0.95 1.60 42 K 3 3 -3 -1 -5 1 -2 -3 0 -1 -5 5 -1 -5 -3 -1 -3 -6 -2 -1 23 15 1 4 0 5 1 1 3 3 0 33 2 0 1 4 0 0 1 4 0.65 1.62 43 S 1 -2 3 4 0 1 1 0 -4 -4 -6 1 -5 -6 -4 2 -2 -6 -4 -5 13 1 12 20 2 7 9 6 0 1 0 10 0 0 0 16 2 0 1 0 0.53 1.63 44 H 2 -1 -1 -2 -2 0 -2 -3 0 -2 0 1 2 0 -5 -2 0 8 1 -3 15 3 3 3 1 4 2 2 3 2 10 9 4 3 0 2 5 23 5 1 0.66 1.64 45 G -3 -3 1 -2 -4 -3 -4 7 -1 -7 -7 0 -6 -6 -5 -3 -2 -6 -6 -6 0 1 8 2 0 1 1 79 1 0 0 6 0 0 0 0 2 0 0 0 1.68 1.65 46 A 2 -5 -5 -6 0 -5 -5 -2 -5 1 1 -5 4 6 -6 -1 -2 -4 1 -2 17 0 0 0 2 0 0 4 0 8 11 0 12 34 0 5 2 0 5 2 0.81 1.65 47 N -4 -2 8 2 -6 -2 -2 -1 -3 -6 -6 0 -5 -6 -5 -1 0 -7 -5 -6 0 2 69 9 0 0 1 4 0 0 0 6 0 0 0 3 6 0 0 0 1.58 1.67 48 T 1 -5 -4 -5 3 -4 -5 -5 3 1 0 -4 0 -1 -5 1 4 1 -3 2 12 0 0 0 7 0 0 0 7 9 7 0 2 3 0 8 27 2 0 17 0.59 1.67 49 V -3 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 4 1 -6 -1 3 -6 -5 -2 -5 -3 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 24 10 0 1 13 0 0 1 0 0 51 1.25 1.70 50 R -4 8 -3 -5 -6 -2 -3 -5 -1 -6 -5 0 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 97 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.38 1.69 51 V 0 -5 -6 -6 -4 -5 -4 -5 -6 5 3 -5 -1 -1 -6 -5 -2 -5 -4 3 8 0 0 0 0 0 1 1 0 30 32 0 1 2 0 0 2 0 0 23 0.94 1.69 52 V 3 -4 -3 -4 0 0 -3 -4 -5 -2 -4 -4 -4 -1 6 -2 -4 -5 -1 1 21 1 1 0 2 5 1 0 0 2 1 0 0 3 46 3 0 0 2 12 1.14 1.65 53 L -2 -4 -5 -5 -2 -3 -5 -4 -1 3 2 -3 6 3 -4 -4 -1 -4 1 2 3 1 0 0 1 1 0 1 2 13 18 1 20 13 1 0 4 0 4 16 0.67 1.59 54 S -1 -1 2 0 -1 0 -1 0 -1 -3 -3 -3 -1 -3 1 3 2 2 3 -4 5 3 8 5 1 4 4 9 1 1 2 1 2 1 6 19 14 2 10 1 0.30 1.58 55 N -2 -3 4 2 -4 -2 -1 -2 2 -2 -2 -3 2 -3 1 1 0 5 0 0 2 1 20 12 0 1 4 3 4 2 3 0 6 1 6 9 6 8 3 7 0.43 1.64 56 G -1 -1 1 2 -1 0 2 3 -2 -5 -4 -2 -4 -1 -1 0 -2 -2 1 -2 6 4 5 9 2 4 16 26 1 0 2 2 0 3 4 6 1 0 6 3 0.37 1.64 57 V -1 1 -1 -2 1 2 1 -1 3 -3 -1 -2 2 1 -2 -1 -1 2 3 -1 5 7 3 2 3 9 11 4 7 1 7 1 5 6 2 5 4 2 11 4 0.22 1.73 58 R -3 2 -1 -1 -5 1 -3 1 2 0 2 0 1 1 -3 -1 0 -2 -1 -1 1 12 3 3 0 6 1 11 5 6 20 5 4 6 1 4 6 1 2 3 0.20 1.71 59 W -1 -2 -1 -2 -5 -1 -1 3 -1 -2 0 -2 0 0 -2 -1 -3 8 2 -2 4 2 2 2 0 3 5 23 2 3 9 2 2 4 3 4 2 19 8 3 0.61 1.76 60 S -1 -2 0 3 0 -3 0 0 -4 -2 -4 -2 -3 -1 0 2 2 -5 4 -2 5 2 4 17 2 0 7 6 0 3 1 2 1 2 6 14 14 0 14 2 0.39 1.77 61 K 1 1 -1 2 -2 0 1 -1 -4 0 -1 1 -1 -1 -1 1 -1 -5 -1 -1 13 8 2 10 1 4 9 5 0 5 7 10 2 2 3 10 3 0 2 5 0.12 1.75 62 N -1 -2 4 3 -5 -1 0 0 -1 -2 -2 -1 -1 -3 0 0 3 -6 -3 -4 5 2 18 15 0 2 6 7 1 3 3 3 2 1 5 7 19 0 1 1 0.40 1.73 63 G 0 -2 2 3 -4 1 -1 3 -4 -5 -5 -3 -2 -2 2 0 -1 1 0 -4 9 1 11 18 0 8 4 18 0 1 1 1 1 2 9 8 4 2 3 1 0.43 1.73 64 P 1 -3 -1 -3 -5 0 -2 -4 -4 -1 1 0 1 -1 5 -3 -2 -1 3 -2 13 1 4 1 0 5 2 1 0 4 15 6 4 2 27 1 2 1 10 3 0.51 1.73 65 S 2 0 3 0 -5 1 2 -3 0 -4 -2 0 0 -1 -3 2 -1 -1 1 -3 17 6 12 5 0 7 12 1 2 1 3 5 2 3 1 16 2 1 4 1 0.30 1.66 66 D -2 4 2 3 -5 0 1 -1 0 -3 -3 2 -3 -5 -1 0 0 -6 -1 -2 3 23 9 14 0 3 7 4 2 2 3 11 1 0 3 6 5 0 2 3 0.40 1.65 67 V -1 -5 -4 -6 -4 -2 -4 -6 -5 3 3 -1 0 0 -4 -3 -2 -5 -1 4 4 0 1 0 0 2 1 0 0 13 33 4 2 3 1 1 1 0 2 33 0.76 1.65 68 A 0 0 -1 4 -5 1 2 -4 1 -1 -2 3 -3 -4 -4 -2 1 -6 -1 -3 8 5 3 21 0 5 11 1 4 4 4 20 0 0 0 2 10 0 3 1 0.44 1.67 69 N 2 2 2 1 -2 1 3 -2 -2 -4 -4 0 -4 -4 -4 -1 0 0 2 -4 16 9 10 9 1 6 18 3 1 0 1 5 0 0 0 5 5 1 8 1 0.38 1.67 70 V 0 -4 -4 -4 -1 -3 -5 -2 -5 3 1 -5 1 0 -5 -3 0 -2 -2 5 9 1 1 1 1 1 0 3 0 16 14 0 3 4 0 1 6 1 1 38 0.67 1.65 71 I -2 -2 -6 -5 -2 -5 -4 -3 -6 5 1 -5 -1 -3 -6 -5 -3 -6 -4 5 2 2 0 1 1 0 1 2 0 30 13 0 1 1 0 0 1 0 0 46 1.09 1.65 72 S 0 -1 4 5 -6 1 2 -2 -4 -6 -5 0 -2 -4 -5 0 -2 -6 -5 -5 9 3 19 28 0 5 15 3 0 0 1 6 1 1 0 7 2 0 0 0 0.71 1.66 73 L 2 1 -2 -3 -3 0 0 -3 -2 -2 1 -1 -1 -1 -5 -3 -2 7 4 -3 19 8 2 1 0 5 7 2 1 2 14 3 1 1 0 1 2 13 17 1 0.57 1.66 74 C 4 -5 -2 -5 6 -5 -5 0 -5 1 -2 -5 -2 -1 -3 -1 0 -5 -2 0 42 0 1 0 17 0 0 7 0 8 3 0 1 3 1 2 5 0 2 7 0.80 1.66 75 K -1 1 0 -1 -5 -2 0 -1 2 2 0 2 -1 -2 -5 -2 2 -5 1 1 5 7 4 3 0 2 6 4 5 13 9 12 1 1 0 2 12 0 5 9 0.19 1.69 76 Q 3 -1 1 2 -5 2 2 -2 -2 -4 -5 3 -5 -3 -3 1 -2 -6 -5 -2 21 2 6 12 0 8 12 3 1 1 0 19 0 1 0 9 2 0 0 2 0.48 1.69 77 N 1 2 4 -2 -3 2 -1 -2 3 -3 0 1 -3 -3 -5 -2 -2 -5 2 -2 14 11 18 2 1 8 3 2 8 2 8 8 0 1 0 1 2 0 7 3 0.37 1.67 78 R -1 -2 3 2 -2 -3 -3 6 -2 -6 -6 0 -5 -6 -5 -3 -2 -6 -6 -3 3 2 13 13 1 1 1 54 1 0 0 6 0 0 0 1 2 0 0 2 1.08 1.65 79 L 0 -4 -5 -5 -4 -1 -2 -4 -1 3 3 -3 6 0 -5 -1 -3 -5 -2 1 10 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